조세특례제한법 제99조의3은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이 감면대상으로 규정함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999.7.29. OO시 OO구 OO동 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 재개발로 인해 2003.4.30. OO시 OO구 OO동 아파트(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 2006.12.27. 양도한 뒤, 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)의 규정을 적용하여 양도소득세 과세표준을 예정신고하였다.
• 나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.4.25. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.27. 이의신청을 거쳐 2012.11.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 신축주택의 신축일(2003.4.3.)부터 양도일까지 발생한 양도소득에 대하여만 감면대상 소득이 된다고 해석하였는바, 이는 신축주택을 5년이상 보유하다 양도하는 경우 감면소득을 계산하는 국세청 해석(재산세과-227, 2009.1.20.)을 확대해석한 것이고, 건설 활성화 등을 지원하기 위한 입법취지 등에 위배되며, 양도소득세 감면대상으로 신고시인하여 처리하였다가 예규를 변경하여 소급과세하는 등 소급과세 금지원칙에 부합하지 아니하는 점, 청구인이 납부한 청산금 OOO백만원(종전주택 평가액 OO백만원)은 신축주택 건축비에 충당된 신축주택 취득가액에 포함되는 가액이며, 청산금 납부분에 대한 신축주택 취득당시 기준시가 OOO백만원과 종전주택 취득당시 기준시가 OO백만원을 합계하면 분모의 취득당시 기준시가는 OOO백만원으로서 감면소득은 OO백만원에 해당하는 점 등에 비추어 처분청의 과세처분은 부당하며, 예정신고·납부일부터 6년 이상이 지나서 종전해석을 바꾸어 과세한 경우 청구인에게 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있고, 납세자의 귀책사유에 해당하지 아니하므로 납부불성실가산세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체문언을 고려할 때 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없는 것인 점, 조특법 제99조의3의 감면대상은 신축주택 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세이고, 신축주택 취득일은 사용검사승인일로서 사업계획승인일 이후 양도소득금액을 감면대상으로 한다면 신축주택 취득일보다 훨씬 앞선 시점 이후부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액도 감면하는 결과를 초래하며, 일반분양자는 신축주택으로 전환되기 전의 구주택을 소유한 적이 없어 형평에 맞지 아니하는 점, 종전 국세청 예규가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하지 않아 소급과세나 신의칙에 위배되지 않는 점 등에 비추어 이 건 양도소득세 및 이자성격의 납부불성실가산세를 부과함은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 제시된 심리자료를 보면, 청구인은 1999.7.29. 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 2003.4.30. 신축주택(아파트)을 취득하여 2006.12.27. 양도한 뒤, 양도가액을 OOO백만원, 취득가액을 OOO백만원, 양도소득금액 및 감면소득금액을 144백만원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(2) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 조특법 제99조제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 거이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.

(3) 조특법 제99조의3의 입법취지 및 법률규정 등을 살펴보건대, 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축 등에 의해 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 점(조심 2012서2387, 2012.12.3. 참조), 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의과실은 고려되지 아니하는 것으로, 이 건 과세와 관련하여 납세자의 법령의 무지 또는 오인은 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다 할 것이다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.