[요지] 조특법제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고,조특법 시행령제99조의3, 제40조 등은 그 입법취지를 감안하여 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”을 합리적으로 산정하기 위한 방식을 규정한 것이므로, 감면되는 양도소득금액은 기준시가를 기준으로 산정해야 한다고 판단되며,조특법제99조의3 제1항과 그 수임규정인 같은 법 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하면 명문의 규정상 분모의 취득당시 기준시가는 종전토지 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당하므로, 청구주장을 받아들이기 어려움
[참조결정] 조심2012서2387 / 조심2012서4372 / 조심2012중0964
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 감면대상 양도소득 산정 공식 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도시 양도소득금액 계산과 관련하여, 조세특례제한법 시행령 제40조, 같은 법 시행규칙 별지 제37호 서식에 따르면 “종전 주택의 기준시가”라고 규정되어 있지 않고 분자와 분모 모두에 “취득당시의 기준시가” 라고만 규정되어 있으므로, 조세법률주의에 따라 합리적인 이유 없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않고 분자와 분모의 취득당시의 기준시가를 동일하게 해석해야 할 것으로, 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도할 경우에는 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액도 모두 감면소득에 포함시켜야 한다.
(2) 감면대상 양도소득금액 산정 기준 소득세법 제96조에서 양도가액은 실제로 거래한 가액으로 계산하고, 같은 법 제100조, 같은 법 시행령 제166조에서 양도가액이 실지거래가인 경우 취득가액도 실지거래가에 따르도록 계산하게 되어 있는 바, 신축주택 양도시 양도소득금액 뿐 아니라 감면소득금액 계산도 실지거래가에 따라 계산하여야 한다.
(3) 취득당시 기준시가 산정 산식(분모) 감면소득금액 계산시 분모에서 구하는 전체 양도차익에는 청구인이 신축주택 취득 당시 납입한 청산금 납입분 해당액도 취득당시 기준시가에 포함하여 양도당시 기준시가에서 차감하는 취득당시 기준시가는 종전토지 취득당시 기준시가와 신축주택 취득당시 기준시가의 합이 되어야 한다.
(1) 감면대상 양도소득 산정 공식 조세특례제한법 제99조의3에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 않으므로, 양도소득금액 산정시 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 계산한 당초 처분은 정당하다.
(2) 감면대상 양도소득금액 산정 기준 청구인은 신축주택 양도시 양도소득금액 뿐 아니라 감면소득금액 계산도 실지거래가에 따라 계산하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의 3 및 제40조의 명문 규정에 따라 감면대상 양도소득금액은 기준시가에 따라 계산하여야 한다.
(3) 취득당시 기준시가 산정 산식(분모) 청구인은 양도소득금액에서 차감하는 취득당시 기준시가는 종전토지의 취득가액과 신축주택의 취득가액을 포함한 금액이 되어야 한다고 주장하나, 양도소득세는 납세자의 자산 양도에 따른 양도소득에 대하여 과세하는 것으로 보유기간 중 일정기간에 대한 양도소득세를 과세하는 것이 아니므로, 양도소득금액에서 차감하는 취득당시 기준시가는 종전토지의 취득당시 기준시가로 보아야 한다.
3. 심리 및 판단
① 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 조세특례제한법 제99조의3에 따라 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감해야 한다는 청구주장의 당부
② 신축주택 양도시 양도소득금액 뿐 아니라 감면소득금액 계산도 실지거래가에 따라 계산하여야 한다는 청구주장의 당부
③ 양도소득금액에서 차감하는 취득당시 기준시가(분모)는 종전토지의 취득가액과 신축주택의 취득가액을 포함한 금액이 되어야 한다는 청구주장의 당부
(1) 먼저 사실관계에 대하여 살펴본다. (가) 청구인 제출의 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서, 매매계약서, 처분청 제출의 양도소득세 결정결의서(2012.5.10., 2012.8.27.), 신축주택 감면세액 계산 적정여부 검토서, 기준시가 조회자료 등에 따르면, 청구인은 1996.2.15. 종전토지를 취득하여 보유하다가 도시재개발사업을 통해 2001.10.26. 신축주택을 취득(사용승인)한 후 2008.3.7. 신축주택을 양도하였고, 종전토지와 신축주택의 기준시가 내역은 아래 <표1>과 같으며, 청구인 신고 및 처분청 경정 결정시 신축주택의 양도소득금액, 양도소득세 과세표준, 그 산출세액 등은 아래 <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOOO OO (OO: O) (나) 청구인의 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서 등에 따르면 청구인은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 산식의 분자와 분모의 “취득당시의 기준시가”를 모두 신축주택 취득당시의 기준시가인 OOO원으로 하여 아래 <표3>과 같이 감면되는 양도소득금액을 OOO원으로 산정한 후 신축주택의 양도소득세를 OOO원으로 신고한 것으로 나타나고, OOOOOOOOOOOOOO OOOOOO O OOOOO OOOO (다) 처분청의 2012.5.10.자 및 2012.8.27.자 양도소득세 결정결의서에 따르면 처분청은 이 건 양도소득세 경정시 당초 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 산식의 분자의 “취득당시의 기준시가”를 “신축주택의 취득당시 기준시가”로, 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “종전토지의 취득당시 기준시가”로 하여 아래 <표4>와 같이 감면되는 양도소득금액을 OOO원으로 산정한 후 신축주택의 양도소득세를 계산하여 2012.7.26. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원(양도소득세 OOO원, 납부불성실 가산세 OOO원 및 기납부세액 공제 OOO원)을 경정·고지하였으나, OOOOOOOOOOOOOO OOOOOO O OOOOO OOOO 이후 2012.8.27. 청구인의 이의신청 계류 중 신축주택 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방식으로 양도소득세액을 계산해야 한다는 이의를 받아들여 아래 <표5>와 같이 계산하여 신축주택의 양도소득세를 OOO원 감액(1차 경정 양도소득세액 OOO원 - 2차 경정 양도소득세액 OOO원) 하는 직권경정을 한 것으로 나타난다. OOOOOOOOOOOOOO OO OO OOOOO(OO,OOO,OOOO) OOOO
(2) 먼저, 쟁점①에 관하여 살펴본다. 조세특례제한법제99조의3 제1항에서 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 해당 양도소득금액(감면소득금액)을 계산하도록 규정하여, 분자와 분모 모두에 “취득당시의 기준시가”로 규정하고 있으나, 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) 조세특례제한법 제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하고, 위 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당하다고 판단된다(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻).
(3) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살펴보면, 소득세법 제96조, 제100조, 같은 법 시행령 제166조는 “양도소득금액”을 산정하기 위한 조항으로 “감면대상소득”의 계산을 명시한 것으로 보기 어렵고, 조세특례제한법 제99조의3에 따라 “감면되는 양도소득금액”을 산정함에 있어 준용하도록 하는 근거규정이 없으며, 같은 법 시행령 제99조의3, 제40조, 같은 법 시행규칙 별지 제37호는 같은 법 제99조의3의 입법취지를 감안하여 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”을 합리적으로 산정하기 위한 방식을 규정한 것이므로, 감면되는 양도소득금액은 같은 법 시행령 제99조의3, 제40조에 따라 기준시가를 기준으로 산정해야 한다고 판단된다(조심2012서2387, 2012.12.03. 외 다수 같은 뜻).
(4) 마지막으로 쟁점③에 관하여 살펴보면, 감면대상에서 제외할 세액의 계산은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는 바, 이는 같은 법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 전체 양도소득금액 중 감면되는 양도소득의 비율을 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 명문의 규정상 분모의 취득당시 기준시가는 종전토지 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당하다고 판단된다(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9., 조심 2012서4372, 2012.12.28. 외 다수 같은 뜻).
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.