[요지] 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면은 “신축주택의 취득일 이후 5년간 발생한 양도차익”으로 해석하는 것이 합리적이고, 조특법 시행령 제40조의 제1항의 산식에는 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 규정하고 있어 실지거래가액을 적용하는 것은 세법의 엄격해석 원칙에 위배되며, 동 산식 중 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가로 해석하는 것이 타당하고, 이 건 신축주택은 취득일로부터 5년 이내에 양도된 것이므로 감면세액을 산정함에 있어 세액을 감면하는 방법으로 하여야 하므로,청구주장을 받아들이기 어려움
[참조결정] OOOOOOOOOO / 조심2012서3421 / 조심2012서4640 / 조심2012서0212 / 조심2012중0964
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 주위적 청구로, 조특법 제99조의3 제1항에서 “신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 면제하고”라고 규정하고 있으나 처분청에서는 이를 신축주택 취득 이후 5년 이내 소득에 대하여만 면제하는 것으로 세법을 적용한 것은 세법의 엄격해석 원칙에 위배되며, 조특법 시행령 제40조 제1항에서 5년간 발생한 양도소득금액은 ‘취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가’에서 ‘취득당시의 기준시가’를 차감한 금액을 ‘양도당시의 기준시가’에서 ‘취득당시의 기준시가’를 차감한 금액으로 나눈 뒤 소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액을 곱하여 계산하도록 규정되어 있으나, 처분청에서는 예규(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에 의하여 분모에 있는 ‘취득당시의 기준시가’는 ‘종전주택 취득당시 기준시가’로, 분자에 있는 ‘취득당시의 기준시가’는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’로 적용하여 감면금액을 계산하였는바, 이는 자의적 해석으로 조세법률주의에 반하는 것이다.
(2) 청구인과 같이 주택재개발사업의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 청산금을 납부한 경우 실지거래가액에의하여 양도차익을 계산하고 있으므로 조특법에 의한 감면소득금액의 계산도 기준시가가 아닌 실지거래가액으로 하여야 한다.(예비적 청구)
(3) 감면대상소득금액 계산시 분모에서 구하는 전체양도차익에는 청구인의 취득한 국유지 매입분과 청산금 납입액 해당분도 기준시가로 계산하여 취득당시 기준시가계산에 반영하여야 한다.(예비적 청구)
(4) 조특법 제99조의3에서 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하며(대법원 2010두3725, 2012.6.28.), 청구인의 경우 5년이 경과하기 전에 양도하였지만 감면세액계산이 5년 이후에 양도하는 경우와 동일하게 계산하는 데 감면세액 계산시에만 소득차감방식이 아닌 세액감면방식을 적용할 이유가 없으므로 소득금액차감방식으로 산정하여야 한다.(예비적 청구)
(1) 조특법 제99조의3에 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동 규정의 과세특례대상에 포함되지 않으므로 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액 상당액은 감면대상 양도소득금액에 해당한다고 보기 어렵고, “신축주택의 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액을 감면한다”는 법령에 따라 적정하게 신고·납부한 납세자들도 있어 이들과의 과세형평에 비추어도 처분청의 과세처분은 정당하다(조심 2012서212, 2012.2.23.외 다수 같은 뜻).
(2) 소득세법 제100조에 규정된 양도가액이 실지거래가액인 경우 취득가액도 실지거래가에 따르도록 규정되어 있는 것은 양도차익을 구할 때 적용되는 것이며, 신축주택의 감면소득금액을 구할 때 기준시가를 적용한 당초 처분은 정당하다.
(3) 조특법 시행령 제40조 제1항의 해당 산식에 취득당시 기준시가만차감하는 것으로 되어 있어 조합원 분담금도 분모에서 추가로 공제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵고, 소득세법상 양도소득금액을 계산함에 있어 조합원분담금이 이미 필요경비로 반영된 바,이와 같이 계산된 양도소득을 기준으로 기준시가에 의해 감면소득을 산정시 분모 부분에 다시 조합원 분담금을 공제하는 것은 이중의 혜택을 부여하는 것으로 합리적이라고 보기 어렵다. (4)소득세법제90조에는 양도소득에 대하여 소득세법또는 다른 법률에 의한 감면소득이 있을 때에는 감면소득금액을 직접 차감하는 것이 아니라, 감면소득금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로 세액감면 방식을 적용한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 조특법 제99조의3에 의한 신축주택의 양도소득세 감면에 있어, 처분청이 신축주택 취득 이후 5년 이내 소득만 면제하고 조특법 시행령 제40조 제1항의 계산 산식 중 취득 당시의 기준시가를 자의적으로 해석함으로써 세법의 엄격해석원칙과 조세법률주의에 반한다는 청구주장의 당부(주위적 청구)
② 신축주택의 양도에 따른 감면소득금액을 기준시가가 아닌 실지거래가액으로 계산하여야 하는 지(예비적 청구)
③ 조특법 시행령 제40조 제1항의 감면소득금액 계산 산식에 있어,분모의 취득당시의 기준시가에 국공유지 취득분 및 청산금납입액을 포함하여야 하는 지(예비적 청구)
④ 신축주택 취득일부터 5년이내 양도한 경우 감면세액을 산정함에있어,양도소득금액에서 감면소득금액을 차감한 후 세율을 곱하는 방법(소득금액 차감방식)으로 하여야 하는 지(예비적 청구)
(1) 청구인은 1994.9.28. 종전주택을 취득한 후 ‘OOO구역2지구 주택개량재개발사업’과 관련하여 재개발조합으로부터 재건축신축주택 43평형을 분양받기 위한 국공유지 배분금액 OOO원을 1999.6.5. 재개발조합에 납입하고, 청산금 OOO원{신축주택 분양가액 OOO만원과 종전주택 및 국유지 평가액(조합원 지분금액) OOO원과의 차액}을 납입한 후 신축주택을 취득하였다가 2006.11.30. 양도(실지거래가액 OOO원)하고 실지거래가액에 의한 양도소득금액 OOO,OOO,OOO원 전체를조특법 제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 감면대상으로 신고하였다. (2)처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득 후 양도시점까지 발생한 양도소득금액(조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 준용하여 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액이 신축주택 양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산)만을 감면대상 소득으로 인정하고 종전주택의취득일(1994.9.28.)부터 신축주택의 취득일 전일(2002.8.27.)까지의 양도소득금액에 대하여는 조특법 제99조의3에 의한 감면적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.
(3) 조특법 제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택 또는 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우에는 신축주택 취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 그 산식으로 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)}를 규정하고 있다.
(2) 위와 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대,주위적 청구(쟁점①)에 관하여 본다. (가) 청구인은 조특법 제99조의3에 의한 신축주택 양도소득세 감면에 있어 처분청이 ‘신축주택 취득 이후 5년 이내’ 소득만 면제하고조특법 시행령 제40조 제1항의 계산 산식 중 ‘취득 당시의 기준시가’를 자의적으로 해석함으로써 세법의 엄격해석원칙과 조세법률주의에 반한다는 주장하고 있다. (나)살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2003.1.24. 선고, 2002두9537 판결 참조). (다)그러나, 조특법 제99조의3 규정상 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것이고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득 계산 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말한다고 봄이 합리적인 점 등을 종합할 때 처분청이 세법의 엄격해석원칙과 조세법률주의에 반하여 이 건 부과처분을 한 것이라는 청구주장은 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2010중2363, 2011.4.19. 외 다수 같은 뜻임).
(3) 다음으로 예비적 청구 중 쟁점②에 관하여 본다. (가) 청구인은 신축주택의 양도가액 및 취득가액의 실지거래가액이 확인되므로 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에 기준시가가 아닌 실지거래가액을 적용하여 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 계산하여야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 조특법 시행령 제40조 제1항의 소정 산식에는 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 규정하고 있어 조세법률주의 및 세법의 엄격해석 원칙상 기준시가가 아닌 실지거래가액을 적용하여 계산하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(4) 예비적 청구 중 쟁점③에 관하여 본다. (가) 청구인은 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의한 감면소득금액 계산시 청구인이 부담한 국공유지 취득액 및 청산금 납입액을 분모의 취득당시의 기준시가에 포함하여야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액의 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는 바, 이는 같은 법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당한 바(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.), 납부한 국공유지 취득액 및 청산금을 분모의 기준시가에 합산하여 감면소득금액을 산정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻임).
(5) 예비적 청구 중 쟁점④에 관하여 본다. (가) 청구인은 조특법 제99조의3에서 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하는 반면, 5년이 경과하기 이전에 양도한 경우에는 이와 달리 세액감면방법을 적용하는 것은 잘못이므로 5년이 경과한 후에 양도하는 경우와 동일하게 소득금액 차감방법으로 계산하여야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 이 건 신축주택은 청구인이 취득일(2002.8.28.)부터5년 이내인 2006.11.30. 양도된 것으로써, 조특법(2006.12.30. 법률 제8138호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합의 조합원으로서 신축주택취득기간((2001.5.23.～2003.6.30.)내에 취득한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 규정하고 있는바(이하 “이 건 특례조항”이라 한다), 위 조특법 및 시행령에서는 세액의감면 뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는 데, 이 건 특례조항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 이 건 특례조항의 입법목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 이 건 특례조항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과하기 전에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우와마찬가지로 그 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정할 것은 아니라고 할 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고, 2010두3725 판결, 조심 2012서3421, 2012.12.31., 조심 2012서4640, 2013.1.7. 참조).
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이결정한다.