종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1998.11.3. 취득한 OOOOO OOO OOO OOO OOOOO O-OOO (기준시가 OOO원, 이하 “종전주택 ”이라 한다)이 재건축됨에 따라 OOOOO OOO OOO OOO OOOOOO OOO-OOOO (이하 “신축주택 ”이라 한다)를 취득하였다가 2006.11.27. 양도한 후, 2006.12.27. 양도소득세 신고시 양도가액 O,OOO,OOO,OOOO, OOOO OOO,OOO,OOOO, OOOO OOO,OOO,OOO원으로 하고,조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 감면신고를 하였다.
• 나. 처분청은 OOO국세청장의조세특례제한법제99조의3의 감면적용 대상주택에 관한 특정감사지시에 의해 청구인의 신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 청구인이 종전주택 취득시(1998.11.3.)부터 신축 주택 양도시(2006.6.12.)까지 양도소득금액 264,566,640원 전체에 대하여 감면적용을 하였는바, 종전주택 취득일(1998.11.3.)부터 신축주택준공일 전일(2001.12.20.)까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 감면적용을 배제하여 2012.4.25. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.17. 이의신청을 거쳐 2012.11.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 은 같은 법 제99조의3에 따른 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 규정하고 있는데 동 규정의 산식을 적용함에 있어 분자와 분모의 취득당시 기준시가는 모두 신축주택의 사용승인일의 기준시가를 적용하여야 하며, 국세기본법제48조 제1항에서 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 청구인이 종전주택의 양도차익이 감면이 적용되지 않는 것에 대한 그 의무를 태만히 한 것이라 할 수 없어 청구인은 감면을 적용하여 신고한 정당한 사유가 있으므로 가산세 부과는 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 신축주택을 양도하고 감면대상 양도차익을 계산함에 있어서 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지의 전체의 양도차익에 대하여 감면을 적용하여 신고하였으나,조세특례제한법제99조의3에 의한 감면대상은 신축주택 취득이후부터 5년간의 양도차익이며, 따라서 종전주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액과 5년 경과후의 양도소득금액은 감면배제대상이며, 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 해당하므로 가산세 부과는 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법제99조의3【 신축주택의 취득자에 대한 양도 소득세의 과세특례】적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면적용대상인지 여부 및 가산세 부과의 적정여부
• 나. 사실관계 및 판단 처분청은 조세특례제한법제99조의3 규정상 신축주택취득일로 부터 신축주택양도일까지의 양도소득금액만이 감면대상으로 보아 이 건 처분을 하였고, 청구인은 국세청 예규(서면4팀-320, 2006.2.17.)에 의해 종전주택 취득일부터 신축 주택 양도일 까지의 양도소득금액 전체를 감면대상으로 인정하여 오다가 2009.1.20. 생산된 재산세과-227(종전주택 기준시가와 신축주택의 기준시가를 적용하는 것임)에 의해 신축주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액에 대하여만 감면을 적용하는 것은 부당하며 가산세 부과는 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 자료를 보면, 청구인은 1998.11.3. 취득한 종전주택이 재개발됨에 따라 2001.12.21. 신축주택을 취득하였다가 2006.11.27. 양도한 후, 2006.12.27. 양도소득세 신고시 양도가액 O,OOO,OOO,OOOO, OOOO OOO,OOO,OOOO, OOOO OOO,OOO,OOO원으로 하고,조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 감면․신고하였고, 처분청은 OOO국세청장의조세특례제한법제99조의3의 감면적용 대상주택에 관한 특정감사지시에 의해 청구인의 신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 청구인이 종전 주택 취득시(1998.11.3.)부터 신축 주택 양도시(2006.11.27.)까지 양도소득금액 OOO원 전체에 대하여 감면적용을 하였는바, 종전주택 취득일(1998.11.3.)부터 신축주택 준공일 전일 (2001.12.20.)까지의 양도소득금액 OOO,OOO,OOO 원에 대한 감면적용을 배제하여 이 건 처분을 하였다. (2)조세특례제한법제99조의3 제1항에서 ‘거주자가 자기가 건설한 신축주택(주택조합 또는 재개발조합원이 취득하는 주택 포함)을 취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 양도소득세 과세대상소득금액에서 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다고 하면서 제4항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 및 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 국세기본법제48조 제1항에서 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. (3) 따라서, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하며, 청구인이 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 해당하므로 청구주장을 받아들이지 아니한 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012중964., 2012.4.17. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.