3. 심리 및 판단
① 조특법 제99조에 따라 신축주택을 취득일부터 5년후 양도하는 경우 감면소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
② 재건축사업에 의하여 종전주택을 멸실하여 신축주택을 취득한 후 양도한 경우, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액이 조특법 제99조에 따른 감면대상인지 여부
③ 과세관청의 세법해석과 세무행정을 신뢰하여 성실하게 납세의무를 이행하였음에도 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
- 나. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점신축주택의 등기부등본, 쟁점종전주택 및 쟁점신축주택의 매매계약서(계약일은 각각 1994.11.2., 2006.2.8.) 등에서 청구인은 1994.11.11. 쟁점종전주택을OOO원에 취득하였다가 멸실후 재건축사업을 통해 쟁점신축주택을 취득(사용승인일은 1998.9.18., 소유권보존등기일은 1998.11.16.)한 후 2006.3.22.(매매계약일은 2006.2.8.) 이광구 및 이미선에게OOO에 양도한 것으로 나타난다. (2) 조특법 제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) 제1항에서 신축주택취득기간(1998.5.22.부터 1999.6.30.까지의 기간) 내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 자기가 건설한 신축주택으로서 그 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정되어 있으며, 조특법 제99조의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면)는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 해당 양도소득금액(감면소득금액)을 계산하도록 규정하고 있다. ｛양도소득금액 ×([취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가] - [취득당시의 기준시가])/([양도당시의 기준시가] - [취득당시의 기준시가])｝(이하 “쟁점산식”이라 한다) (3) 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에는 단독주택을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2003.4.30.)한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이며, 신축주택의 취득일(2003.4.30.)로부터 5년이 되는 날은 2008.4.30.까지라고 기재되어 있다. (4) 청구인의 쟁점신축주택의 양도소득세 과세표준 신고서, 처분청의 이 건 양도소득세 경정결의서 및 이 건 관련 이의신청결정서 등에 따르면, 청구인은 쟁점신축주택을 양도한 후 양도소득세를 신고하면서 감면소득금액 계산시 쟁점산식의 분자 및 분모의 ‘취득당시의 기준시가’를 모두 ‘쟁점신축주택의 취득당시 기준시가’로 적용한 반면, 처분청은 이 건 양도소득세 경정시 쟁점산식의 분자 및 분모의 ‘취득당시의 기준시가’를 각각 ‘쟁점신축주택의 취득당시 기준시가’ 및 ‘쟁점종전주택의 취득당시 기준시가’로 적용하였고, 청구인에게 납부불성실가산세OOO을 부과한 것으로 나타난다. (5) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인은 조특법 제99조 제1항은 신축주택을 취득일부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(감면대상소득금액)을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으므로, 감면대상소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여야 한다고 주장하고 있는 반면, 처분청은소득세법제90조에서 이 법 또는 다른 법률에 의한 감면소득금액이 있을 때에는 감면소득금액에서 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 감면하도록 규정되어 있으므로 위 청구주장을 받아들일 수 없다는 의견이다. (나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 외 다수), 조특법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데 조특법 제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조특법 제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(조심 2012서3421, 2012.12.31., 조심 2012서4812, 2012.12.31., 대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻임). (다) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 쟁점신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액(감면대상소득금액)을 양도소득금액(양도소득세 과세대상소득금액)에서 직접 차감하여 과세표준을 산정한 후 이에 세율을 곱하는 방법으로 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (6) 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 처분청이 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 과세근거로 하여 양도소득세 감면세액을 추징한 것은국세기본법상 세법해석의 기준 및 소급과세금지의 원칙에 위배된 것이라고 주장하고 있으나, 조특법 제99조는 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 같은 조 제1항은 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 종전 국세청 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8. 등)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 세법해석의 기준, 소급과세금지의 원칙 또는 신의성실의 원칙을 위반하였다고 볼 수 없으므로(조심 2012서4696, 2012.12.28. 외 다수 참조), 쟁점신축주택의 양도에 따른 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니하는 기간(쟁점종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 기간)을 감면배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (7) 쟁점③에 대하여 본다. 청구인은 과세관청의 세법해석과 세무행정을 신뢰하여 성실하게 납세의무를 이행하였음에도 청구인에게 그 귀책사유를 물어 이 건 납부불성실가산세를 부과한 것은 위법·부당하다고 주장하고 있으나,세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나(대법원 2005.11.25 선고 2004두930 판결 등 참조), 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2007.4.26. 선고 2005두10545 판결 참조), 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위반하였다거나 처분청이 청구인에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.