종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

[참조결정] 조심2010서2935

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1996.8.16. OOO아파트 39동 402호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하였다가도시및주거환경 정비법에 따른 재개발로 멸실한 후 2001.6.21. OOO아파트 118동 1804호(이하 “신축주택”이라 한다)를신축취득하여 보유하다가 2006.11.21. 양도하고, 2006.5.17. 2006년 귀속 양도소득세 예정신고시조세특례제한법제99조의3의규정을 적용 하여 양도소득금액 전액에 대하여 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중조세특례제한법제99조의3의 규정에의한 감면소득 중 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면을 배제하고, 2012.4.19. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 다.청구인은 이에 불복하여 2012.7.13. 이의신청을 거쳐 2012.11.6. 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 국세청의 해석에 따라조세특례제한법제99조의3 제1항에 의거 감면을 적용하여 양도소득세 신고·납부를 이행하였음에도 처분청이 새로운 예규를 들어 과세한 처분은 신의성실원칙 및 소급과세금지원칙에 위배된다.

(2) 종전주택을 보유하다 재개발사업으로 멸실하고 취득한 신축주택에 대하여조세특례제한법제99조의3 제1항의 규정에 의한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어, 신축주택 취득후 5년간 발생한 양도소득 금액은소득세법 시행령제166조에 따라 계산한 양도소득금액을 적용하여 감면대상소득금액을 산정하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인이 관행이었다고주장하는 근거가 되는 과세관청의 세법해석사례(서면인터넷방문4팀-2109, 2005.11.8.)에 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확하게 회신하고 있지 아니하며, 과세관청에서도 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해표명을 한 사실이 없으므로 이 건 처분은 정당하다. (2)신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택 취득일부터신축주택 취득일(완공일) 전일까지의 양도소득(준공전의 양도소득)은 감면소득에 해당하지 아니하므로, 종전주택 취득일로부터 양도일까지 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 산정한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한양도소득금액을 산정하는 것은조세특례제한법제99조의3 및조세특례제한법시행령제40조에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액× (취득일로부터 5년이 되는 날의기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시 기준시가-취득당시 기준시가)}을 적용하고, 이 경우 분자의 취득당시 기준시가는신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 산정하는 적법한 방법이므로, 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일(완공일) 전일까지의 양도소득금액은감면소득에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

(1) 이 건 부과처분이 신의성실원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부 (2)조세특례제한법제99조의3의 규정을 적용함에 있어서 양도 소득금액 산정방법이 적정한지 여부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 및 처분청이 제출한 항변자료 및 심리자료에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 1996.8.16.청구인은 종전주택을 취득하였다가 재개발사업으로 멸실한 후 2001.6.21.신축주택을 취득하여 보유하다가 2006.5.17. 신축주택을 양도하였고,신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2006.5.20.인 것으로 나타난다. (나) 종전의 국세청예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에는조세특례 제한법제99조 제1항 및 동 법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양토소득금액”이라 함은 동 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증 교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라는 회신내용이 나타나고, 그 이후의 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업으로 멸실 하고 신축주택을 취득(사용승인일 20003.4.30.)한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3의 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라는 회신내용이 나타난다.

(2) 청구인은 종전의 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액(신축주택 양도가액-종전주택 취득가액)으로 일관되게 해석하고 있음에도, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 생산·소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한처분이 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 위배된다고 주장하고있다. (3)쟁점①에 대하여 살펴보건대, 종전의 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서도과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 명확히 답변하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어볼 때, 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을위배한 것이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심2010서2935, 2011.6.30. 외 다수, 같은 뜻). (3)쟁점②에 대하여 살펴보건대,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면,신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일 까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심2010서2935. 2011.6.30. 외 다수, 같은 뜻).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.