연구전담부서를 보유한 업체에 위탁ㆍ재위탁하여 발생한 연구개발비용은 연구인력개발비세액공제 대상임

2012.3.30. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2006사업연도 중 지출한 연구 및 인력개발비 중 위탁개발비 OOO원의 연구용역이 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 전력산업구조개편에 따라 2001.4.2. OOO로부터 발전부문이 분할되어 설립된 공기업으로, 2010.3.10. 2006사업연도 법인세에 대하여 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 구하는 경정청구를 제기하여 2010.5.12. OOO원을 환급받았다.
• 나. 국세청장은 연구개발비의 인정범위는 자체연구개발과 위탁연구개발 모두 전담부서의 연구개발비만을 인정함이 원칙이나, 비전담부서에서 수행한 연구개발비에 대하여 경정청구 등을 통하여 세액공제를 받은 사례가 발생하여 연구개발비 세액공제 적정여부를 재검토하도록 하였고, 이에 처분청은 청구법인에 대한 연구개발비 부당공제 여부를 재검토한 결과, 당초 경정청구시 세액공제 대상으로 인정한 2006사업연도분 연구 및 인력개발비 OOO원 중 위탁개발비 OOO원(이하 “쟁점연구개발비”라 한다)을 세액공제 대상에서 제외하여 2012.3.30. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.27. 이의신청을 거쳐 2012.10.31. 심판청구를 제기하였

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점연구개발비는 전담부서를 보유한 기관에게 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용이므로 조세특례제한법제10조 제1항의 세액공제 적용대상에 해당한다.

(2) 처분청은 수탁기업의 전담부서에서 창의적․창조적 기술개발 용역을 수행한 경우에 한하여 세액공제 대상에 해당한다는 의견이나, 2006사업연도 당시 연구인력개발비 세액공제와 관련한 세법 규정에서는 그러한 제한 사항이 규정되어 있지 아니하고, 청구법인의 위탁개발은 수탁기관 연구직원의 연구 수행이 전제되는 점, 연구개발 성격이 과세당국의 재조사 쟁점이 된 “금융업 전산프로그램” 개발과는 성격이 다른 점 등을 볼 때 전액 환급되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 조세특례제한법 시행령별표6 제1호 나목 등에 의하면, 위탁개발의 경우에도 수탁기업의 전담부서에서 수행한 것만 세액공제 대상이 된다고 해석함이 타당하므로 전담부서가 아닌 부서에서 용역을 수행하였다면 세액공제 대상이 아니라고 보아야 한다.

(2) 연구 및 인력개발비 세액공제는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 창의적 핵심기술 연구개발 활동에 소요된 비용에 대하여 적용되는 것으로서 당초 경정청구 현지확인 당시 이에 대한 사실확인 및 판단이 없었을 뿐만 아니라, 기획재정부 등 유권해석에서도 원칙적으로 수탁기업의 전담부서에서 발생한 비용만 세액공제가 가능하다는 의견이 확고하므로 이 건 법인세 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 지출한 연구 및 인력개발비가 수탁기업의 전담부서가 아닌 부서에서 용역을 수행하였고 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 창의적 핵심기술 연구개발 활동에 소요된 비용이 아니라는 사유를 들어 세액공제를 부인한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 자료에 의하면 2006사업연도 기간 동안 연구 및 인력개발비로 지출한 내역은 아래 <표>와 같다. <표> 청구법인 제출 2006사업연도 연구 및 인력개발비 지출 내역

(2) 청구법인은 이의신청 심리과정에서 위탁한 연구용역이 모두 국내외 연구기관 및 연구 전담부서가 등록된 기관에 위탁한 용역이라고 주장하면서 사단법인 OOO로부터 연구소/전담부서를 조회한 화면 및 연구용역비와 과제명 목록 등을 제출하였고, 처분청은 이의신청결정에서 청구법인이 국공립대학, 사단법인 OOO 인정 기업부설연구소가 설치된 국내 기업 및 국공립 연구기관에 연구용역을 의뢰한 사실을 인정하였다.

(3) 수탁기업의 전담부서에서 발생한 비용에 한하여 연구 및 인력개발비 세액공제대상이 되는지 여부에 대해 청구법인은 2006사업연도에 지출한 연구개발비는 모두 조세특례제한법 시행령별표6에서 규정하고 있는 국내외 연구기관 및 연구전담부서가 등록된 기관에 위탁한 것이고, 처분청 또한 이의신청결정에서 수탁기업 모두 전담부서를 보유하고 있는 사실에 대하여 인정한 바 있다고 주장하였으며, 이에 대해 처분청은 위탁개발의 경우에도 전담부서에서 수행한 것만 세액공제 대상으로 보아야 한다는 의견이다.

(4) 창의적․창조적 기술개발 연구용역을 수행한 것이 아니라고 하여 세액공제를 부인한 처분에 대하여 청구법인은 청구법인의 위탁연구개발은 수탁기관의 연구직원의 연구 수행이 전제되고, 수행한 연구용역의 주요 내용이 발전․송변전․배전 분야에서 현재 상용화되어 있지 아니하나 새로운 개념 및 이론을 근거하여 수행 중인 “미래성장동력” 분야, 기존 기기의 기술진보를 통하여 전력설비의 성능을 극대화시키기 위한 “성능향상기술” 분야 및 신기술을 접목시켜 전력설비의 상태를 진단하여 고장 등을 예방함으로써 안정적 전력공급을 달성하기 위한 “공급안정화기술” 분야로 구성되어 있어 과세당국의 재조사 쟁점이 된 “금융업 전산프로그램” 개발과는 성격이 다르다고 주장하면서 위탁연구개발 집행리스트, 연구개발사업 협약서 및 시방서, 연구개발 시행계획서 등을 제출하였다.

(5) 처분청 담당공무원은 2013.1.31. 우리원에서 열린 조세심판관 회의에 참석하여 2012년 2월경 연구 및 인력개발비 세액공제와 관련하여 부과제척기간이 임박한 분부터 과세하라는 지침이 시달되었는데, 부과제척기간 만료일(2012.3.31.)까지 불과 일주일 남짓한 기간 밖에 남지 아니하여 청구법인에 대한 연구용역에 대한 실사를 하는 것이 사실상 불가능한 상태였다는 취지의 답변을 하였다.

(6) 살피건대, 처분청은 쟁점연구개발비가 수탁기업의 전담부서에서 수행한 것만 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이므로 전담부서가 아닌 부서에서 용역을 수행하였다면 세액공제 대상이 아니라는 의견이나, 위탁 및 공동기술개발의 경우 조세특레제한법 시행령제9조 제2항 및 별표6 제1호 나목에서 기업의 연구기관 및 전담부서에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 연구개발비를 세액공제대상으로 규정하고 있는바, 연구 및 연력개발비가 전담부서가 있는 업체에게 지출되었다면 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 참조). 다만, 이 건 부과처분은 처분청이 부과제척기간의 만료가 임박한 시점인 2012년 2월경 연구 및 인력개발비에 대한 과세지침을 시달받아 충분한 검토없이 이루어진 것으로 보이므로 쟁점연구개발비의 연구용역 내용이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.