관련법령은 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있으므로 청구주장을 받아들이기 어려움
관련법령은 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있으므로 청구주장을 받아들이기 어려움
OOO세무서장이 2012.5.11. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은
1. OOO아파트 123동 1804호 양도소득 중 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 따른 양도소득세 감면 대상 소득금액 OOO원을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,
2. 나머지 청구는 이를 기각한다.
(1) 신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우 조특법 시행령 제99조의3 제2항에서 준용하는 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”은 신축주택준공일(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)이며 청구인은 이 해석에 따라 신축주택에 대한 양도소득세를 신고하였는바, 처분청이 변경된 해석(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에 의하여 분모의 “취득당시 기준시가”를 “종전부동산의 취득당시 기준시가”로 적용하여 양도소득세를 경정한 것은 소급금지 과세원칙 및 신의성실원칙에 반하는 부당한 처분이다. (2) 예비적 청구로, 조특법 시행령 제40조 제1항의 감면소득계산식에서 변경된 예규(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에 의하여 “분모의 취득당시 기준시가”를 달리 산정하더라도 (가) 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우 세액감면 차감방식이 아닌 “소득금액 차감방식”으로 산정하여야 하고, (나) 청산금을 납부한 신축주택의 경우 ‘종전부동산 취득당시 기준시가’(분모)에 ‘청산금 납부분에 해당하는 토지·건물의 취득당시 기준시가를 더한 금액’을 분모의 취득당시 기준시가로 보아 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하여야 하고, (다) 장기보유특별공제에 있어, 신고분(①청산금 납부분 양도차익, ②종전주택분 양도차익)이외에 청산금 납부분외 양도차익에 대하여도 종전주택 취득일부터 신축주택양도일까지 기간을 적용하여 추가공제하여야 한다. (라) 또한, 종전 해석을 바꾸어 양도소득세를 증액결정한 것은 청구인에게 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하고 납세자의 귀책사유가 아니므로 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당하다.
(1) 2005년 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)는 종전주택을 재개발한 상황에 대한 상정 없이 단순히 신축주택 취득자에 대한 감면을 규정하고 있어 “취득당시”와 “취득일”을 달리보지 않고 “사용승인일”로 본 국세청 해석에 오류가 없고, 조특법 제99조의3 규정은 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득금액을 감면한다는 의미가 아니라 신축주택취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 감면한다는 의미가 명백하므로 청구인이 분모·분자의 “취득당시 기준시가”를 모두 “신축주택의 취득당시 기준시가”로 해석하여 100% 감면신고한 것은 청구인이 조세법률의 해석 및 적용을 잘못한 것으로 처분청의 과세처분은 정당하다.
(2) 청구인의 예비적 청구에 대하여는 아래와 같은 이유로 받아들일 수 없다. (가) 감면세액을 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우 세액감면차감방식이 아닌 “소득금액 차감방식”으로 산 정하여야 한다고 주장하고 있으나, 조특법 시행령 제99조의3 등에 의한 감면소득의 계산산식은 “양도소득금액 × {(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 종전주택취득당시 기준시가)}”이며, 감면세액 계산식은 “산출세액 × (감면대상 양도소득금액 - 기본공제)/과세표준”으로 되어 있다. (나) 청산금을 납부한 경우 ‘종전부동산 취득당시 기준시가’(분모)에 ‘청산금 납부분에 해당하는 토지·건물의 취득당시 기준시가’를 더한 값으로 계산하여야 한다고 주장하나, 조특법 시행령 제40조 제1항의 감면소득 계산식에서 분모 값은 “양도당시의 기준시가 - 종전주택취득당시의 기준시가”로 규정하고 있다. (다) 처분청은 청구인이 신축주택의 양도소득세 예정신고시 신고한 장기보유특별공제액을 신고시인하였고, 이 건 불복청구는 감면 소득금액 재계산의 당부에 대한 것으로 장기보유특별공제액의 재계산은 불복청구의 대상이 아니
① 신축주택 취득일 이후 5년 이내 양도소득금액만 감면하여 양도소득세를 경정한 부과처분이 소급과세금지·신의성실원칙을 위배하여 취소되어야 한다는 청구주장의 당부
② 신축주택의 양도에 따른 감면세액을 계산함에 있어 양도소득금액에서 감면소득금액을 직접 차감하여 양도소득세 과세표준과 세액을 계산하여야 하는 지, 아니면 산출세액에 과세표준에서 기본공제 후의 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하는 방법으로 하여야 하는 지 여부
③ 청산금을 납부한 경우 조특법 시행령 제40조 제1항의 감면소득금액 계산 산식에 있어 분모의 취득당시의 기준시가에 청산금납입액을 포함하여야 한다는 청구주장의 당부
④ 장기보유특별공제에 있어 종전주택분 양도차익과 청산금 납부분 양도차익 이외에 ‘청산금 납부분외 양도차익’에 대하여도 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
⑤ 이 건 납부불성실가산세를 부과처분한 것이 신의성실의 원칙에 반한다는 청구주장의 당부
(1) 청구인의 양도소득세 신고서 및 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 신축주택은 OOO아파트재건축조합에 종전주택을 출자하고 1998.1.5. 재건축조합원으로서 분양받은 것으로 조특법 제99조의3의 ‘신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)’에 사용승인(2001.6.21.)받은 사실이 아파트공급계약서 및 임시사용승인서(2001.6.20. OOO구 청장)에 의하여 확인되므로 ‘양도소득세 과세특례’적용을 받는 신축주택 에 해당된다. (나) 청구인은 2006.12.22. 신축주택을 OOO원에 양도하고 실지거래가액에 의하여 양도차익OOO을 계산하고 장기보유특별공제액OOO을 차감한 OOO원을 양도소득금액으로 산정한 후 조특법 제99조의3에 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 이유로 전액 감면소득으로 신고하였고, 처분청은 쟁점주택이 조특법 제99조의3에 규정한 신축주택취득기간에 사용승인받은 주택에 해당되어 신축주택 감면요건은 충족하나, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상소득이 아니라고 보아 청구인이 신고한 감면소득금액 OOO원 중 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 준용하여 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액이 신축주택 양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 감면소득금액 OOO원을 초과한 OOO원에 대하여는 감면부인하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.
(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 조특법 제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2002.10.31.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다. (나) 살피건대, 청구인은 신축주택의 양도일 이후인 2009.1.20. 생산된 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 의한 부과처분이 신의성실 및 소급과세 금지의 원칙에 반하는 등 처분청의 과세처분은 부당하다는 주장이나, 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 과세관청의 종전해석(국세청 서면4팀-2109, 2005.11.8.)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때 처분청의 이 건 부과처분이 소급금지 과세원칙 및 신의성실원칙을 위배하였다고 보기는 어렵다(조심2012서, 2012.2.23. 등 다수 같은 뜻).
(3) 쟁점②에 관하여 본다. (가) 이 건 신축주택은 청구인이 2001.6.20. 취득하여 5년이 경과한 2006.12.22. 양도한 것으로써, 청구인은 처분청이 결정한 감면대상소득을 기준으로 결정세액을 산출하면 양도소득금액 OOO원에서 감면소득금액 OOO원과 기본공제 OOO원을 차감한 과세표준 OOO원에 세율(36%)을 적용한 산출세액 OOO원을 결정세액으로 산정하여야 한다는 주장하고, 이에 처분청은 소득세법 제90조 에서 양도소득금액에 소득세법 또는 소득세법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 양도소득과세표준에 따른 산출세액에 당해 감면소득금액에서 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있다는 이유로 이 건 양도소득세 계산방식이 정당하다는 의견이다. (나) 한편 2010.5.14. 법률 제10285호로 신설된 조특법 제98조의5(2010.2.11. 현재 수도권을 제외한 지방의 미분양주택으로서 2011.4.30.까지 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하는 주택에 대한 양도소득세 과세특례 규정)에 의하면, 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 산출세액에 감면율을 곱하여 계산한 세액을 감면하고, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 감면율을 곱하여 계산한 감면소득금액을 해당 미분양주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼도록 규정하였고, 이에 대하여 기획재정부는 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 감면율에 따라 계산한 감면소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 과소표준과 세액을 계산하여야 한다는 취지의 보도자료를 2010.4.22. 배포하여 안내하였다. (다) 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 2003.1.24. 선고, 2002두9537 판결 참조), 조특법(2006.12.30. 법률 제8138호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합의 조합원으로서 신축주택취득기간((2001.5.23.～2003.6.30.) 내에 취득한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 규정하고 있는바(이하 “이 건 특례조항”이라 한다), 위 조특법 및 시행령에서는 세액의 감면 뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는 데, 이 건 특례조항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 이 건 특례조항의 입법목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 이 건 특례조항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니라고 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고, 2010두3725 판결, 조심 2012서3421, 2012.12.31., 조심 2012서4640, 2013.1.7. 같은 뜻). (라) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액 OO,OOO,OOO원을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
(4) 쟁점③에 관하여 본다. (가) 청구인은 조특법 시행령 제40조 제1항의 감면소득 계산식에서 감면되는 분자의 양도소득은 분모의 값인 양도물건 전체의 기준시가 차액에 대한 감면기간의 감면비율인 바, 납부한 청산금에 대한 신축주택의 취득당시 기준시가는 당연히 분모의 값을 정하는 취득당시의 기준시가에 포함되는 것이 합리적이라고 주장한다. (나) 살피건대 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액의 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는 바, 이는 같은 법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당한 바(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.), 납부한 청산금을 분모의 기준시가에 합산하여 감면소득금액을 산정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻임).
(5) 쟁점④에 관하여 본다. 청구인은 장기보유특별공제를 함에 있어 청산금 납부분 양도차익 과 종전주택분 양도차익 이외에 ‘청산금 납부분외 양도차익’에 대하여도 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 기간을 적용하여 추가공제하여야 한다고 주장하나, 동 ‘청산금 납부분외 양도차익’에 대한 장기보유특별공제 적용 관련조항이 2007.2.28. 신설(소득세법 시행령 제166조 제5항)되어 2007.2.28.이후 양도분부터 적용(소득세법 시행령부칙 제3조 참조)되므로 2006.12.22. 양도된 이 건에 대하여는 적용할 수 없어 청구주장을 받아들이기는 어렵다.
(6) 쟁점⑤에 관하여 본다. (가) 청구인은 이 건 부과처분이 종전 해석을 바꾸어 양도소득세를 증액결정한 것으로 청구인에게 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당하여 취소하여야 한다고 주장하고, 처분청은 청구인이 법률의 해석 및 적용을 잘못하여 신고한 것에 대한 정당한 경정이라는 의견이다. (나) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당 하지 아니하는바(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 이 건의 경우 앞에서 살펴본 바와 같이 과세관청의 종전해석(국세청 서면4팀-2109, 2005.11.8.)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산한 처분청의 이 건 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심2012서, 2012.2.23. 등 다수 같은 뜻).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국 세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.