종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음

OOO세무서장이 2012.7.1. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 OOO 217동 902호를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1982.12.1. 서울특별시OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인하여 같은 곳 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2002.7.27. 취득(사용승인일)하여 보유하다가, 2006.12.20. OOO원에 양도하고 양도소득세 과세표준 예정신고시조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 산출세액 OOO원 전액을 감면 신고하였다.
• 나. 처분청은 신축주택의 양도소득세 신고내용 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 하여 2012.5.2. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.27. 이의신청을 거쳐 2012.11.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법」제99조의3 제1항의 “취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”이라 함은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 소득을 의미하는 것이 아니라 신축주택을 양도함으로써 발생한 양도소득 전체를 의미하는 것이다. 이에 대한 근거로는 ⓛ 재정경제부가 2001년에 발간한 간추린 개정세법책자에 거주자가 비수도권지역에 소재하는 신축국민주택을 취득하여 5년 이내 양도시 양도소득세 100% 감면이라고 하였으며, ② 신축주택 양도소득세 감면신청서의 작성요령에 의하면, 5년 이내 발생한 양도소득금액을 계산하는 산식은 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에만 기재하도록 되어있고, 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 경우에는 양도소득금액을 그대로 감면대상 양도소득금액(5년 이내 발생한 양도소득금액)란에 기재하도록 하고 있으며, ③ 구주택 철거 후 주택을 신축하여 신축주택을 양도한 경우 구주택은 양도한 것이 아니므로 신축주택의 양도소득만이 있을 뿐이고, 구주택의 양도소득이란 개념상 존재할 수 없는 것이며, ④ 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산식에 있어 분자와 분모에서 “취득시 기준시가”라는 동일한 용어를 사용하고 있으므로 분자는 신 주택의 취득시 기준시가, 분모는 구주택의 취득시 기준시가라고 해석할 근거가 없으며, ⑤ 구주택이 단독주택이고 신 주택이 아파트인 경우 구주택과 신 주택 취득시의 기준시가를 어떻게 적용할 것인지가 의문시되기 때문이다. 따라서 조세법률주의의 엄격해석의 원칙상 감면규정의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 축소 해석할 수 없으므로 이 건 처분을 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항은조세특례제한법제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득은 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이며, 나아가 청구인은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 규정의 산식에서 분모 분자에 모두 “취득당시의 기준시가”로 규정되어 있고 신축주택 취득당시의 기준시가로 언급되어 있지 않으며 “재건축조합원이 재건축 완공 후 분양받은 신축주택을 양도할 경우 신축주택 취득 전 양도소득금액에 대한 양도소득세는 감면되지 않는다.”는 단서 규정이 없음에도 불구하고 감면규정을 신축주택 취득일 이후 5년간으로 축소 해석하는 것은 신의성실 원칙을 위반한 것이라고 하였으나, 종전 국세청 예규가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3 적용시, 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상에 포함하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 양도소득세 과세표준신고 및 자진납부계산서에 의하면, 청구인은 2007.2.28. 양도소득세를 자진신고하면서 신축주택 취득전 양도소득을 감면대상 소득에 포함하여 양도소득세 OOO원(100%)을 감면 신청한 것으로 나타난다.

(2) 양도소득세 결정결의서에 의하면, 처분청은 신축주택 취득 전 양도소득을 양도소득세 감면대상 소득에서 부인하여 2012.5.2. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지한 것으로 나타난다.

(3) 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상 소득에서 제외한다는 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20)가 존재하기 이전에는 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상 소득에 포함하는지 여부에 대한 명확한 해석 자료는 없는 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다(조심 2010부415, 2010.9.17., 같은 뜻임). 한편, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니한 바, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.