종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일까지는 양도소득세 과세특례 규정이 적용되지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1985.1.1. 서울특별시 OOO 주택 및 서울특별시 OOO 토지(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 도시재개발 사업의 진행과정에서 OOO주택재개발조합에 현물출자하고, 재개발사업이 완료됨에 따라 2002.8.28. 서울특별시 OOO(건물 114.97㎡, 토지 44.47㎡, 이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인일 2002.8.28., 청산금 OOO원 추가납부)하여 2007.8.20. 이OOO에게 OOO원에 양도하 고 2007.11.2. 양도차익을 OOO원(양도가액OOO원에서 취득가액 등 OOO원을 차감한 것)으로 하고, 장기보유특별공제를 양도차익의 24%(소득세법 시행령제166조 제5항의 8년～9년 보유)인 OOO원으로 하여 양도소득금액을 OOO원으로 산정한 후 계산된 과세표준 OOO원에 세율 36%를 적용하여 세액을 OOO원으로 산출한 후 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3의 규정에 따른 OOO 원을 감면세액으로 하여 납부할 세액을 “0원”으로 하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 조특법 제99조의3의 양도 소득세 과세특례의 적용대상에 해당되지 아니한다 하여 청구인이 감면 신고한 OOO 원 중OOO원을 부인하여 OOO원을 감면세액으로 하고 납부불성실가산세 등 OOO원을 가산하여 2012.5.10. 청구인에게 2008년 귀 속 양도소득세 OOO원 을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.1. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 조특법 제99조의3 제1항은 적용대상이 되는 신축주택을 ① 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택(제1호)과 ② 자기가 건설한 신축주택(제2호)으로 나누어 규정하고 있고, 제1호의 신축주택의 경우 그 취득시기는 건설업자로부터 분양받은 주택이므로 잔금청산일이고, 제2호의 신축주택의 취득시기는 토지와 건물이 상이하며, 청구인과 같이 재개발한 경우에는 종전주택과 신축주택의 취득시기가 각각 존재하며, 조특법 제99조의3 제1항에서 “신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생되는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고”라고 규정하고 있고, 신축주택에 대한 양도소득세 감면소득금액의 산정은 조특법 제99조의3 제4항에서 대통령령으로 위임하였고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하여 계산하도록 하였는바, 신축주택 감면 양도소득은 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)로 계산하도록 하고 있음에도 처분청은 위 산식에서 분모와 분자에 동일하게 명시된 ‘취득당시 기준시가’를 내부지침인 예규(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에 의거 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를, 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(사용승인일) 기준시가를 적용하여 감면소득금액을 계산한 것은 확장해석이나 유추해석을 한 것으로 조세법률주의에 위배되는 처분으로 부당하다. (2)소득세법제96조에서 양도가액은 실지거래가액으로 양도소득금액을 계산하도록 하면서, 같은 법 제100조에서 양도가액을 실지거래가액으로 하는 경우 취득가액도 실지거래가액을 적용하도록 하고 있으며, 같은 법 시행령 제166조에서는 청구인과 같이 주택재개발사업의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 청산금을 납부한 경우 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하는 산식을 정하고 있음에도 이에 따르지 않고 신축주택 양도에 따른 양도소득금액 계산시에는 실지거래가액으로 하고, 신축주택의 감면소득금액 계산시에는 기준시가를 적용함으로써 실제 5년간 발생한 양도차익과는 상이한 결과가 발생되었으므로 쟁점토지 취득대금과 청산금(추가부담금)을 부담한 경우에 있어 감면소득금액계산은 기준시가가 아닌 실지거래가액으로 함이 타당하다.

(3) 조특법 시행령 제99조의3 제2항에서 감면 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하도록 되어 있고, 동 규정을 보면 감면대상 양도소득금액의 산출은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 되어 있는바, 위 산식에서 분모(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)는 보유기간 전체의 기준시가에 의한 양도차익을, 분자는 신축주택의 취득일로부터 5년이내의 기준시가에 의한 양도차익을 의미하고, 소득세법제97조, 같은 법 시행령 제163조에서 양도가액에서 공제할 필요경비를 규정하였고, 같은 법 시행령 제89조에서 취득가액은 취득에 소요된 실지거래가액으로 정하고 있는바, 청구인의 신축주택의 취득경위를 보면 최초에는 종전주택과 국공유지인 쟁점토지를 취득하였고, 동 부동산이 관리처분계획이 인가됨에 따라 재개발조합에 현물출자가 되었으며, 신축주택 취득과정에서 부족한 금액은 현금으로 지급(청산금 납입)하였으므로 청구인이 신축주택을 취득하기 위한 실지거래가액은 종전주택의 취득가액과 국공유지인 쟁점토지 매입금액 및 청산금 납입액임에도, 처분청은 감면소득금액계산시 위 취득가액 중 종전주택의 취득당시 기준시가만을 반영함으로써 청구인의 감면세액을 축소 계산하였으므로 신축주택 취득 및 양도에 따른 양도소득세 감면소득금액계산시 취득당시 기준시가는 종전주택 취득일의 기준시가 외에 쟁점토지의 취득당시 기준시가 및 신축주택 취득당시 청산금에 상당하는 기준시가(신축주택 취득당시 기준시가× 청산금 납입액/신축아파트 분양가)를 합한 것으로 함이 타당하다.

(4) 처분청은 조특법 제99조에서 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도분은 양도소득세의 100분의 100을 감면하고, 5년이 경과한 경우에는 과세대상 양도소득금액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 빼도록 한 규정을 근거로 양도소득 과세표준 및 세액계산시 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도한 이 사건의 경우 세액공제방식을 적용하였으나 신축주택 취득일로부터 5년이 경과한 이후 양도한 경우와 같이 과세대상 양도소득금액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하는 방식으로 계산하여 부과함이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며, 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100을 감면하도록 규정하였는바, 이는 신축주택의 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 종전주택을 취득할 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 발생된 양도소득으로 확대할 수 없는 것이므로 문리해석이지 유추해석으로 볼 수 없으므로 조세법률주의에 위배되는 처분이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다(조심 2012부0234, 2012.3.13. 외 다수). (2)소득세법제90조에서 양도소득에 대하여 같은 법 또는 다른 법률에 의한 감면소득금액이 있을 때에는 감면소득금액을 직접 차감하는 것이 아니라, 감면소득금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으며, 또한 조특법 시행령 제40조 제1항의 계산식에서 분자와 분모 모두를 기준시가에 의하여 계산하여야 한다고 명문으로 규정하고 있어 조특법 제99조의3에 의한 감면소득 산출시 관련 산식 중 분모와 분자 모두를 기준시가에 의하여 감면소득을 계산한 처분은 정당하다.

(3) 청산금 등은 소득세법 시행령제166조 제7항에 따라 양도차익에서 공제되는 자본적지출액일 뿐 양도소득감면산식에 반영하도록 관련 법령에서 별도로 규정하고 있지 아니하므로 당초 감면소득금액계산은 정당하다(조심 2010서3102, 2011.8.9., 기획재정부 재산세제과-847, 2011.10.10.).

(4) 조특법 제99조에서 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 해당 신축주택을 취득한 날로부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼도록 규정하고 있어, 청구인이 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내 양도한 신축주택의 양도에 따른 감면소득금액의 계산은 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도분에 상당하는 양도소득세의 100분의 100을 감면하는 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점

① 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3에 의한 감면소득인지 여부

② 감면소득금액 계산시 기준시가가 아닌 실지거래가액을 적용함이 타당하다는 청구주장 당부

③ 감면소득금액 계산시 취득당시 기준시가에 종전주택 취득일의 기준시가 외에 신축주택 취득을 위한 종전주택 부수토지인 국공유지 매입토지 및 청산금 관련 기준시가를 취득당시 기준시가에 추가함이 타당 하다는 청구주장 당부

④ 양도소득 과세표준 및 세액 계산시 세액공제방식이 아닌 감면대상 소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 계산함이 타당하다는 청구주장 당부

• 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들의 신축주택 취득 및 양도내역을 보면, 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택으로 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 것으로 나타난다. (2) 청구인은 1985.1.1. 종전주택을 취득하여 보유하다가 국가가 소유하고 있는 종전주택의 부수토지인 국공유지인 쟁점토지를 매입행당동 제2지구 주택재개발조합에 현물출자하고, 재개발사업이 완료됨에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 2002.8.28)하면서 청산금 OOO원을 추가납부한 것으로 나타나며, 처분청은 감면소득금액계산시 청산금을 제외한 종전주택과 부수토지의 기준시가를 분모에 반영하여 감면세액을 OOO원으로 하여 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지한 것으로 확인된다. (3) 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100을 감면하도록 규정하고 있고, 감면소득금액을 계산할 때 “{양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) / (신축주택 양도당시의 기준시가 - 종전주택 취득당시의 기준시가)}”로 계산하도록 규정하고 있다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다(조심 2010부415, 2010.9.17. 같은 뜻). 또한, 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100을 감면하도록 규정하고 있고, 감면소득금액을 계산할 때 “{양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) / (신축주택 양도당시의 기준시가 - 종전주택 취득당시의 기준시가)}”로 계산하도록 규정하고 있는 점, 처분청은 감면소득금액계산시 청산금을 제외한 종전주택과 부수토지의 기준시가를 분모에 반영하여 감면세액을 OOO원으로 산정한 점 등으로 볼 때 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 하면서 감면소득금액계산시 기준시가로 안분하여 보아 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함 으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100을 감면하는 방식으로 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.