조세심판원 심판청구 법인세

감사원이 세무조정 오류 시정요구에 따른 처분청의 재경정처분은 후발적 경정청구 사유에 해당되지 아니함

사건번호 조심-2012-서-5196 선고일 2013.08.22

감사원이 세무조정 오류 시정요구에 따른 처분청의 재경정처분은 후발적 경정청구 사유에 해당되지 아니함. (쟁점1관련 사항)

주 문

1. OOO세무서장이

1. 2012.8.1 청구법인에게 한 2009사업연도 법인세 OOO,OOO,OOO원의 부과처분은 청구법인이 군인공제회에게 지급한 O,OOO,OOO,OOOO(OOOOOOOOOO O,OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOOO O,OOO,OOO,OOOO)과 관련한 2009사업연도 지급이자 OOO,OOO,OOO원 을 손금에 산입하는 것으로 하되 증액경정된 세액의 범위내에서 그 과세표준과 세액을 경정하고, 2.2012.10.5. 청구법인에게 한 법인세 O,OOO,OOO,OOOO(OOOOOO OO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO) 의 환급을 요구하는 경정청구를 거부한 처분에 대한 청구는 기각하며,

3. 나머지 청구는 각하한다.

처분개요
  • 가. 청구법인은 2004.12.29. OOO(재무적 투자자) 및 OOO인수 목적특수 주식회사(청구법인이 2004.11.15. 설립하여 OOO식품에 흡수됨)와 주주간계약서를 체결하여 주식회사 OOO식품(이하 ‘OOO식품’ 이라 한다)을 인수함에 있어 재무적 투자자인 OOO는 OOO인수 목적특수 주식회사가 발행한 OOO원 상당의 상환전환우선주(OOO,OOOO O OOO OOO,OOOO, OOOOOO)를 인수조건으로 연 11%(복리)를 보장(OOO식품이 무배당할 경우 청구법인이 지급할 것을 보장하였음)하였으나, OOO식품은 2005.1.1.~2005.12.31. 사업연도 중 OOO가 인수한 상환전환우선주에 대하여 무배당하였다.
  • 나. 이에, 청구법인은 2005.11.4.과 2006.4.27. O,OOO,OOO,OOOO(OOOOOOOOO OOOOOOOOOOO)O O,OOO,OOO,OOOO(OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO) 합계 OOO원 (이하 ‘쟁점배당보증금’이라 한다)을 OOO에 대신 지급하고 배당보증금으로 계상(자산)한 후, 2009.8.21. 쟁점배당보증금과 이자상당액 OOO원(이하 ‘쟁점이자’라 한다) 합계 OOO원을 반환 받고(OOO가 OOO식품으로부터 상환받아 청구법인에 지급함), 2009사업연도 법인세 신고시 쟁점이자를 익금으로 하여 익금에 산입하였다.
  • 다. 서울지방국세청장은 2010.10.27.~2010.12.28. 기간동안 청구법인에 대한 세무 조사시 청구법인이 주주간계약서에 따라 투자자인 OOO에 지급한 쟁점배당보증금에 대하여 특수관계자인 OOO 식품을 대리하여 지급한 업무무관가지급금으로 판단하여 2005~2009사업연도 인정이자 OOO원과 지급이자 OOO원을 익금산입 및 손금불산입 및 쟁점이자를 익금불산입할 것을 처분청에 통보하였고, 처분청은 2011.2.1. 쟁점배당보증금과 관련하여 아래 [표1]과 같이 청구법인에게 경정하는 등 2005~2009사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOOO (OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO O,OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO)을 경정․고지하였다. OOOO OOOOOOO OO OOOO (OO: O)
  • 라. 감사원은 2012년 서울지방국세청에 대한 기관운영 감사결과, 쟁점 이자(O,OOO,OOO,OOOO) 중 당초 인정이자로 익금산입한 금액인 O,OOO,OOO,OOO원은 이월익금 대상이고, 차액 O,OOO,OOO,OOOO (O,OOO,OOO,OOOO-O,OOO,OOO,OOOO)은 2009사업연도 익금산입 대상임에도 쟁점이자 전액을 이월익금으로 익금불산입하여 2009사업연도 법인세 OOO원(가산세 포함)을 부족하게 징수하였다는 사유로 시정요구하였는 바, 처분청은 차액인 OOO원 2009사업연도 익금에 산입하여 2012.8.1 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 마. 청구법인은 2012.9.27. 감사원 시정요구에 의한 처분이 후발적 경정 청구사유에 해당하고, 쟁점배당보증금이 업무와 관련된 것이라 하여 2005 ~2009사업연도 OOO원의 환급을 요청하는 경정청구(OOOOOO OO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOO OOOOOOOOO OOOOOO O OOO OOO)를 하였고, 처분청은 2012.10.5. 당초 2011.2.28. 납기 법인세 고지처분의 근거가 되는 거래나 행위의 효력이 변경되거나 해제된 사실이 없으므로 국세기본법 시행령 제25조의2【후발적 사유】에 해당하지 않아국세기본법제45조의2 【경정등의 청구】대상에 해당되지 아니한다고 보아 경정청구를 거부하였다.
  • 바. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.29.(2012.8.1. 2009사업연도 법인세 OOO원 부과처분과 2005~2008사업연도에 필요한 처분을 받지 못한 처분)과 2012.11.12(2012.10.5. 경정청구거부처분에 대한 것임). 심판 청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 주위적 청구: 청구법인은 2009사업연도 법인세 신고시, 쟁점이자 전액을 이월 익금으로 익금산입하였고, 서울지방국세청장의 청구법인에 대한 세무조사시 2005~2009사업연도 쟁점배당보증금에 대한 인정이자 익금산입 및 지급 이자 손금불산입한 후 쟁점금액을 익금불산입하여 경정처분을 하였으며, 감사원은 2012년 서울지방국세청에 대한 기관감사시, 서울지방 국세청장이 청구법인에 한 2005~2009사업연도 쟁점배당보증금에 대한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입한 위법․부당한 경정처분과 불가분 관계인 2009사업연도 경정처분(청구법인이 2009사업연도에 쟁점이자 전액을 익금으로 신고하였고, 서울지방국세청장은 쟁점이자 전액을 익금불산입한 처분함)에 대하여 일부처분만을 재경정 처분O OOOO(O,OOO,OOO,OOOO) 중 당초 인정이자 상당액(O,OOO,OOO,OOOO) 을 초과한 OOO원은 2009사업연도 이월 익금으로 익금산입 하도록 시정요구함]하여 처분청은 2012.8.1. 청구법인 에게 2009사업연도 법인세 OOO원이 증액된 재경정처분을 하였는 바, 감사원 시정요구에 의한 재경정처분은국세기본법제45조의2 제2항 제4호의『그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우』와 유사한 사유로서 같은 조항 제5호에 따라 같은 법 시행령 제25조의2 제1호의『최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그밖의 처분이 취소된 경우』로서 같은 조항 제4호에 따라 이에 준하는 사유로 보아 재경정처분으로 인하여 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 것으로 후발적 사유가 발생한 것으로 볼 수 있다. 청구법인이 쟁점배당보증금을 OOO에 지급한 것은 2004.12.29. 체결한 주주간계약서에 의한 것이므로 업무무관가지급금에 해당하지 아니하는 바, 서울지방국세청장의 지적에 의해 처분청이 2011.2.1. 청구법인에게 한 처분[ 2005~2009사업연도에 인정이자OOO 및 지급이자OOO를 익금산입 및 손금불산입함]은 부당하다. 따라서, 처분청이 2011.2.1. 청구법인에게 한 처분[ 2005~2009사업연도에 인정이자OOO 및 지급이자OOO를 익금산입 및 손금불산입함]에 대한 불복기간이 경과하였으나, 2012.9.27. 감사원 의 서울지방국세청에 대한 시정요구에 따른 이 건 처분(처분청이 2012.8.1. 청구법인에게 한 처분(2009사업연도 법인세 OOO원을 경정 고지)] 이 후발적 경정 청구사유에 해당하고, 청구법인이 쟁점배당보증금을 군인 공제회에 지급한 것은 2004.12.29. 체결한 주주간계약서에 의한 것이므로 업무무관가지급금에 해당하지 아니하므로 2005 ~2009사업연도 OOO원의 환급을 요청하는 경정청구(OOOOOO OO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOO OOOOOOOOO OO OOOO O OOO OOO)에 대한 이 건 처분(처 분청이 2012.10.5. 청구법인에게 경정청구 거부처분함)은 부당하다.

(2) 예비적 청구: 서울지방국세청장이 청구법인에 대한 세무조사에 의해 처분청이 청구법인에게 한 당초 경정처분(처분청이 2011.2.1. 쟁점배당보증금과 관련하여 청구법인에게 2005~2009사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOO원) 은 감사원 감사에 의한 증액된 재경정처분(처분청이 2 012.8.1 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지) 에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 되고, 증액된 세액 이내 에서는 증액된 재경정처분 이외의 사유로 인하여 재경정처분으로 흡수된 당초 위법․부당한 경정처분에 대하여도 불복대상이 된다 할 것이며, 특히 2009사업연도 재경정처분 중 청구법인이 주주간계약서에 따라 OOO OO 에 지급한 쟁점배당금을 업무무관가지급금으로 보아 익금 산입한 인정이자 상당액 OOO원 및 손금불산입한 지급이/자 OOO원 에 의한 이 건 처분(2012.8.1. 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정․ 고지) 은 위법․부당하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(3) 예비적 청구: 감사원은 서울지방국세청장에 대한 감사과정에서 서울지방국세청장의 위법․부당한 경정처분(처분청의 2005~2009사업연도 쟁점배당보증금에 대한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금 불산입한 처분) 전체를 시정요구하지 아니하고 일부O OOOO(O,OOO,OOO,OOOO)중 당초 인정이자 상당액(O,OOO,OOO,OOOO) 을 초과한 OOO원은 2009사업연도 이월익금으로 익금산입 하도록 시정요구] 만을 시정 요구하여 청구법인은 결과적으로 쟁점배당보증금과 관련한 위법․ 부당한 처분에 대한 경정처분(쟁점보증배당금을 업무무관가지급이 아니므로 당초 처분을 취소하여야 함)을 받지 못하였다(부작위처분). 따라서, 국세기본법상 감사원법에 따른 감사원의 시정요구에 의한 처분도 불복청구대상이므로 이 건 처분은 부당하다.

(4) 청구법인은 주사업인 제과업을 영위하면서 사업을 확장하기 위하여 시설투자를 하는 방법과 같은 업종의 매물로 나온 OO OO 를 인수하는 방법 중 OOO를 인수하여 단기간에 사업을 확장하는 방법을 선택한 것이고 인수가 성공함에 따라 청구법인은 업계 4위에서 2위의 시장점유율 및 영업이익이 되었 으며, 신용등급의 상승(BBB→A-)하여 회사채 발행시 낮은 이자율로 발행하게 되어 이자비용 절감효과와 OOO와의 영업망 통합 등으로 시너지 효과를 얻게 되는 등 OOO식품 인수로 인하여 주사업인 제과업의 매출 및 수익 모두 향상 되었으므로 OOO식품의 인수를 업무와 관련성이 없는 것으로 보는 것은 부당하다. 또한, 청구법인이 쟁점배당보증금을 OOO에 지급한 것은 OOO식품(주)이 배당가능 이익이 없어 지급하지 못하게 되어 청구 법인과 재무적투자자인 OOO와의 주주간계약에 따라 배당보증금을 지급해야 하는 조항에 따라 지급한 것 으로 청구법인과 OOO는 특수관계가 없고 건전한 상거래 관행상 인수시 재무적투자자에게 제공하는 수준의 수익률을 보장한 것일 뿐 아니라, 해당 거래가 조세회피 목적도 없어법인세법제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위한 요건도 충족하지 아니하였으므로 이 건 처분은 부당 하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 2012.9.28. 접수한 경정청구서를 검토한 바, 2010년 서울지방국세청 조사시 처분내용인 2005년 OOO에 지급한 쟁점 배당보증금을 OOO식품을 대신하여 지급한 사실 및 인정이자 OOO원 및 지급이자 OOO원에 대하여 감액되거나 취소 되는 등 사실관계의 변동이 없고, 청구법인이 2009.8.21. 쟁점배당보증금과 쟁점이자를 OOO로부터 상환받은 사실관계의 변동이 없으며, 2012년 감사원 감사시 쟁점이자(O,OOO,OOO,OOO원) 중 인정이자 상당액 (O,OOO,OOO,OOOO) 을 초과한 OOO원은 2009사업연도 이월익금으로 익금산입하도록 하여 과세하였다. 위의 내용과 같이 처분청이 2010년 청구법인에 대한 세무조사시 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래내역이 변경된 사실이 없이 감사원이 단순히 해석만을 달리 하였으므로 추가로 과세된 이자부분에 대하여는국세기본법제55조【불복】의 대상이 될 수 있으나, 국세기본법 시행령제25조의2의 후발적 사유에 해당되지 아니하므로 당초처분은 정당하다(서울행정법원 2011구합32027, 2012.4.27. 같은 뜻임).

(2) 감사원은 서울지방국세청장이 청구법인에 대한 세무조사시 2009사업연도 이자수익 계상분에 대하여 인정이자 과세분이 아닌 전체를 이월익금대상으로 보아 익금불산입하여 과세한 처분에 대하여 지적한 것으로, 자금 대여기간의 인정이자를 초과한 이자수익은 당초 익금에 계상한 금액과 대응되지 않는 것으로, 인정이자상당액을 초과하는 이자금액은 이월익금에 해당하지 아니한다. 따라서, 청구법인이 주장하는 세무조사 당시 처분의 위법․부당에 대하여 세무조사결과 통지 및 고지처분 이후 과세불복을 제기한 사실이 없으므로 심판청구의 대상이 되는 과세처분(2009사업연도 법인세) 이전의 처분(2005~2008사업연도 법인세)에 대하여 추후 부당성을 주장하는 것은 이유없다고 판단되므로 이 건 처분은 정당하다.

(3) (아무런 의견도 제시하지 아니함)

(4) 청구법인의 특수관계자인 OOO식품인수목적주식회사가 발행한 주식회사 OOO식품 주주인 OOO와의 주주간계약서상 지급 보증의무에 따라 약정배당금을 선지급하고, 주식회사 OOO식품 의 유상감자로 인한 상환시 그 선지금액을 회수함은 주식회사 OOO식품 에 직접 자금을 대여한 형태는 아니나, 경제적 실질상 주식회사 해태 제과식품이 지급할 상환금액을 대신 지급한 우회적인 자금대여에 해당하므로 그 선지급액은 지급이자 손금불산입 대상이 되는 업무 무관가지급금에 해당한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 감사원 시정요구에 의한 재경정처분은국세기본법 제45조의2 제2항 제5호와 같은 법 시행령 제25조의2 제1호 에 의한 후발적 경정사유에 해당 하는지 여부(주위적 청구)

② 처분청의 당초 처분(2011.2.1. 2005~2009사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOO원)에 대한 불복기간이 경과하였으나, 감사원의 시정요구에 의한 증액된 재경정처분(처분청이 2 012.8.1 2009사업연도 법인세 OOO원)으로 인하여 2005~2009사업연도 법인세에 대한 불복이 가능한지 여부(예비적 청구)

③ 감사원이 서울지방국세청에 대한 감사시 청구법인의 주장(쟁점 배당보증금은 업무와 관련된 것이므로 처분청의 당초 처분이 부당함)이 받아 들여지지 아니한 부작위 처분에 해당하는지 여부(예비적 청구)

④ 청구법인이 주주간계약서에 의해 쟁점보증배당금을 주식회사 OOO식품을 대신 하여 OOO에 대신 지급한 것이 업무무관 가지급금에 해당하는지 여부

  • 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 자료에 의하면, 이 건 처분의 경과내역은 아래 [표2]와 같다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 국세기본법제45조의2 제2항 제4, 5호를 보면, ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우』와 제1호부터 제4호 까지와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정 신고기한 경과후에 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구 하고 그 사유가 발생한 것을 안날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제25조의2 제1․4호 에서는 ‘최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우’와 ‘ 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우’라고 규정하고 있다 (나) 감사원이 본 건과 관련하여 서울지방국세청에 대한 시정요구한 내역과 처분과세내역은 아래와 같다.

1. 서울지방국세청장은 2010.10.27.~2010.12.28. 기간동안 청구 법인에 대한 세무조사하고 청구법인이 주주간계약서에 따라 투자자인 OOO에 지급한 쟁점배당보증금에 대하여 특수관계자인 해태제과식품을 대신하여 지급한 업무무관가지급금으로 판단하여 2005~2009사업연도 인정이자 OOO원과 지급이자 OOO원을 익금산입, 손금불산입 및 쟁점이자를 익금불산입할 것을 처분청에 통보하였고, 처분청은 2011.2.1. 쟁점배당보증금과 관련하여 아래 [표3]과 같이 청구법인에게 경정하는 등 2005~2009사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOOO(OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO O,OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO)을 경정․고지하였다. OOOO OOOOOOO OO OOOO (OO: O)

2. 감사원은 2012년 서울지방국세청에 대한 기관운영 감사결과, 쟁점 이자 중 당초 인정이자로 익금산입한 금액인 O,OOO,OOO,OOO원은 이월익금 대상 이고, 차액 O,OOO,OOO,OOOO (O,OOO,OOO,OOOO -O,OOO,OOO,OOOO)은 2009사업연도 익금산입대상임에도 쟁점이자 전액을 이월익금으로 익금불산입하여 2009 사업연도 법인세 OOO원(가산세 포함)을 부족하게 징수하였음을 지적, 시정요구하고, 담당자에게 주의를 촉구하도록 하였다. OOOO OOO OOOOOO (OO: O)

3. 처분청은 감사원의 시정요구에 의해 차액인 O,OOO,OOO,OOOO(O,OOO,OOO,OOOO -O,OOO,OOO,OOOO) 을 2009사업연도 익금에 산입하여 2012.8.1. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다. (다) 위의 내용을 종합하면, 감사원은 서울지방국세청장의 청구법인에 대한 세무조사시(2010년) 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래 내역이 변경된 사실이 없이 서울지방국세청장의 회계처리 오류만을 지적하고, 서울지방국세청장에게 회계처리 오류의 시정을 요구하였음에 따라 처분청은 과세표준 및 세액산출의 근거가 된 거래내역이 변경된 사실이 없이 쟁점이자 중 인정이자 상당액 OOO원을 제외한 차액 O,OOO,OOO,OOO원 (쟁점이자 -인정이자)은 2009사업연도 익금산입 하여 2009사업연도 법인세 OOO원을 과세하였는 바, 이는 국세기본법 시행령제25조의2의 후발적 사유에 해당되지 아니한다 할 것이다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 국세기본법제22조 제1항에서 ‘당초 확정된 세액을 증가 시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정 하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다’고 규정하고 있다. (나) 감사원의 서울지방국세청장에 대한 시정요구에 의해 처분청은 2012.8.1. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지 하였을 뿐, 2005~2008사업연도 법인세에 대한 증액경정처분을 한 사실이 없는 것으로 확인된다. (다)국세기본법제22조의2의 시행 이후에도 증액경정처분이 있는 경우, 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 된다고 보아야 하므로, 원칙적으로는 당초신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 해석함이 타당하다(대법원 2006두17390. 2009.5.14. 같은 뜻임) 할 것이나, 증액경정 처분 이외의 사유로 인한 불복청구는 증액경정처분 금액이내에서만 불복청구 대상이라 할 것이다(조심 2010중942., 2010.11.30. 같은 뜻임). (라) 위의 내용을 종합하면, 국세기본법제22조 제1항에 의해 증액경정처분 이외의 사유로 인한 불복청구는 증액경정처분 금액이내에서만 다툴 수 있다고 할 것인 바, 서울지방국세청장이 청구법인에 대한 세무조사에 의한 과세자료를 통보하여 처분청은 2011.2.1. 청구법인에게 법인세 O,OOO,OOO,OOOO (OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO O,OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO)를 경정․고지하였고, 청구 법인은 처분청의 위의 처분에 대하여 불복청구기간내에 불복을 제기하지 아니하였으며, 처분청은 2012.8.1. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원을 추가 경정․고지하였다. 따라서, 처분청이 2011.2.1. 청구법인에게 한 2005~2009사업연도 법인세 고지처분은 이미 확정되어 불복대상이 아니라 할 것이지만, 그 후인 2012.8.1. 처분청이 2009사업연도 법인세를 증액경정OOO하였으므로 동 세액 범위내에서는 당초신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 할 것이다.

(4) 쟁점③에 대하여 본다. (가)국세기본법제55조 제1항에 ‘이 법 또는 세법에 따른 처분 으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함 으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다’고 규정하고 있고,국세기본법또는 세법에 의한 처분에 관하여감사원법제33조에 따른 감사원장의 시정요구에 따라 행한 처분은 법 제55조 제1항의 처분으로 본다(국세기본법 기본통칙 55-0…1. 같은 뜻임) 할 것이다. (나) 위 쟁점②의 (나)에서 살펴본 바와 같이 서울지방국세청장이 쟁점이자에 대한 법인세 과세표준을 경정함에 있어 서울지방국세청장의 회계처리 오류를 지적한 것일 뿐, 쟁점보증배당금이 청구법인의 업무와 관련된 것이라는 청구법인의 주장을 인정한 것이 아님을 알 수 있다. (다) 따라서, 감사원은 청구법인이 OOO식품을 대신하여 지급한 쟁점배당보증금이 업무무관가지급금에 해당하는지 여부에 대한 지적이나 시정요구한 사실이 없이 법인세 과세표준을 경정함에 있어 쟁점이자에 대한 오류만을 지적한 것이므로 감사원의 부작위 처분을 탓할 수 없다 하겠다.

(5) 쟁점④에 대하여 본다. (가)법인세법제52조 제1항을 보면, 내국법인의 행위 또는 소득 금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있고, 제2항에서는 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행 과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준 하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가" 라 한다)을 기준으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제28조 제1항 제4호와 나목에 의하면, 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것은 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다) 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인이 쟁점보증배당금을 OOO 식품을 대신 하여 군인 공제회에 대신 지급한 사유는 아래와 같다.

1. 청구법인, OOO, OO OO 식품인수목적특수주식회사가 2004.12.29. 체결한 주주간계약서는 아래 [표5]와 같은 바, OOOO OOOOOO OOOO OOO(갑), 청구법인(을), OOO식품(병)은 2004.12.29. 3자 주주간계약서를 체결하고, OOO는 OOO식품이 발행한 상환전환우선주식 OOO를 OOO O원(1주당 OOO원)에 인수하면서 주주간계약서 제2조 제1항에 따라 OOO가 상환전환 우선주 소유에 의한 OOO 식품의 의결권 일체를 청구법인에게 위임함은 물론 청구법인이 OO OO 식품 의 경영권 행사에 적극 협조 하기로 하는 등 재무적 투자자로서 OOO식품 인수에 참여하면서 경영권을 위임해 준 OOO에 대하여 청구법인은 주주간계약서 제10조 및 제16조 등에 따라 재무적 투자자(OOO OO) 에게 투자원금의 상환 및 배당금(수익금)을 보장하였고, OOO식품은 2004사업연도부터 2006사업연도까지 당기손익이 손실이 나면서 상법상 배당가능이익이 없어 주주간계약서 제15조에 따른 배당금을 지급하지 못하게 되었는 바, 청구 법인은 주주간계약서 제16조 제1항에 의해 2005.11.4. OOO원을 OOO에 대신 지급 (총 OOO원)하고, 이를 자산인 배당 보증금계정(쟁점배당보증금) 으로 계상하였다.

2. 청구법인의 OOO식품의 인수동기를 보면, 청구법인은 제과․제빵 등 식품제조와 판매업을 영위하고 있는 것으로 대형 4개 제과업체 중 최하위이고, 빙과제품이 없어 여름매출 부진으로 인하여 사업확장을 계획하고 있던 중 제과뿐 아니라 빙과부분까지 보유하고 있는 동종업계 시장점유율 3위인 OOO식품이 매물로 나왔는 바, 청구법인은 설비를 신설하고 인력보강으로 방법으로 사업을 확장하는 것 보다는 청구법인과 업종이 같고 기존의 제조시설과 판매망을 보유 하고 있는 OOO식품을 인수하여 경영의 안정성과 효율성을 최대화시키는 차원에서 OOO식품을 인수하였고, 청구법인이 OOO식품을 인수한 결과, 청구법인은 시장지배력이 높아져 경쟁력을 확보하게 되었고, 빙과제품에 대한 시장도 진출 하여 여름에도 일정수준의 매출유지 및 중복점포의 통폐합과 원재료의 공동구매 등에 따른 시너지 효과 등으로 영업이익율이 크게 증가[4.89%(2005년)→9.84%(2011년)]하고 신용등급 상승(BBB→A-)으로 회사채 발행에 따른 이자비용 등이 경감되었다. (다) 지급이자 손금불산입 규정인법인세법제28조는 차입금이 특수관계자에 대한 업무무관자금대여 등에 사용되지 않도록 함으로써 그 자금이 기업고유의 운영자금으로 운용되도록 하는데 그 규정취지가 있다 할 것이므로 지급이자에 대한 손금불산입 규정을 적용함에 있어서 업무와 직접 관련 없이 지급한 가지급금 등이라 함은 명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 주된 수익 사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 말한다 할 것이다(국심 2006서2546, 2008.1.30. 같은 뜻). (라) 이상과 같이 살펴본 바를 종합하면, 청구법인은 제과제조업과 판매업을 영위하면서 사업을 확장하기 위하여 신규 시설투자를 하고 인력을 보강하는 방법과 같은 동종 업종의 OOO식품을 인수하는 방법 중 OOO식품을 인수하여 단기간에 사업을 확장하는 방법을 선택하여 경영의 위험성을 최소화한 결과, OOO식품과 영업망이 통합되는 등으로 경쟁력이 향상되어 신용등급이 상승되고 이자비용이 절감되었을 뿐 아니라, 주사업인 제과업의 매출과 수익 모두 향상 되었으므로 청구법인이 OOO식품을 인수함에 있어 재무적 투자자를 유치하기 위한 불가피한 선택으로 재무적 투자자에게 투자원금 및 배당금(수익금)을 보장하기로 약정한 주주간 계약서에 따라 OOO식품인수목적특수회사를 대신하여 재무적 투자자에게 쟁점배당보증금을 지급한 것이 경제적 합리성을 결여하였다거나 청구법인의 업무와 관련이 없다고 보기 어렵다. 따라서, 처분청이 쟁점배당보증금을 업무무관가지급금으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다(쟁점배당보증금에 대하여 부당행위계산 부인하여 인정이자를 가산한 부분에 대하여는 이를 경정하더라도 그에 따라 익금불산입 대상 이월익금액의 감소도 수반되어 청구법인의 2009사업연도 익금액에는 변함이 없으므로 이에 대한 판단은 생략한다).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)