[요지] 조세특례제한법제99조 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우, 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이며, 위 제99조의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 상 분자의 취득당시 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가 이고, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보아야 할 것이므로 처분청이 그와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당함
[참조결정] 조심2012서5237 / 조심2012서3421
[주 문] OOO세무서장이2012.7.11. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은OOOOO OOO OOO OOO OOOOOOO OOO-OOOO의 양도소득 중조세특례제한법제99조 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구인은 1970.7.30. OOO 대지(이하 “구토지”라 한다)를 취득한 후 구 토지는 도시재개발법에 따라 재개발구역으로 지정되어, 관리처분계획인가에 따라 같은 동 250 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 1999.4.20.(사용승인일) 취득하여 보유하다가 2010.3.23. 양도한 후,조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조에 의하여신축주택 취득일로부터 5년까지의 양도소득세 OOO원을 감면하고, 2010.5.20.양도소득세 예정신고를 하였다. 나.처분청은 양도소득세가 감면되는 소득은 신축주택 취득 후 5년간 발생한 소득이므로 구토지 취득시점부터 신축주택 완공일 전일까지의 양도소득에 대해서는 감면배제하여, 2012.7.11. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인은 구토지를 취득하여 보유하다가 재개발사업으로 신축주택을 취득한 후 양도하였으므로 관련 양도차익은 구토지의 양도차익과 신축주택의 양도차익으로 구분되며, 조특법 제99조의 내용은 신축주택의 양도차익을 산정하여 감면을 적용하라는 것으로 신축주택의 양도차익은 실지거래가액에 의하여 양도가액에서 신축주택의 취득가액(구주택평가액 및 청산금 납부액)을 차감하여 산정하여야 하며, 감면소득금액은 조특법 시행령 제40조 제1항 산식 중, 분모·분자의 취득시기는 동일하게 신축주택의 사용승인일로 하여 감면소득금액을 산정하여야 하는바, 신축주택 취득후 양도하면 감면하는 것으로 입법한 뒤, 취득일 이전 취득단계의 양도차익을 감면배제하는 것은 국가기관을 믿고 신축주택을 취득한 취득자에 대한 신의성실의 원칙에 위배되며, 취득일 이전의 취득단계 양도차익을 산정하여 감면을 배제하라는 법규정이 없는데도 예규로 법을 집행하는 것은 근거과세원칙 및 조세법률주의에 위배되므로 처분청의 과세처분은 부당하다(주위적 청구).
(2) 조특법 제99조는 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 빼도록 규정하고 있으므로, 대법원판결(대법 2010두3725, 2012.6.28.)에 따라 과세대상 소득금액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하는 방법으로 양도소득세를 재결정하여야 한다(예비적 청구).
(1) 양도소득세는 납세자의 양도자산에 대한 보유기간에 따라 발생한 양도소득금액을 과세대상으로 하여 과세하는 것이므로 보유기간 중 일정기간에 대한 양도소득세를 과세하는 것이 아닌바, 신축주택의 양도소득세를 계산하기 위해서는 조합원의 자격으로 출자한 부동산 등의 취득시기부터 신축주택의 양도시점까지의 보유기간에 대한 양도소득금액을 계산하여야 하므로 양도소득금액을 임의적으로 구분하여 조합원의 자격으로 주택재개발조합에 출자한 자산의 보유기간에 대한 양도소득금액과 신축주택 보유기간에 대한 양도소득금액을 구분하여 감면세액을 계산하여야 한다는 청구인의 주장은 조특법 제99조 제1항 및 소득세법 시행령 제166조의 규정을 자의적으로 해석하고 있는 것으로 타당하지 아니하다(주위적 청구). ⑵ 조특법 제99조의 규정에 따라 구토지 취득시점부터 신축주택 완공일 전일까지의 양도소득금액을 재계산하여 과다감면금액에 대하여 경정결정하여 고지한 당초 처분은 정당하다(예비적 청구).
3. 심리 및 판단
① 구토지를 취득하여 보유하다가 재개발사업으로 신축주택을 취득한 경우 구토지의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부(주위적 청구)
② 감면대상 소득을 양도소득금액에서 직접 차감하여 과세하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)
(1) 쟁점①에 대해 본다. (가) 청구인은 감면소득을 OOO원으로 산정하여 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하여 감면소득을 아래와 같이 OOO원으로 계산하였다. (나) 청구인은 신축주택의 양도가액OOO에서 신축주택의 취득가액(구주택평가액·청산금납부액 OOO원)과 필요경비OOO를 차감한 양도차익 OOO원을 위 산식의 양도소득금액으로 하고, 분모·분자의 취득시기는 동일하게 신축주택의 사용승인일을 적용하여 감면소득금액을 산정하여야 함에도 취득일 이전 취득단계의 양도차익을 감면배제하는 것은 신의성실 원칙 및 조세법률주의 등에 위배되므로 부당하다고 주장하고 있다. (다) 살피건대, 조특법 제99조 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 종전부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 해석하기 어려운 점, 과세관청의 종전 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하므로 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 등을 위배하였다고 볼 수 없으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다(조심 2012서5237, 2013.3.7. 외 다수 같은 뜻임).
(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다. 처분청은 조특법 시행령 제40조 제1항에 의한 산식 분자의 취득당시 기준시가를 구토지의 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득OOO을 산출하였고, 전체 양도소득금액OOO에 따른 산출세액OOO에 감면소득금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 감면세액OOO을 산출하고, 이를 산출세액에서 차감하여 이 건 양도소득세를 과세하였으나, 조특법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조특법 제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조특법 제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(조심 2012서3421, 2012.12.31., 대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 참조).
(3) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.