종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1999.5.11. 취득한 부동산을 취득할 수 있는 권리(이하 “아파트입주권”이라 한다)에 의해 OOO 113동 1703호(건물 136.23㎡ 및 대지권 32.29㎡, 이하 “신축주택”이라 한다)를 1999.5.14.(사용승인일) 취득하여 2009.12.2. 양도가액 OOO원에 양도하고, 2010.1.14.조세특례제한법제99조의 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 감면하여 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조를 적용함에 있어 아파트입주권 취득일(1999.5.11.)부터 신축주택의 취득일(1999.5.14.) 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 보아, 2012.7.13. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다가 2012.8.27. 청구인의 이의신청 계류 중 신축주택 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방식으로 양도소득세액을 계산해야 한다는 이의를 받아들여 직권으로 양도소득세 OOO원을 감액경정하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.9. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 (1)조세특례제한법제99조 제1항에서 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하는 것으로 규정하고 있는바, 처분청이 신축주택 취득이후 5년 이내 소득에 대해서만 면제하는 것으로 세법을 적용하는 것은 조세법률주의에 위배된다. 위 법령의 위임을 받은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어, 분모의 취득당시의 기준시가를 건설사업자로부터 취득한 주택의 경우에는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 청구인과 같이 재개발 등 자기가 건설한 신축주택 아파트입주권의 경우에는 아파트입주권 취득당시의 기준시가를 적용하는 등 동일한 조세법규를 신축주택의 취득유형별로 계산식을 다르게 적용하는 것은 부당하다.

(2) 청구인이 아파트입주권을 구입하고 3일 후에 신축주택의 사용승인이 이루어졌는바, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 산식의 분모인 아파트입주권 취득당시 기준시가는 존재하지 않으므로 취득 후 3일 후인 신축주택의 기준시가(분자)를 그대로 적용하여 감면소득금액을 계산하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제99조 제1항에서 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하는 것으로 규정하고 있는바, 신축주택 취득이후 5년 이내 소득에 대해서만 면제하는 것으로 세법을 적용하는 것은 적법하다. 조세특례제한법 시행령제40조에서 규정하고 있는 감면소득 산식은 결국 자산을 양도함으로 인하여 발생한 양도소득금액 중에서 일정 기간인 감면기간에 대하여 감면한다는 의미이며, 분모의 산식에서 의미하고 있는 기간은 양도자산의 전체기간을 의미하므로 취득당시란 종전주택의 취득당시로 해석하는 것이 타당하다 또한, 감면이란 공공사업을 원활하게 진행하기 위한 정책 유인 등 여러 가지 사유로 인한 호혜적인 정책이라 할 것이므로 이는 입법적으로 해결 되어야 할 문제인바, 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 계산방법은조세특례제한법 시행령제99조 제1항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항에 위임하고 있을 뿐, 달리 계산할 수 있는 것은 아니다.

(2) 이 건 신축주택은 취득당시 기준시가가 고시되기 전이었으므로, 소득세법 시행령제164조 제6항(기준시가가 고시되기 전에 취득한 공동주택의 취득당시의 기준시가)의 규정에 의하여 신축주택 취득당시의 기준시가를 구하고, 아파트입주권 취득당시 기준시가는 아파트입주권 취득당시의 소득세법제99조 제1항 제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액으로 하여 감면소득을 계산함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 신축주택 취득이후 5년 이내의 소득에 대해서만 양도소득세를 감면하는 것으로 세법을 적용하는 것이 조세법률주의에 위배되며, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 계산산식에서 분모의 취득당시의 기준시가는 분자의 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

④ 제1항에 따른 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제99조 제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 소득세법 제99조【기준시가의 산정】① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

(4) 소득세법 시행령 제164조【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】⑥ 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목 단서의 규정에 의한 기준시가가 고시되기 전에 취득한 공동주택ㆍ오피스텔 및 상업용건물(이들에 부수되는 토지를 포함한다)의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 당해 자산에 대하여 국세청장이 최초로 고시한 기준시가 고시당시 또는 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 나목의 가액이 없는 경우에는 제5항의 규정을 준용하여 계산한 가액에 의한다. 국세청장이 당해 자산에 대하여 최초로 고시한 기준시가 × 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액 / 당해 자산에 대하여 국세청장이 최초로 고시한 기준시가 고시당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 제출의 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서, 매매계약서, 처분청 제출의 양도소득세 결정결의서(2012.7.1., 2012.8.27.), 신축주택 감면세액 계산 적정여부 검토서, 기준시가 조회자료 등에 따르면, 청구인은 1999.5.11. 아파트입주권을 취득하여 1999.5.14. 신축주택을 취득(사용승인)한 후 2009.12.2. 신축주택을 양도하였고, 아파트입주권과 신축주택의 기준시가 내역은 아래 <표1>과 같으며, 청구인 신고 및 처분청 경정 결정시 신축주택의 양도소득금액, 양도소득세 과세표준, 그 산출세액 등은 아래 <표2>와 같다. OOO

(2) 청구인의 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서 등에 따르면 청구인은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식의 분자와 분모의 “취득당시의 기준시가”를 모두 신축주택 취득당시의 기준시가인 OOO원으로 하여 아래 <표3>과 같이 감면되는 양도소득금액을 OOO원으로 산정한 후 신축주택의 양도소득세를 OOO원으로 신고한 것으로 나타난다. OOO

(3) 처분청의 2012.7.1. 및 2012.8.27. 양도소득세 결정결의서에 따르면 처분청은 이 건 양도소득세 경정시 당초 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 산식의 분자의 “취득당시의 기준시가”를 “신축주택의 취득당시 기준시가”로, 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “아파트입주권의 취득당시 기준시가”로 하여 아래 <표4>와 같이 감면되는 양도소득금액을 OOO원으로 산정한 후 신축주택의 양도소득세를 계산하여 2012.7.13. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였으나, OOO 이후 2012.8.27. 청구인의 이의신청 계류 중 신축주택 취득 후 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방식으로 양도소득세액을 계산해야 한다는 이의를 받아들여 아래 <표5>와 같이 계산하여 신축주택의 양도소득세 OOO원을 감액(1차 경정 양도소득세액 OOO원 - 2차 경정 양도소득세액 OOO원) 하는 직권경정을 한 것으로 나타난다. OOO

(4) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면,조세특례제한법제99조 제1항에서 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조 제1항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 해당 양도소득금액(감면소득금액)을 계산하도록 규정하여, 분자와 분모 모두에 “취득당시의 기준시가”로 규정하고 있으나, 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) 조세특례제한법 제99조에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 아파트입주권의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 아파트입주권의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조에 따른 감면소득에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

(5) 또한, 감면대상 세액의 계산은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는 바, 이는 같은 법 제99조 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조 제1항의 입법취지를 감안하여 전체 양도소득금액 중 감면되는 양도소득의 비율을 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 명문의 규정상 분모의 취득당시 기준시가는 아파트입주권 취득당시의 기준시가를, 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당하다 할 것이고, 신축주택 취득당시 기준시가가 고시되기 전이므로소득세법 시행령제164조 제6항의 산식에 의하여 신축주택 취득당시의 기준시가를 구하고, 아파트입주권 취득당시 기준시가는 신축주택 취득 전이므로 청구인의 주장처럼 신축주택 취득당시의 기준시가를 그대로 적용할 수는 없다 할 것이어서 아파트입주권 취득당시의 소득세법제99조 제1항 제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액으로 하여 감면소득을 계산함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.