종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.9.1. OOO 103호(이하 “종전주택”이라 한다)를 최OOO으로부터 OOO원에 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인하여 종전주택을 멸실하고 2002.12.29. 추가분담금 OOO원을 부담하는 조건으로 OOO 103동 1402호(건물면적 84.72㎡, 이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2006.11.15. 조OOO에게 양도하고, 2006.12.31. 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원, 산출세액을 OOO원, 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 2012년 4월 조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)의 감면적용을 받은 주택에 대한 적격여부를 검토하여, 청구인이 신고한 양도소득세 감면세액 중 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 판단하여 2012.4.18. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3 제1항의 취득일로부터 5년이내 양도하는 경우에는 양도소득세 전액을 감면하고 5년이 경과하여 양도하는 경우에는 5년이 경과한 이후 양도소득금액에 대하여만 과세특례를 배제하는 것으로 명확히 규정하고 있으므로 처분청이 이를 부인하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 부당하고, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제1항의 규정 및 국세청 예규(서면 4팀-2109, 2005.11.8.)에 의하여 장기간 유지하던 기존예규를 변경하여 과세한 것은 신의성실원칙과 소급과세금지에 위배되므로 2006년 귀속 양도소득세를 과세한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조 세특례제한법제99조의3 규정을 적용함에 있어 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일)한 경우 감면대상 양도차익은 종전주택 취득일부터 계산하는 것이 아니라 신축주택의 취득일로부터 계산하는 것이 타당한 것이므로 적정한 감면소득 계산을 위해 감면소득 계산식 분모의 ‘취득당시의 기준시가’를 구주택(부수토지 포함) 취득당시 기준시가를 적용한 것은 타당하고, 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌거나, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려워 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 청구인에게 신축주택 취득 전에 발생한 양도소득에 대하여 감면을 부인하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 재건축사업에 의하여 종전주택을 멸실하여 신축주택을 취득하고 그 취득일부터 5년 이내 양도한 경우, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3의 감면적용대상인지 여부
• 나. 관련법령

(1) (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적 의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분 의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축 주택이 ｢소득세법｣ 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과 세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소 득세의 과세특례】 ② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 ｢소득세법｣ 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 ｢법인세법｣ 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액 ×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기 준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것 으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 신고서 및 처분청의 경정결의서 등에서 신축주택 양도에 따른 양도소득세 당초 신고 및 경정결정 내역은 아래와 같이 나타난다. (OO: OO) O OOOO O,OOO,OOOO, OOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOOO

(2) 처분청은 감면소득을 OOO원〔= 양도소득금액 OOO원 × (신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날 기준시가 OOO원 - 신축주택 취득당시 기준시가 OOO원) / (양도당시 기준시가 OOO원 - 종전주택 취득당시 기준시가 OOO원)〕으로 계산하여 경정하였으나, 청구인은 위 산식 분모의 ‘종전주택 취득당시 기준시가’는 ‘신축주택 취득당시 기준시가’로 하여 결국 양도소득금액 전액이 감면되어야 한다고 주장한다.

(3) 국세청 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)에서 조특세특례제한법제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액이란 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 ‘취득당시’ 또는 ‘취득일’이란 자기가 건설한 신축주택에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 되어 있다.

(4) 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에는 단독주택을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2003.4.30.)한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이며, 신축주택의 취득일(2003.4.30.)로부터 5년이 되는 날은 2008.4.30.까지라고 되어 있다.

(5) 청구인은 처분청이 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 과세근거로 하여 양도소득세 감면세액을 추징한 것은 신의성실의 원칙, 소급과세금지의 원칙에 위배된 것이라고 주장하고 있으나, 조세특례제한법제99조의3은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 같은 조 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정되어 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면대상이 되는 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이란 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이고(조심 2012서4568, 2012.11.26., 조심 2012서4392, 2012.11.30.외 다수 같은 뜻임), 종전 국세청 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8. 등)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로, 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니하는 기간(종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 기간)을 감면배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.