비영리법인으로 보아 매입세액 환급 거부한 처분에는 잘못이 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 법인등기부상 회사설립의 준거법을 중화인민공화국법으로 하고, 본점을 홍콩에 둔 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 서울지사(영업소)이며, OOO는 OOO 성인이 설립한 천주교 “오푸스데이” 정신에 입각하여 문화·교육센터 등을 비영리사업으로 운영하고 있는바, 청구법인은 사업자등록신청시 고유목적사업으로 윤리교육업, 수익사업은 교육서비스업으로 하여 처분청으로부터 2011.12.2. 사업자등록증을 교부받았고, OOO에 소재한 OOO 113호(이하 “OOO”라 한다)를 임차하여 개업준비를 하면서 OOO 701호(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 매입하여 리모델링 후, 건물수리 과정에서 발생한 공사비 OOO원에 대한 매입세액 OOO원을 2012.2.25. 처분청에 환급신고하였다.
• 나. 처분청은 현지확인조사를 실시하여 청구법인이 유한회사(외국법인의 영업소)로 등록되어 있으나, 사업자등록시 제출한 홍콩본사의 설립증명서에 “OOO"사업(비영리사업)을 영위한다고 명시되어 있고, 대표자도 종교에 기반한 다양한 교육사업을 구상중에 있으나, 향후 과․면세 교육업을 영리 또는 비영리로 운영할지 여부가 불확실한 점 등으로 볼 때, 청구법인의 실질 사업내용은 종교에 기반한 교육서비스업을 영위하는 비영리법인으로 보이고 설사, 향후 수익사업을 영위할 계획이 있다 하더라도 아파트 인테리어관련 매입세액은 사업과 직접적인 관련이 없는 매입세액이므로, 매입세액 불 공제 대상으로 보아 2012.9.7. 청구법인에게 2012년 제2기 부가가치세 OOO 원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.10.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 국내에서 사업장 건물 마련을 위해 임시로 OOO를 임차하여 개업준비를 하면서 쟁점아파트를 매입하고 리모델링을 하였으며, 쟁점아파트는 리모델링 과정에서 일부는 사무실, 나머지는 화장실, 주방, 침실 등으로 되어 있어 사무실과 침실을 겸용으로 사용하고 침실은 외국인의 기숙사로 사용되었으며, 업무 비전담자를 위한 기숙사로 사용되는 경우에는 임대료를 받기로 하였는데 처분청 조사공무원이 현지출장하여 조사하면서 아파트라는 사실에만 착안하여 쟁점아파트를 주택으로 보아 매입세액 환급을 거부하고 가산세까지 부과한 것은 부당하며, 처분청은 청구법인이 과세사업을 하지 않았다고 하나, 청구법인은 유한회사로서 영리법인이므로 과세사업을 개시하려는 준비단계에서 매입세액이 발생하였고 아직 매출세액은 발생되지 아니하여 환급세액이 발생된 것으로, 이는 부가가치세법상 당연한 논리로서 사업을 개시하는 기업들이 대부분 초기에 환급세액이 발생하는 것은 일반적인 현상이므로 청구법인에 대한 부가가치세 과세처분을 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 처분청 조사공무원이 2012.8.22〜8.31 기간중에 현지확인하여 대표자와 면담한바, 향후 과·면세 교육업을 영리 또는 비영리로 운영할지 여부가 불확실하나 종교에 기반을 두고 법률적으로도 적합한 교육사업을 구상중임을 주장하는 점 등으로 보아 청구법인의 실질은 종교에 기반한 교육을 목적으로 하는 비영리외국법인이고, 비영리법인의 고유목적사업 관련 매입세액은 불공제대상이며, 청구법인의 주장과 같이 쟁점아파트를 사무실과 침실 등으로 리모델링하였다 하더라도 실제 현지확인 결과 구조상 사무실 용도는 손님 응대용으로 사용되는 거실방 밖에 없으며, 이는 전체면적 중 7평 남짓의 좁은 공간에 불과하여 수익사업으로 교육서비스업을 영위할 수 없는 장소이고, 1,2인이 방문하여 상담이 진행될 수는 있으나, 이는 수익목적으로 상담료를 받고 진행하는 것이 아닌 청구법인의 고유목적을 위한 윤리교육이나 인성교육을 위한 1:1 상담에 해당되는바, 비영리법인의 고유목적사업 및 영리법인의 면세사업에 대한 매입세액은 당연히 불공제대상이고, 오직 과세사업과 직접 관련된 매입세액만이 매입세액 공제가 가능하므로 설사 실지귀속이 불분명하여 공통매입세액으로 보더라도 현재 진행중인 수익사업은 없으므로 결과적으로 과세사업과 직접 관련된 매입세액으로 보아 매입세액을 공제할 수 없다.

• 가. 쟁 점 등기부상 홍콩에 본점이 있는 유한회사 국내 영업소의 쟁점아파트 인테리어공사 관련 매입세액 공제 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 부가가치세법제17조 제2항 제1의2에 의하면 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있다.

(2) 처분청의 현지확인 조사복명서에 의하면, 청구법인은 등기부상 유한회사(외국법인의 영업소)로 등록되어 있으나, 홍콩본사 설립증명서에 “non-profit" 사업을 영위한다고 명시되어 있고, 대표자는 종교에 기반한 다양한 교육사업을 구상중이라고 하나, 향후 과․면세 교육업을 영리 또는 비영리로 운영할지 여부가 불확실한 것으로 조사된 점 등으로 볼 때, 청구법인의 업종은 종교에 기반한 교육서비스업을 영위하는 비영리법인이며, 설사, 향후 수익사업을 영위할 계획의 유한회사라 하더라도 아파트 인테리어관련 매입세액은 사업과 직접관련이 없는 주택관련 매입세액이므로 매입세액불공제 대상에 해당한다고 판단한 것으로 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 처분청 조사공무원이 현지출장하여 조사하면서 아파트라는 사실에만 착안하여 쟁점아파트를 주택으로 보아 매입세액 환급을 거부하고 가산세까지 부과하는 것은 부당하다고 주장하면서 국내사업장 설치신고서, 건물임대차계약서 등을 증빙으로 제출하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 국내사업장 설치신고서에 의하면, 청구법인은 OOO로서 OOO 1-18 OOO 113호에 국내사업장을 두고 있으며, 서비스, 교육 등을 주업으로 하는 외국법인의 국내사업장으로서, 오스틴로드, 씸샤쒸, 카울룬, 홍콩에 본점을 두고 있다. (나) “건물임대차 계약서Ⅰ”에 의하면, 임대인은 OOO, 임차인은 OOO으로 되어 있고, 임차물건은 OOO 지상 113호, 면적은 49.5㎡이며, 보증금은 ㎡당 OOO원, 총액은 OOO원으로 기재되어 있고, “건물임대차 계약서Ⅱ”에는 임대인이 OOO, 임차인은 동아시아교육재단(OOO), 임차물건은 “건물임대차 계약서Ⅰ”과 동일하며, 건물을 무상으로 대여하고 모든 임대료와 관리비는 임대인이 부담하는 것으로 기재되어 있다. (다) 청구법인의 교육 및 활동에 대한 2011.3.28.자 국내신문의 보도내용(연합뉴스, 2011.3.28.)을 요약하면 아래 <표>와 같다.

(4) 살피건대, 청구법인은 중화인민공화국법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 유한회사(외국법인의 영업소)로 등록되어 있으나, 홍콩본사 설립증명서에 “OOO"사업(비영리사업)을 영위한다고 명시하고 있는 점, 대표자도 종교에 기반한 다양한 교육사업을 구상중이라고 하나 향후 과․면세 교육업을 영리 또는 비영리로 운영할지 여부가 불확실한바, 청구법인의 실질 사업내용은 종교에 기반한 교육서비스업을 영위하는 비영리법인으로 보이는 점, 설사, 향후 수익사업을 영위할 계획이 있다 하더라도 아파트 인테리어관련 매입세액은 사업과 직접적인 관련이 없는 매입세액인 점 등으로 볼 때, 청구법인은 쟁점아파트를 부가가치세법제2조에서 규정하고 있는 고유목적사업(비영리법인)에 사용하기 위하여 매입한 것으로 보인다. 따라서 쟁점아파트의 매입과 관련하여 처분청이 쟁점매입세액을 비영리법인의 고유목적사업에 대한 매입세액으로 보아 매입세액불공제하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.