청구인을 거주자로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1994.4.10. 취득한 OOO아파트 1동 407호가 재건축됨에 따라 신축주택인 OOO아파트 101동 601호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2003.11.12. 준공(사용승인일)하여 보유하다가 2006.11.1. 양도한 후 조세특례한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 및 조세특례한법 시행령(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제40조를 적용하여 2007.1.23. 양도소득세를 100% 감면 적용하여 신고하고 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다.
• 나. OOO세무서장은 2012.4.25. 조특법 제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어서 자기가 건설한 신축주택(재건축ㆍ재개발 포함)의 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 않음에도 양도소득금액 전체에 대하여 감면 신고한 양도소득금액 중 종전주택에 해당하는 부분은 감면 배제하여 2006년 귀속 양도소득세 OOO원 경정․고지하고, 농어촌특별세 OOO원 환급 결정하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.16. 이의신청을 거쳐 2012.11.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조의3 제1항의 “취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”은 양도로 인하여 발생하는 양도소득금액 전액을 의미하는 것이며, 취득일부터 5년간 발생하는 소득이라고 해석될 여지가 없으며, 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 “법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있는바, 위 시행령 규정은 신축주택의 취득일로부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 따라서 5년 이내에 양도한 경우에 동 시행령의 규정이 적용될 여지가 없다. 조특법 시행규칙 별지 제37호 서식(세액감면신청서)의 작성요령에 의하면, 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에만 5년 이내 발생한 양도소득금액을 산식에 의하여 계산하도록 하고 있고 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 경우에는 양도소득금액을 그대로 감면대상 양도소득금액란에 기재하도록 하고 있다.(작성요령 3,4) 종전주택을 철거한 후 주택을 신축하여 그 신축주택을 양도하는 경우, 종전주택은 양도된 바가 없으므로 종전주택의 양도소득은 존재하지 않는 것이며, 신축주택의 양도소득만이 존재한다. 따라서 감면대상소득은 종전주택 취득시점부터 신축주택 양도시까지 발생한 모든 소득을 의미한다. 재정경제부와 국세청은 개정세법 및 실무해설책자를 통해서 취득일부터 5년이내에 양도하는 경우 100% 감면하는 것으로 해설하고 있다. 따라서, 신축주택을 그 취득일부터 5년이내에 양도하는 경우 감면되는 소득은 그 주택의 양도로 인하여 발생하는 모든 소득금액으로 봄이 타당할 것인바, 처분청은 2006년 귀속 양도소득세 부과처분을 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택(재건축․재개발 포함)의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않으므로, 구주택의 취득일로부터 양도일까지의 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은 조특법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}을 적용한다. 이 경우 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 구주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법이므로, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일(완공일) 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내 양도하는 경우 조세특례제한법 제99조의3 에 의하여 양도소득세 전액 감면대상이 라는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 감면소득금액을 OOO원으로 신고하였지만, 처분청은 OOO원으로 감면소득금액을 경정하였는바, 신고 감면소득과 결정 감면소득금액과의 차액은 OOO원으로 나타난다.

(2) 처분청은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 의하여, 감 면소득금액은 OO,OOO,OOO원 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)}으로 계산하였는바, 계산내용은 아래와 같다.

(3) 처분청의 적정 감면세액은 OOO원 {산출세액×(감면대상 양도소득금액-기본공제)/과세표준}으로, 신고 감면세액 OOO원과 차액은 OOO원이며 계산내역은 아래와 같다.

(4) 청구인은 농어촌특별세를 OOO원으로 신고하였지만, 처분청은 OOO원으로 산정하여, 신고세액과 결정세액과의 차액은 OOO원이고, 가산세는 납부불성실가산세 OOO원으로 나타난다.

(5) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상이라고 주장하고 있으나, 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액 으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함 되는 것으로 보기 어려운 점, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.) 에서 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하고 한 점 등으로 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2012서4223, 2012.11.21. 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.