신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1989.5.19. 취 득한 OOOOO OOO OOOO 10-55 주택(이하 “구주택”이라 한다)이 도시 및 주거환경정비법에 따라 재개발됨에 따라 구주택을 멸실하고 OOO아파트 303동 1504호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다, 이를 2006.11.17 양도한 후 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 조세특례제한법 (이하 “조특법”이라 한다) 제99조3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정에 의거 산출세액(56,687,756 원)의 100%를 감면세액으로 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 조특법 제99조의3 규정을 적용함에 있어, 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니하고, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따라 계산한 감면세액 OOO원을 산출세액에서 차감하고, 2012.4.26. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.23. 이의신청을 거쳐 2012.11.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 조특법 제99조의3 제1항의 규정상 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정되어 있는바, 청구인은 신축주택(OOOOO OOO OOOO OOO OOOOOOOO OOOO OOOOO)을 2006.11.17. 양도하고 조특법 제99조의3의 신축주택 양도소득세 감면 규정에 의거 양도소득세를 신고하면서 감면세액을 산출하기 위하여 조세특례제한법 시행규칙별지 37호 서식인 “구조조정대상 부동산등 세액감면신청서”를 작성요령에 따라 작성하였고, 5년 이내의 양도분으로 별지 서식의 오류가 없음에도, 처분청이 법조문을 자의적으로 해석하여 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1) 조특법 제99조의3 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택(재건축․재개발 포함) 의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않으므로, 구주택의 취득일로부터 양도일까지의 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은 조특법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액× (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}을 적용하는 것으로, 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준 시가는 구주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법이므로, 종전 주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일(완공일) 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 신축주택에 취득에 대한 양도소득세 감면을 적용함에 있어 구주택취득일부터 신축주택의 취득일전일까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 에서 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

(2) 살피건대, 청구인은 구주택을 1989.5.19. 취득하여 보유하다가 도시 및 주거환경정비법에 따라 신축주택을 취득하여 5년 이내에 이를 양도한 경우 전체 양도소득금액에 대하여 감면을 적용하여야 한다는 주장이나, 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세 감면을 적용함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것으로, 조세특례제한법 시행령 제40조 에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것(조심 2011서1349, 2011.6.30. 같은 뜻)이므로, 처분청의 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.