종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당되지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1996.10.15. OOO 9동 301호(이하 “구주택”이라 한다)를 취득하여 재건축사업으로 구주택을 멸실 후 같은 곳 1682 소재 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 2003.5.10. 취득하였다. 한편 청구인은 2006.2.3. 쟁점신축주택을 박OOO에게 OOO원에 양도한 후 2007.5.31. 쟁점신축주택이조세특례제한법제99조의3에 따른 신축주택감면에 해당되는 것으로 보고 이에 대한 양도소득세 전액을 감면 신청하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어서 구주택 취득일부터 쟁점신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당되지 않는다고 보아 2012.4.23. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.16. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3 제1항에서 ‘신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다’라고 규정하고, 같은 법 시행령제99조의3 제2항은 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있는바, 이는 신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에 한하여 적용되는 것으로 5년 이내에 양도하는 경우에는 적용되지 않는 것이다. 재정경제부가 2001년에 발간한 간추린 개정세법에 의하면, 거주자가 비수도권지역에 소재하는 신축국민주택을 취득하여 5년 이내 양도하면 양도소득세 100% 감면이라고 되어 있으며, 신축주택 양도소득세 감면신청서의 작성요령에 의하면 5년 이내 발생한 양도소득금액을 계산하는 산식은 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에만 기재하도록 되어 있고, 구주택을 철거한 후에 주택을 신축하여 양도한 경우, 구주택은 양도한 것이 아니므로 신축주택의 양도소득만이 있을 뿐이며 구주택의 양도소득이란 개념상 존재할 수 없는 것이다. 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 산식에 있어 분자와 분모의 ‘취득시 기준시가’라는 동일한 용어를 사용하고 있는바, 분자는 신축주택의 취득시 기준시가, 분모는 구주택의 취득시 기준시가라고 해석하는 것은 근거가 없는 것으로 구주택이 단독주택이고 신축주택이 아파트인 경우 또는 나대지를 취득하여 주택을 신축하는 경우에는 취득시 기준시가를 비교할 수 없는 등 처분청의 과세처분은 불합리한 것이다. 또한 처분청은 양도일 이후 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 의해 일부 감면을 배제함은 명백한 소급과세이며, 법령과 다른 예규에 따라 과세하는 것 또한 조세법률주의에 어긋나는 처분이므로 이 건 과세는 취소되어야 한다
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3의 규정은 신축주택 취득일로부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대한 감면규정이므로 종전부동산 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면을 배제함이 타당하며, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에서도 “단독주택을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우에 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것”으로 해석하고 있다. 따라서 조세특례제한법제99조의3 제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없어, 구주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 않는다. 또한 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 산식은 구주택의 취득일로부터 양도일까지의 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액× (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}(이하 “쟁점산식”이라 한다)을 적용하고, 이 경우 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 구주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법이므로 이 건 양도소득세 과세 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 구주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 이 건 처분이 정당하다고 하면서, 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 및 양도소득세결정결의서 등을 제시하였고, 청구인은 처분청이조세특례제한법제99조의3의 규정을 적용함에 있어 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 산식에서 분자와 분모의 “취득당시 기준시가”를 동일한 의미로 해석하여야 함에도 근거도 없이 다르게 적용하였을 뿐만 아니라 이 건 처분이 소급과세의 원칙과 조세법률주의에 위배되어 취소되어야 한다고 주장한다.

(2) 조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다. 한편 국세기본법제18조제3항에 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있다.

(3) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,구주택을 취득하여 보유하다가 재개발사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 점으로 볼 때, 처분청이 쟁점산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “구주택 취득당시의 기준시가”로 적용한 것이 부당하고, 5년 이내 쟁점신축주택을 양도하는 경우에는 쟁점산식을 적용할 수 없어 조세법률주의에 위배되었다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다(조심2012서2839, 2012.8.27., 조심2012서3124, 2012.9.18., 조심2012서4675, 2012.12.18. 참조). 또한, 청구인은 쟁점 신축주택 양도에 따른 양도소득금액 전액을 감면하지 않은 이 건 처분이 소급과세 금지의 원칙을 위배하였다고 주장하나,조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면은 주택의 전체 보유기간의 양도차익 중 신축주택의 취득 이후 5년간의 양도차익에 대하여 감면해 주는 것으로 해석하는 것이 타당해 보이므로 구주택 취득일로부터 양도소득금액 전액에 대하여 감면하지 않았다 하여 소급과세 금지의 원칙을 위배하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다(조심 2012서3335, 2012.10.10. 같은 뜻, 대법원 2007두9884, 2007.10.26. 참조). 따라서, 처분청이 구주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.