종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

[참조결정] 조심2011서1349 / 조심2010서4640 / 조심2010부0415

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구인의 배우자 박OOO(2009.11.9. 사망하여 같은 날 청구인에게 납세의무가 승계되었다)은 1979.5.31. OOO동 128-1150 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득한 뒤 재건축한 OOO아파트 112동 1802호(전용면적 114.97㎡, 대지권 44.47㎡로서 2002.8.28. 사용승인되었으며, 이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.5.16. 오OOO에게 OOO백만원에 양도하면서 조세특례제한법제99조의3의 규정을 적용하여 산출한 양도소득세 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일(1979.5.31.)부터 신축주택의 취득일(2002.8.28.) 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 보아, 2012.5.8. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.1. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 (1)조세특례제한법제99조의3 제1항에서 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는양도소득세를 면제하는 것으로 규정하고 있는 바,처분청이신축주택취득이후 5년 이내 소득에 대해서만 면제하는 것으로 세법을적용하는 것은 조세법률주의에 위배된다. 위 법령의 위임을 받은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어, 분모의 취득당시의 기준시가를 건설사업자로부터 취득한 주택의 경우에는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 청구인과 같이 재개발 등 자기가 건설한 신축주택의 경우에는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하는 등 동일한 조세법규를 신축주택의 취득유형별로 계산식을 다르게 적용하는 것은 부당하다. 소득세법제100조에서 양도가액이 실지거래가액인 경우 취득가액도 실지거래가액에 따르도록 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제166조에서 청구인과 같이 주택재개발사업의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 청산금을 납부한 경우 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하는 산식을 정하고 있는 바, 신축주택의 양도시 양도차익은 실지거래가액에 의하여 계산하고 있으나, 감면소득의 계산에만 기준시가에 의하여 계산함으로써 실제 5년간 발생한 양도차익과는 상이한 결과가 발생하므로 감면소득금액의 계산은 실지거래가액에 따라 계산되어야 한다. 청구인의 종전주택이 관리처분계획인가에 따라 재개발조합에 현물출자 되었고, 신축주택 취득을 위해 부족한 금액은 현금으로 출자(청산금 납입)하였는 바, 신축주택을 취득하기 위하여 청구인이 취득에 든 실지거래가액은 종전주택의 취득가와 청산금 납부분 해당액임에도 처분청은 감면소득 계산시 청구인의 취득가액 중 하나인 종전주택만을 취득당시 기준시가에 반영함으로써 감면세액을 축소계산하였다. 즉, 양도당시 기준시가에서 차감하는 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가와 청산금 납부분 해당액에 따른 취득당시 기준시가의 합이 되어야 한다. (2)조세특례제한법제99조의3에서 신축주택을 취득한 날부터 5년이경과한 후에 양도하는 경우, 그에 따른 양도소득세 과세표준 및 세액은신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방식으로 산정하여야 하는 바(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결 참조), 청구인의 경우 양도시기가 5년이 경과하기 이전에 양도하였지만,청구인의 감면세액 계산이 5년 이후에 양도하는 경우와 동일하게계산하는데 감면세액 계산시만 소득금액 차감방식이 아닌 세액감면방식을 적용할 이유가 없으므로 전체 양도차익에서 5년간 감면소득의 계산은 동일하게 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제99조의3 제1항에서 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는양도소득세를 면제하는 것으로 규정하고 있는 바,신축주택 취득이후5년 이내 소득에 대해서만 면제하는 것으로 세법을적용하는 것은 적법하다. 조세특례제한법제40조에서 규정하고 있는 감면소득 산식은 결국 자산을 양도함으로 인하여 발생한 양도소득금액 중에서 일정 기간인 감면기간에 대하여 감면한다는 의미이며, 분모의 산식에서 의미하고 있는 기간은 양도자산의 전체기간을 의미하므로 취득당시란 종전주택의 취득당시로 해석하는 것이 타당하다. 또한, 감면이란 공공사업을 원활하게 진행하기 위한 정책 유인 등 여러 가지 사유로 인한 호혜적인 정책이라 할 것이므로 이는 입법적으로 해결 되어야 할 문제인 바, 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 계산방법은조세특례제한법제99조의3 제4항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항에 위임하고 있을 뿐, 달리 계산할 수 있는 것은 아니다. 또, 청구인은소득세법제166조에서 규정하고 있는 실지거래가액에 의한 신축주택의 양도차익 계산산식과조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정하고 있는 안분 비례 방식의 감면소득 계산방법의 의미를 혼동하고 있는 것으로 보인다.소득세법제166조의 규정에 따라 양도차익을 계산하는 경우, 신축주택의 취득가액으로 당연히 청산금이 포함되지만,조세특례제한법제40조 제1항의 산식은 보유기간에 따른 기준시가를 구한 다음, 그에 비례하여 감면소득을 계산하는 것일 뿐이므로 청산금은 포함될 수 없는 것이고, 더욱이 청산금은 신축주택의 취득가액에는 포함되는 것이나, 종전주택의 취득가액에는 포함될 수 없는 것이다. (2)조세특례제한법제99조의3은 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 것으로 규정하고 있으며, 이 건 신축주택의 경우 사용승인일은 2002.8.8.이며, 양도일자는 2006.5.16.로서 보유기간이 3년 9개월 정도로서 5년이 경과하지 아니하여 소득금액 차감방식을 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 신축주택 취득이후 5년 이내의 소득에 대해서만 양도소득세를 면제하는 것으로 세법을 적용하는 것이 조세법률주의에 위배되며, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산산식에서 분모의 취득당시의 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여야 하고, 또한 실지거래가액을 적용하여야 하며, 위 산식 분모의 취득당시의 기준시가에 조합원의 지위에서 불입한 청산금도 포함하여야 한다는 주장의 당부

② 신축주택 취득일부터 5년 이내 양도하는 경우에도 감면세액의 산출은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 ①조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 분모의 산식에서 의미하고 있는 기간은 양도자산의 전체기간을 의미하므로 취득당시란 종전주택의 취득당시로 해석하는 것이 타당하고, 위 산식은 실지거래가액이 아닌 기준시가를 적용하여야 하며, 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 계산방법에 청산금은 포함될 수 없는 것이고, ② 이 건 신축주택의 경우에 신축주택 보유기간이 3년 9개월이므로 세액감면 방식을 적용하여야 한다면서, 신축주택 감면세액 계산 적정여부 검토서, 양도소득세 경정결의서, 신축주택 매매계약서 사본 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 ①조세특례제한법제40조 제1항의 산식에서 분모의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시를 의미하고, 양도소득을 실지거래가액에 의하여 계산하므로 감면소득도 실지거래가액에 의하여 계산하여야 하며, 청산금도조세특례제한법제40조 제1항 산식의 분모에 포함되어야 하고, ② 이 건과 같이 신축주택 취득 후 5년 이내 양도하는 경우도 소득금액 차감방식으로 감면세액을 계산하여야 한다고 주장하고 있다. (3)조세특례제한법제99조의3 제1항에서 거주자가 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정한 뒤 그 제1호는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우를, 제2호는 자기가 건설한 신축주택의 경우를 각 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서는 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 하도록 하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 양도소득금액은 {양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}의 산식에 의하여 계산한 금액이라고 규정하고 있다.

(4) 쟁점①에 대해 본다. (가) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인의 남편 박OOO은 1979.5.31. 종전주택을 취득하여 보유하다가도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발로 종전주택을 재건축하여 신축주택을 조합원 자격으로 2002.8.28. 취득한 후, 2006.5.16. 오OOO에게 OOO백만원에 양도하였고, 이 후 박OOO이 2009.11.9. 사망하여 같은 날 청구인에게 납세의무가 승계된 것으로 나타난다. (나) 살피건대,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는소득을 의미한다고 보아야 할 것(조심 2010부415, 2010.9.17. 외 다수 같은 뜻)이므로 조세법률주의에 위배된다는 청구주장은 수긍할 수 없다. 또한,조세특례제한법 시행령제40조에서 규정하고 있는 산식에있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것이고(조심 2011서1349, 2011.6.30. 외 다수 같은 뜻), 청구주장과 같이 위 산식을 적용함에 있어 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우와 자기가 건설한 신축주택의 경우를 달리하여 적용하는 것이 아니다. 또,조세특례제한법 시행령제40조에서 규정하고 있는 산식은 명문상 기준시가로 규정하고 있어 조세법률주의의 원칙상 실지거래가액을 적용할 수는 없는 것이며,신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액 계산에 관하여는조세특례제한법 시행령제99조의3 제1항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있고 처분청이 관련 법령에서 규정한 방법으로 감면소득금액을 산정한 것으로 나타나는 바, 청산금 납부분을 반영한 금액을 분모의 기준시가에 합산하여 감면소득금액을 산정하여야 한다는 청구인의 주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2010서4640, 2013.1.17. 같은 뜻).

(5) 쟁점②에 대해 본다. (가) 청구인의 남편 박OOO은 신축주택을 2002.8.28. 취득한 후 약 3년 9개월 후인 2006.5.16. 오OOO에게 양도한 사실이 확인된다. (나) 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합할 것인 바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조),조세특례제한법제99조의3 제1항에서 당해 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 것으로 규정하고 있고, 청구인은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 신축주택을 양도한 경우에 해당하는 이상, 처분청이 세액감면방식으로 양도소득금액을 산정한 것은 적법해 보인다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.