종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 신축주택 감면대상 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.5.6. OOO주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던중 재개발로 인해 2001.12.3. OOO 112-901(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 2006.11.20. 양도한뒤, 양도소득세 과세표준을 예정신고하면서 종전주택 취득일부터 양도일까지의 전체 양도차익에 대하여 감면신청하였다.
• 나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.5.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.23. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 이 건 과세시 분모에 있는 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가로, 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시 사용승인일 기준시가를 적용하였는바, 이는 취득당시 기준시가에 대하여 자의적으로 해석한 것인 점, 신축주택 양도시 양도차익은 실지거래가에 의하여 계산하고 있으나, 감면소득의 계산에만 기준시가에 의하여 계산하므로 실제 5년간 발생한 양도차익과는 상이한 결과가 발생하므로 감면소득 계산은 실지거래가에 의해 계산되어야 하는 점, 청구인은 양도시기가 5년이 경과하기 이전에 양도하였지만 감면세액 계산시에만 소득차감방식이 아닌 세액감면 방식을 적용할 이유가 없는 점 등을 종합하면 처분청의 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3은 양도소득세 감면대상에 대하여 전체문언을 고려할때 신축주택을 취득하여 5년간 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있는 점, 조특법 제99조, 같은법 시행령 제99조 및 제40조 등에 감면소득금액의 산출근거가 명시되어 있어 실지거래가액에 의하여 감면소득을 계산할 수 없는 점, 조특법 제99조에 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 양도소득세 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액으로 산정하도록 되어 있어 감면소득금액을 양도소득금액에서 차감후 산출세액을 계산하여야 하는 점 등을 종합하면 처분청의 과세처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택

2. 자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 제시된 심리자료를 보면, 청구인은 1997.5.6. 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 2001.12.3. 신축주택(아파트)을 취득하여 2006.11.20. 양도한뒤, 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원, 양도소득금액을 OOO원, 납부할 세액 및 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(2) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는조특법제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.

(3) 조특법 제99조의3의 입법취지 및 법률규정 등을 살펴보건대, 조특법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축 등에 의해 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 점(조심 2012서2387, 2012.12.3. 참조), 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득 계산산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것(조심 2011서1349, 2011.6.30. 외 다수)인 점 등에 비추어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.