토지 및 건물가액이 불분명한 경우 기준시가, 감정가액 등으로 안분계산하여 부가가치세 과세함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1961년에 구두 등의 제조․판매를 목적으로 설립된 법인으로, 2007년 제1기에 OO시 OO구 OO동 OO번지 및 같은 곳 OO번지에 소재한 토지 및 공장건물․아파트(이하 “OO동부동산”이라 한다)를, 2008년 제2기에 OO시 OO동 OO번지에 소재한 토지와 매장건물(이하 “O동부동산”이라 한다)을, 2009년 제2기에 OO시 OO동 OO번지 및 OO번지 및 같은 곳 OO번지에 소재하는 토지 및 매장건물(이하 “OOO동부동산” 이라 한다)을, 2010년 제1기에 OO시 OO동 OO번지에 소재한 토지 및 사옥건물(이하 “OO동1가부동산”이라 한다)을 양도하고, 토지가액 및 건물가액이 구분하여 기재되어 있는 매매계약서의 금액을 기준으로 건물분의 부가가치세를 신고하였다.
• 나. OO지방국세청장이 청구법인에 대한 법인세 정기조사의 결과, 위 부동산의 토지 및 건물 가액 구분이 분명하지 아니한 것으로 보아 OO동1가부동산과 OOO동부동산은 감정가액으로, O동부동산과 OO동부동산은 감정가액이 없으므로 기준시가로 각각 안분계산하여 건물의 가액을 산정하고 과세자료를 통보하자, 처분청은 이에 따라 2011.10.7. 청구법인에게 부가가치세 OOO원(2007년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원 및 2010년 제1기분 OOO원)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장

(1) OO동부동산 매각당시 토지 및 건물 가액을 산정할 때 매수인에게 적정가격을 제시하면서 그가 요구하는 가격 등을 기초로 수차례 협상하여 2007.3.12. 매매계약을 체결하였는데, 계약서에 “부가가치세를 별도로 지급한다.”라고 약정한 내용과 같이 당사자 사이에는 건물 및 토지의 가액을 구분하였고, 이에 따라 세금계산서를 발행하면서 부가가치세를 별도로 징수하여 신고․납부하였는바, 당사자의 합치된 공급가액이 객관적으로 존재하고 청구법인이 신고한 건물의 과세표준인 OOO원과 기준시가에 따라 재계산하여 경정한 과세표준인 OOO원과의 차액이 OOO원에 불과하고, 추가로 납부할 부가가치세도 OOO원으로 거래금액의 0.2%에 불과하므로 청구법인이 신고한 건물가액을 실지거래가액으로 인정하여야 한다. 청구법인이 경영상 중대한 위기에 처하여 불가피하게 상징적인 매장인 O동부동산을 경쟁자인 OO주식회사에 매각한 것으로 수차례 가격협상을 하여 2008.10.2. 토지와 건물 매매계약을 체결하였고, 건물 과세표준을 기준시가의 비율로 재계산한다 하더라도 과세표준 차액이 OOO원, 부가가치세는 OOO원에 불과한바, 당사자가 부가가치세를 탈루할 목적으로 매매계약을 체결하였다고 보기는 어려우므로 신고한 건물가액을 실지거래가액으로 받아들여야 한다. OOO동부동산은 청구법인이 경영상의 중대한 위기로 인하여 불가피하게 주식회사OO상사에게 매도하면서, 전문컨설팅 사업자인 OOOO주식회사의 중재와 입회하에 계약을 체결한 것이고 공정하고 정당한 거래임에도, 처분청이 근거를 제시하지는 아니한 채 청구법인이 2009년 8월 OO은행의 채무와 관련한 담보가치를 평가할 당시에 제출된 감정평가서상의 가액 비율로 안분하는 건물과세표준과 다르다 하여 경정하였으나, 청구법인이 OOO원에 부동산을 매매하면서 거래금액의 1%에도 미치지 못하는 부가가치세 OOO원을 탈루하고자 진실성이 의심되는 계약을 체결하였다고 보기 어렵고 당사자가 진정한 토지 및 건물의 시가를 협상하여 정당하게 결정한 이상, 청구법인이 신고한 금액을 실지거래가액으로 채택하여야 한다. 본사사옥인 OO동1가부동산은 청구법인이 경영상 중대한 위기에 따라 불가피하게 매각하면서 전문컨설팅 사업자인 OOO 주식회사의 중재와 입회하에 계약을 체결하여 공정하고 정당하게 거래한 것임에도, 처분청은 근거를 제시하지 아니한 채 청구법인이 2009년 8월 OO은행 채무와 관련한 담보가치의 평가당시 제출된 감정평가서상의 금액 비율로 안분한 건물과세표준을 근거로 하여 경정하였으나, 감정평가서는 담보설정 목적으로 가치를 산정하기 위하여 제출된 것으로, 건물 감정가액이 1999년 OOO원에서 2006년 6월 OOO원으로 감소하다 2009년에는 OOO원으로 되어 전보다 상승하는 이상한 결과가 발생함이 확인되는데, 이는 당시 감정평가가 담보가액을 산정하기 위하여 은행이 요청한 것이라 부동산의 총액만 염두에 둔 것이기 때문이므로 건물의 과세표준에 적용하기에는 적당하지 아니할 뿐만 아니라 동 평가액의 객관적인 신뢰성 또한 높지는 아니하며, 기준시가나 감정가액은 결국 가격을 결정할 때에 고려하는 요소에 불과하고, 토지 및 건물 가액의 조정이 없이 시가를 협상하여 당사자가 정당하게 결정한 이상, 청구법인이 신고한 금액을 실지거래가액으로 시인하여야 한다.

(2) OO동부동산 중 OO번지에 소재하는 건물은 전용면적이 35.61㎡에 불과한 근로자 임대아파트 9호로 동 아파트는 국민주택규모(주거전용면적이 1호 또는 1세대 85㎡ 이하) 이하의 주택이어서 양도당시 부가가치세가 면제되는 재화임에도, 처분청은 이를 과세대상으로 잘못 분류하여 과세한 처분은 타당하지 아니하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 위의 4건 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 토지 및 건물가액은 당사자 간에 총 매매가액을 확정한 후 청구법인 스스로 기준시가로 안분하여 계약서에 구분하였으나, 쟁점부동산의 건물 기준시가 산정당시에 잔가율 및 용도지수를 잘못 적용하는 등의 오류로 인하여 건물가액이 낮게 계산된 사실을 청구법인도 인정하였고, OO동1가부동산 및 OOO동부동산에 대하여 감정가액을 적용한 이유는 청구법인이 2009년 8월에 작성한 감정평가서를 제출하며 감정가액으로 토지 및 건물 가액을 안분할 것을 요청하여 타당한 것으로 판단하여 그와 같이 한 것이고, 또한 기준시가로 건물가액을 산정할 경우에는 감정가액보다 큰 금액으로 계산된다. OO동1가부동산의 감정평가는 OO은행과 2009.10.7. 부동산담보신탁계약을 체결하기에 앞서 청구법인이 소유한 부동산 14건 모두에 대하여 평가한 것 중의 하나이며, 신탁부동산에 대한 담보물의 실질가치(신탁가액)를 평가한 것으로 그 후 담보신탁 계약서를 체결할 때 제2조(신탁가액) 제2항에 신탁가액 산정을 위하여 당사자 간에 합의하여 감정한다고 명확하게 약정되어 있어 단순한 담보목적 또는 총액으로만 평가하였다는 주장은 사실과 전혀 다르며, 신탁계약의 체결은 채권자로서 청구법인이 임의로 부동산을 처분하거나 권리를 설정하는 것을 방지하기 위하여 실질적 가치를 산정하여 권리를 보호하는 방편으로 이용되는 것이므로 임의로 가액을 부풀리거나 채권자나 채무자에게 유리․불리하게 평가할 수 없고, 2009.7.24. 매매계약을 체결하여 매매가 되었는데도 청구법인이 이미 처분한 부동산을 2009.8.17. 담보제공하기 위하여 감정하였다는 주장은 이치에 맞지 아니하는 것이다. 또한, 부동산 소재지가 분당선의 연장인 OO역의 전철역세권 지역으로 예정되어 있어 공사가 진행 중이라 토지와 건물 감정가액이 상승하는 것이 당연한 것이며, 청구법인은 감정평가법인의 감정가액이 객관적으로 신뢰하기 어려워 수용할 수 없다면 구체적으로 얼마만큼 과대평가되었는지 여부에 대한 사실관계를 명료하게 밝혀야 한다.

(2) 청구법인은 OO동부동산 중 OO번지상의 건물은 국민주택규모이하의 근로자 임대아파트이므로 부가가치세 면세대상이라 주장하나, 동 아파트는 청구법인이 1995년 2월에 취득하여 독신 직원의 숙소로 사용하다가 2001년 1월부터 주식회사 OOOO(제조/의류업)에게 공장건물과 함께 일괄 임대한 건물로, 청구법인은 동 아파트를 양도한 후 토지․건물에 대한 기준시가로 안분하여 2007년 제1기 건물 과세표준을 OOO원으로 하여서 부가가치세 OOO원을 신고․납부하였고, 상대방도 매입세액을 공제받았으며, 청구법인은 면세재화라는 이유로 현재까지 경정청구를 제기한 사실이 없다. 또한, 동 아파트는 공장건물에 부속된 건물로 함께 일괄 임대한 사업용 자산으로 임차인도 2001년 1월부터 계속하여 독신자 숙소(2인 1실, 면적 10평/전용 7평)로 사용하는데, 직원의 복리 및 근로 편의를 위한 대기소나 직원숙소에 대한 건설용역은 과세대상인바, 상시주거용 주택이 아니므로 건물공급에 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점부동산의 양도에서 토지 및 건물 가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가, 감정가액으로 건물 부가가치세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점부동산 중 1건은 국민주택규모 이하의 아파트이므로 부가가치세 면제대상이라는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지 및 제9호는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2 및 제11호는 2011년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호는 2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) (2) 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】

④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역" 이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의 2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택 (3) 조세특례제한법 시행령 제51조 의 2【자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례】

③ 법 제55조의 2 제4항에서 “대통령령으로 정하는 규모”란 주택법에 따른 국민주택규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다. (4) 부가가치세법 시행령 제48조 의 2【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OO지방국세청장이 쟁점부동산을 조사한 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인이 쟁점부동산의 매매가액에 대하여 토지 및 건물 가액을 기준시가 비율에 따라 안분한 내역은 아래 <표>와 같다. (나) OO지방국세청장은 청구법인으로부터 쟁점부동산 건물가액을 산정함에 있어 감정가액이 아니라 기준시가의 비율로 안분함에 따라 건물가액을 과소하게 계상하였으며, 잔가율 적용 등의 오류로 인하여 건물 매각가액을 과소하게 계상하였다는 확인서를 받았고, 처분청이 기준시가 및 감정가액에 따라 재산정한 건물가액은 아래 <표>와 같다. (다) 한편, 기준시가로 건물가액을 산정할 때 청구법인, OO지방국세청장이 각각 적용한 용도지수 및 잔가율은 아래 <표>와 같다. (라) OO지방국세청장은 OO동1가부동산과 OOO동부동산의 경우 청구법인이 2009년 8월 부동산신탁을 하기 위한 감정가액이 있으므로 이에 따라 토지 및 건물가액을 안분계산할 요구함에 따라 양도가액과 감정가액이 사실상 일치하는 점 등을 인정하여 감정가액을 기준으로 건물가액을 산정하였다. 한편 OO동1가부동산의 연도별 감정평가내역은 1999.4.1. 현재 토지 OOO원/건물 OOO원, 2006.6.22. 현재 토지 OOO원/건물 OOO원, 2006.6.29. 현재 토지 OOO원/건물OOO원, 2009.8.17. 현재 토지 OOO원/건물 OOO원이고, 분당선 연장인 OO역의 전철역세권 지역으로 예정되어 공사가 진행 중에 있으며, 총 매매가액을 기준시가로 안분하면 건물가액이 OOO원으로 계산된다고 처분청은 답변한다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산의 토지 및 건물 가액은 매수인과의 합의하에 결정된 금액이고, OO동1가부동산은 OO시가 매각한 토지의 매매사례가액에 근거(토지는 다른 토지가격의 90% 적용)하여 산정한 금액으로 청구법인이 신고한 건물가액이 실지거래가액에 해당한다고 주장하며 각 부동산의 매매계약서 등을 증빙으로 제시하고 있다.

(3) 청구법인이 건물가액의 산정당시 용도지수 및 잔가율을 잘못 적용한 것을 처분청이 바로 잡아 안분계산한 점, OO동1가부동산과 OOO동부동산은 청구법인의 요구에 따라 감정가액으로 산정한 결과 기준시가로 계산한 경우보다 건물가액이 낮은 점, 부가가치세법 시행령제48조의2에서 토지 및 건물 가액의 구분이 불분명하면서 감정가액이 있는 때에는 우선하여 적용한다고 규정하고 있는 점 등을 감안하면, 처분청이 쟁점부동산의 토지 및 건물 가액의 구분이 분명하지 아니한 것으로 보아 위 2건의 부동산은 감정가액으로, 나머지는 기준시가로 각각 안분계산하여 건물의 가액을 산정하고 그에 대한 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(쟁점①). (4)조세감면규제법 시행령제63조 제2항에서 규정한 국민주택 건설용역은조세감면규제법제100조 제1항 제1호에 따라 면세대상이고, 학교, 청사 등에 부속되는 관사 또는 사택이 국민주택에 해당하는 경우 그 관사 또는 사택의 건설용역도 마찬가지이나, 직원의 복리 및 근로의 편의를 위한 대기소 또는 숙소의 건설용역은 국민주택 건설용역이 아니므로 과세대상”인바, 쟁점부동산 중 OO동 OO번지 소재 아파트 9호는 임차법인이 계속하여 독신 직원의 숙소로 사용하고 있으므로 부가가치세 면제대상이라 하기는 어렵다고 판단된다(쟁점②).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.