사업시행자의 보상지연으로 인해 주거지역 편입 후 3년이 경과하여 양도한 토지는 8년 자경 감면을 적용함

심판청구를 인용합니다.

• 가. 청구인은 2000.5.29. OOO 외 1필지의 토지 578㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 2010.8.11. 공공용지 협의취득을 원인으로 OOO에 OOO천원에 양도하고, 조세특례제한법제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 2011.2.15. 양도소득세 예정신고를 하였고 처분청은 이를 신고시인하였다.
• 나. 처분청은 OOO국세청장의 OOO세무서에 대한 정기감사시 2006.5.22. 주거지역에 편입된 쟁점토지가 그 편입일부터 3 년이 경과된 토지에 해당하므로조세특례제한법제69조에 의한 감면을 배제하고 같은 법 제77조에 의한 감면만을 인정하여 감사지적사항으로 통보함에 따라 2012.9.10. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지의 양도시점에 사업인정고시가 되어 있지 아니하였으므로 처분청이 과세근거로 삼은조세특례제한법제77조 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면을 적용받을 여지가 없고, 쟁점토지가조세특례제한법제69조에서 규정한국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 보상받은 토지로, 같은 법 제77조 제1항 각호에서 규정한 법률 및 같은 법 시행령 제72조 제2항에서 규정한 법률이 적용되는 토지 등을 공익사업의 시행자에게 양도하여 발생한 소득이 아니며, 설사 공익사업용 토지의 양도로 보더라도조세특례제한법제127조 제7항의 규정에 의하여 청구인에게 유리한 자경농지의 감면규정을 적용받을 수 있는 것이고, 공사가 지연되고 보상을 3년이 지나서 받게 된 원인이 시행자인 OOO의 예산부족에 기인한 것이므로조세특례제 한법 시행령제66조 제4항 제1호 나목 및 시행규칙 제27조에서 규정한 부득이한 사유에 해당됨에도 이를 부인하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 OOO에 민원을 제기하여 회신된 내용을 보면 위 도시계획시설사업의 시행은 1971.4.7.(건설부 고시 제71-198호)에 결정고시 되었음이 확인되고, 청구 인이 쟁점토지를 취득한 시점이 2000.5.29.로 취득시점부터 쟁점토지가 도시계획 시설사업으로 예정되어 있음을 알 수 있었으며, OOO시에서 대금을 지연지급하 여 주거지역에 편입(2006.5.22.)된 후 3년이 경과하여 수용(2010.8.11.)되었다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려우므로 쟁점토지가 8년 자경 감면 대상인 농지 에 해당하지 아니한 것으로 보아조세특례제한법제69조에 의한 양도소득세의 감면을 배제하고 같은 법 제77조에 의한 감면만을 인정하여 과세한 처분은 정당 하다.

• 가. 쟁 점 주거지역에 편입된 후 3년이 경과하여 쟁점농지를 양도하였으나, 관련 사업을 시행해 온 지방자치단체의 보상지연 등의 사유에 해당하여 양도소득세가 감면되 는 8년 이상 자경농지로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령이 정하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지 로서 농업소득세의 과세대상(비과세․감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되 는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되가나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령 이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 법 제69조 제1항 본문에서 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자라 함은 8년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시․군․구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 등에 의하면, 청구인은 2000.5.24. 취득한 쟁점토지를 2010.8.11. OOO에 공공용지 협의취득을 원인으로 양도하고조세특례제한 법제69조의 규정에 따른 8년 이상 자경농지로서 양도소득세 전액감면 대상 에 해당한다고 보아 예정신고를 하였고, 처분청도 이를 받아들였다가 OOO국세 청장의 OOO세무서에 대한 교차감사시 쟁점토지가 위치한 지역이 2006.5.26. 자연녹지지역에서 제1종 일반주거지역으로 변경되었고, 주거지역 편입일로부터 3년이 경과하여 2010.8.11. 양도한 것은조세특례제한법제69조의 규정에 의한 감면대상이 되는 농지에 해당하지 아니한다는 지적에 따라조세특례제한 법제77조의 규정에 의한 감면을 적용하여 양도소득세를 과세한 사실이 확인 된다.

(2) 처분청은 쟁점토지가 1971.4.7. 구도시계획법에 따라 도로로 예정되어 있어 청구인이 도로로 수용될 것임을 예측할 수 있는 상태 에서 사업인정고시일(2011.5.12.)로부터 소급하여 2년 이전인 2000.5.24. 쟁점토지를 취득하였으며, 쟁점토지가 2006.5.22. 자연녹지지역에서 제1종 주거지역으로 용도변경된 점, 청구인이 주거지역에 편입된 후 3년이 경과한 후 수용(2010.8.11.)되어 이미 어느 정도 재산권이 제한받는다는 사실을 알 수 있었던 점, 사업인정고시일로부터 3년 이내에 보상이 이루어졌으므로 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호 나목 및 같은 법 시행규칙 제27조 제5항에 규정하는 사업 또는 보상을 지연시키는 사유에 대한 책임이 사업시행자인 OOO에게 있다고 인정할 만한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등으로 보아, 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2012.12.31. 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20을 감면한다는조세특례제한법제77조의 규정에 부합하므로조세특례제한법제69조에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하여 과세한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

(3) 처분청이 청구인에 대한 양도소득세 조사(2011.5.4.～2011.5.23.)후 작성한 보고서에는 청구인이 쟁점토지를 10년 2개월동안 보유하였고, 연접지역인 OOO에 거주하였으며, 항공사진 및 영농손실보상금 지급절차가 진행된 것으로 보아 양도 당시 농지인 것으로 확인되고, 김OOO 외 6인 등의 인우보증서 및 현장조사, 비료 및 묘목구입 영수증과 자경농작물 사진, 다른 소득이 확인되지 아니한 것으로 보아 8년 이상 자경한 것으로 보인다고 기재하고 있으며, 또한 처분청이 OOO에 쟁점토지의 수용과 관련하여 조회 요청한 결과, 쟁점토지의 사업인정고시일은 2011.5.12.로 확인되고 청구인은 쟁점토지의 보상금 OOO원을 2010.8.11. 수령하였으며 쟁점토지에는 고추, 배추, 수목 5주 등이 식재되어 있었다고 회신된 사실이 있다.

(4) 청구인이 2012.4.2. 쟁점토지의 도시계획시설(도로)사업시행의 지연과 관련하여 제기한 민원에 대하여 OOO은 ‘해당도로는 OOO에서 OOO를 관통하여 OOO을 연결하는 5km가 넘는 6차선 대로로국토의 계획 및 이용에 관한 법률(구, 도시계획법)에 따라 1971.4.7. 결정․고시되었으나 막대한 사업비OOO가 소요되는 사업으로 예산부족 등으로 도시계획결정 고시 이후 30여년 동안 부득이하게 사업추진을 하지 못하였으며, 2004년 4월 사업비의 절반을 중앙정부에서 지원받을 수 있는 광역도로로 지정되어 2010년부터 일부 보상을 시행하였고 현재도 예산이 확보되는 대로 지속적으로 보상을 하고 있는 중’ 이라고 회신한 사실이 있다.

(5) 청구인은 2013.6.13. 개최된 조세심판관 회의에 참석하여조세특례제한법제77조 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면 규정의 취지는 공익사업의 원활한 수행 지원 및 공익사업용으로 수용되는 부득이한 점을 감안하여 세부담 완화차원의 양도소득세 감면정책으로, 쟁점토지는 8년 이상 자경한 토지임이 확인되고, 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호 가목에서 주거지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우는 양도소득세 감면대상인 바, 쟁점토지가 주거지역에 편입된 지 3년이 경과하여 양도된 사유가 예산부족으로 인한 보상지연의 부득이한 사유에 기인하고 이를 사업시행자인 하남시장도 확인하고 있으므로 쟁점토지에 대하여 8년 이상 자경감면을 적용하여야 한다는 취지의 의견진술을 하였다.

(6) 살피건대, 조세특례제한법 시행령제66조 제4항 제1호 나목은 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관이 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역, 상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우 양도소득세 감면대상으로 규정하고 있는 바, 처분청이 양도소득세 조사시 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경한 사실이 확인되어 자경감면을 인정하였던 점, 쟁점토지가 주거지역에 편입된 지 3년이 경과하여 OOO에 양도된 것에 대하여 사업시행자인 OOO시장이 예산부족에 기인하여 보상이 지연되었다고 확인하고 있는 점 등으로 미루어 볼 때, 쟁점토지를 3년이 경과하여 양도하게 된 것에 대한 책임이 청구인에게 있다고는 보이지 아니하므로 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여조세특례제한법제69조에 의한 감면을 배제하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.