종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1985.6.30. OOO 소재 주택(지상1층, 연면적 42.54㎡, 이하 “구주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 구주택이 재개발되면서 OOO OOO-OOOO호(사용승인일 2005.6.16, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득하였다. 한편 청구인은 2009.5.14. 쟁점신축주택을 김OOO에게 OOO원에 양도한 후 2009.7.30. 쟁점신축주택이조세특례제한법제99조의3에 따른 신축주택 감면에 해당되는 것으로 보고 양도소득세 전액을 감면소득으로 기재하여 감면세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세만을 납부하였다.
• 나. 처분청은 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어서 구주택 취득일부터 쟁점신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당되지 않는다고 보아 2012.6.12. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.3. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 처분청은 조세특례제한법 시행령제40조제1항에서 분모와 분자에 동일하게 명시된 “취득당시 기준시가”를 내부지침인 예규(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.) 에 의하여 달리 적용하고 있다. 즉 분모에 있는 “취득당시 기준시가”를 구주택의 취득당시 기준시가로, 분자에 있는 “취득당시 기준시가”를 신축주택의 취득당시 사용승인일 기준시가를 적용하여 감면세액을 계산하도록 하였다. 이는 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 1984.6.26. 선고 83누680 판결 등 참조). 처분청의 “취득당시 기준시가”에 대한 자의석 해석은 조세법률주의에 반하는 것이므로 조세특례제한법에서 규정한 “취득당시의 기준시가”를 동일하게 해석하여 청구인에게 이 건 양도소득세는 취소되어야 한다. (2) 소득세법 시행령 제166조 에서는 청구인과 같이 주택재개발사업의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 청산금을 납부한 경우 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하는 산식을 정하고 있다. 신축주택 양도시 양도차익은 실지거래가로 계산하고 있으나 감면소득 계산은 기준시가에 의해 계산하므로 실제 5년간 발생한 양도차익과는 상이한 결과가 발생하므로 처분청의 감면소득금액의 계산은 실지거래가액으로 계산하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령제40조제1항에 의거 감면대상소득금액을 구할 때 분모에 명시되어 있는 취득당시 기준시가는 청구인이 구주택을 취득하고 이후 재개발되어 청산금을 납부하였으므로 구주택 취득당시의 기준시가와 청산금 납부분에 대한 취득당시 기준시가의 합으로 보아야 한다. (4) 조세특례제한법 제99조의3 에서 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 한다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결). 청구인의 경우 양도시기가 5년이 경과하기 이전에 양도하였지만 청구인의 감면세액 계산이 5년 이후에 양도하는 경우와 동일하게 계산하는데 감면세액 계산시에만 소득차감 방식이 아닌 세액감면 방식을 적용할 이유가 없다. 따라서 전체양도차익에서 감면소득의 계산은 소득금액 차감방식으로 산정하여 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구인이 주장하는 예규는 종전부동산의 감면소득에 대해 명확히 규정되지 않은 부분에 대한 구체적인 해석일 뿐 당초 법령에 반하는 해석 및 확대해석이 아니며, 조세특례제한법제99조의3 제1항을 해석하면 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택 취득시부터 신축주택 양도시까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없으므로 청구인의 주장은 이유없다. 또한 조세특례제한법 제99조의3 제1항 을 보면 신축주택 취득일부터 5년까지 발생한 소득금액에 대해서 감면하며 5년 초과분에 대해서는 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정에 의해 감면대상소득금액을 계산하는 것으로 규정되어 있어 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택은 구주택 취득일부터 신축주택 완공전일까지의 기간이 없으므로 취득유형에 따라 동일법령을 다르게 적용했다는 청구인의 주장은 이유없다. (2) 신축주택에 대한 양도소득세 감면계산방법은 조세특례제한법 제99조의3 제2항 에서 같은 법 시행령 제40조제1항에 준용하는 것으로 명시되어 있으므로 실제거래가액으로 감면소득을 계산해야 한다는 청구인의 주장은 이유없다.

(3) 국세청 예규(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)를 보면 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것으로 명시되어 있어 청산금 납부분에 대한 기준시가를 포함해야 한다는 청구인의 주장은 이유없다.

(4) 국세청 예규(법규재산 2011-343, 2011.08.18.)를 보면 양도소득에 감면소득금액이 있을 때의 감면세액 계산은소득세법제90조에 따라 계산하는 것으로 명시되어 있어 소득차감방식이 아닌 전체산출세액에서 전체양도소득금액 중 감면소득금액이 차지하는 비율의 금액만큼 양도소득세를 감면받는 방식이므로 청구인의 주장은 이유없다.

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례와 관련하여

① 신축주택 취득에 따른 양도소득세 감면규정 적용시 재개발주택의 감면대상 양도소득에 구주택 보유기간에 상당하는 양도차익을 포함하여야 하고, 이 건 과세처분이 조세법률주의에 위배된다는 청구주장의 당부

② 전체양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 산정할 때 기준시가 안분 방식이 아닌 실지거래가액으로 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 청산금을 납부한 경우 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제99조의3 제2항 에서 준용하는 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에서 분모의 취득당시 기준시가는 구주택의 취득당시 기준시가에 청산금 납부분에 해당하는 토지 및 건물의 취득당시 기준시가를 합한 금액으로 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

④ 신축주택을 취득 후 5년내 양도한 경우에도 소득금액차감방식으로 감면소득을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 이 건 처분이 정당하다고 하면서, 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 및 양도소득세결정결의서 등을 제시하였고, 청구인은 처분청이 조세특례제한법제99조의3의 규정을 적용함에 있어 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 산식에서 분자와 분모의 “취득당시 기준시가”를 동일한 의미로 해석하여야 함에도 근거도 없이 다르게 적용하였을 뿐만 아니라 이 건 처분이 조세법률주의에 위배되고 감면소득을 계산함에 있어 실질에 부합하지 않아 오류를 범하고 있어 취소되어야 하며, 특히 조세특례제한법제99조의3 제1항에 열거되어 있는 감면대상 신축주택은 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택과 자기가 건설한 신축주택으로 나누어 규정하고 있으나, 두 종류의 신축주택은 취득시기가 다름에도 불구하고 감면대상소득금액을 계산할 때 분모에 들어가는 취득당시 기준시가를 건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 신축주택 취득일의 기준시가를 적용하고 자기가 건설한 신축주택의 경우 구주택 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득금을 계산하는 것은 동일한 조세법령을 취득 유형에 따라 다르게 적용하여 확장 및 유추해석을 금지하는 조세법률주의에 반한다고 주장한다. (2) 조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다. (3) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,구주택을 취득하여 보유하다가 재개발사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 점으로 볼 때, 처분청이 위 산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “구주택 취득당시의 기준시가”로 적용한 것이 부당하여 조세법률주의에 위배되었다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다(조심 2012서2839, 2012.8.27., 조심 2012서3124, 2012.9.18., 조심 2012서4675, 2012.12.18. 참조). 또한, 청구인은 쟁점신축주택 양도에 따른 감면대상 양도소득금액을 산정할 때 기준시가 안분 방식이 아닌 실지거래가액으로 계산하여야 하고, 청산금을 납부한 경우 분모의 취득당시 기준시가는 구주택의 취득당시 기준시가에 청산금 납부분에 해당하는 토지 및 건물의 취득당시 기준시가를 합한 금액으로 계산하여야 하며, 신축주택을 취득 후 5년내 양도한 경우에도 소득금액 차감방식으로 감면소득을 계산하여야 한다고 주장하나, 주택재개발사업에 따라 조합원이 청산금을 납부하고 신축주택을 취득 후 양도하여 조세특례제한법제99조의3에 따른 감면소득을 계산하는 경우 구주택 부분을 제외하고 신축주택 부분만을 단순 분리하여 감면금액을 계산하기는 어렵고(조심 2012서3124, 2012.9.18. 참조), 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액 계산에 관하여는 조세특례제한법 시행령제99조의3 제1항에서 같은 법 시행령 제40조제1항을 준용하도록 규정하고 있어 처분청이 관련 법령에서 규정한 방법으로 감면소득금액을 산정한 것으로 나타나는바, 청산금 납부분을 분모의 기준시가에 합산하여 감면소득금액을 산정하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다(조심 2012서4640, 2013.1.7. 참조). 나아가 양도소득세의 감면대상이 되는 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이란 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이고(조심 2012서4568, 2012.11.26., 조심 2012서4392, 2012.11.30. 외 다수 같은 뜻임), 청구인은 쟁점신축주택을 취득일부터 5년이 경과하기 전에 양도하였는바, 이는 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 해당하지 않아 쟁점신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다는 규정을 적용할 수 없으므로 청구주장은 타당성이 없다고 판단된다(조심 2012서4991, 2012.12.31. 참조). 따라서, 처분청이 구주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.