신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 양도소득에서 감면소득을 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함 (쟁점2 관련)

OOO세무서장이 2012.4.25. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO아파트 1206호 양도소득 중조세특례제한법제99조 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1984.12.18. 취득한 연립주택(이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축으로 1999.6.12. 취득(사용승인)한 OOO아파트 1206호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.12.12. 양도한 후 종전주택 취득일부터 신축주택 양도시까지의 양도소득금액 OOO원에 대하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)제99조를 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 양도소득세가 감면되는 신축주택 취득 후 5년간 발생한 소득에 대하여 조특법 시행령 제40조 제1항에 의하여 OOO원으로 계산한뒤, 산출세액에 양도소득세 과세표준 중 기본공제금액을 제외한 감면대상 소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하고 이를 산출세액에서 차감하는 방식으로 양도소득세를 계산하여 2012.4.25. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.16. 이의신청을 거쳐 2012.11.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조 등을 적용함에 있어 신축주택 취득전 양도소득금액을 과세특례 적용대상에서 제외한다는 규정이 명확히 없었다가 2009.1.20. 국세청 예규로 과세특례규정을 배제하는 것으로 해석하였는바, 동 예규 이전에는 양도소득세 실무서나 세무서에서도 신축주택 취득전 양도소득금액에 대하여 감면규정을 적용하였고, 청구인이 2006년 양도소득세 신고시 국세청 질의에서도 감면이 되는 것으로 확인받았음에도 5년이 지난후에 기존해석과 다른 해석을 통해 감면을 부인하고 양도소득세를 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조는 신축주택의 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 양도소득세 감면대상소득인 “당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에 따라 분자의 취득당시 기준시가는 “신축주택의 취득당시 기준시가”, 분모의 취득당시 기준시가는 “종전주택의 취득당시 기준시가”를 적용하는 것이므로 처분청의 과세처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 신축주택 양도에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액 계산시 적용되는 조특법 시행령 제40조 제1항 산식 중 분모․분자의 취득당시의 기준시가를 신축주택 및 종전주택 취득당시의 기준시가로 적용하여 감면세액을 계산한 처분의 당부 나. 사실관계 및 판단

(1) 제시된 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 조특법 제99조 등을 적용하여 감면소득 OOO원에 대한 감면비율을 100%로 하여 감면받을 세액을 OOO원으로 산출하였다. (나) 처분청은 조특법 시행령 제40조 제1항 산식 분자의 취득당시 기준시가를 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여 아래와 같이 감면소득 OOO원을 산출한뒤, 산출세액OOO에 감면소득금액OOO에서 기본공제(0원)를 차감한 후의 금액이 과세표준OOO에서 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 산출하고, 이를 산출세액에서 차감하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 살피건대, 조특법 제99조 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득시점부터 신축주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이며, 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 상 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시 기준시가이고, 분모의 취득당시 기준시가는 종전 연립주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보아야 할 것인 점, 국세기본법제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있으며, 이와 관련하여 과세관청의 종전 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 위국세기본법조항을 위배하여 소급과세한 것으로 보기 어렵다(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻임) 할 것이다. 다만, 조특법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조특법 제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조특법 제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(조심 2012서3421, 2012.12.31., 대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻임).

(3) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액OOO을 양도소득세 과세대상소 득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.