신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 양도소득금액에서 직접 차감함

OOO세무서장이 2012.4.16. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 1991.2.28. 취득한 OOO 23동 204호(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 1998.9.18. OOO 211-1801(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득한 후 2007.11.19. OOO만원에 양도하고, 종전주택 취득일로부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득금액에 대하여조세특례제한법제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면)를 적용하여 2007.12.7. 해당 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는조세특례제한법제99조에 의한 감면에 해당되지 아니한다 하여 2012.4.16. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 적용)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.6. 이의신청을 거쳐 2012.10.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1)조세특례제한법제40조 제1항의 감면소득계산식에 적용할 양도소득금액은 신축주택 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 적용하고, 취득당시의 기준시가는 분자와 분모에 다 같이 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하여야 하며, 같은 법 제99조 제1항에 해당 신축주택을 취득한 날로부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정되어 있으므로(대법원 2010두3725, 2012.6.28.), 감면세액은 감면소득을 포함한 전체소득의 과세표준으로 계산한 산출세액을 차감한 세액으로 계산하여야 한다. (가) 처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 배제하였음에도(재산세과-227, 2009.1.20.), 청산금을 납부하고 취득한 재건축의 양도차익을 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액은 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 소득이 포함되어 있는 양도소득금액이 되어 위법하다. (나) 청산금을 납부하고 취득한 재건축주택의 취득당시의 기준시가를 분자에는 신축주택의 취득당시 기준시가로 적용하고 분모에는 분자에 적용하는 신축주택의 취득당시의 기준시가와 다른 종전주택의 기준시가로 적용하는 것은 감면소득을 계산할 양도소득금액의 발생기간을 벗어난 날의 기준시가를 적용하여 위법하고 감면소득의 배분에 불합리한 논리적 모순이 있으므로 종전주택분에서 발생한 감면소득과 청산금납부분에서 발생한 감면소득으로 각각 구분계산한 후 이를 합계한 금액을 계산하여야 논리적으로 타당하다. (다) 그렇다면, 청산금을 납부하고 취득한 신축주택 감면대상인 재건축주택을 양도한 경우 관련 계산식에 적용할 양도소득금액을 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따라 계산한 양도차익 중 관리처분계획인가후의 양도차익으로 계산한 양도소득금액으로 적용하고, 취득당시의 기준시가는 분자와 분모에 다같이 신축주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 타당하다.

(2) 청구인은 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면을 규정한 조세특례제한법제99조 제정이후 10년간 시행하여 오던 과세관청의 세법해석과 세무행정을 신뢰하여 신고․납부하였고, 신고 후 처분청에서 청구인이 신고한 감면소득금액와 세액의 적격여부를 검토하여 적격이라 하였는바, 청구인에게 과소납부한 귀책사유가 없고 납세의 무를 태만히 한 사실이 없으므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

(3) 조세법에 감면대상소득의 내용과 범위를 일의적으로 해석되도록 명확하게 규정하지 아니하고 감면소득의 계산식과 감면신청서의 서식을 미비하게 규정하고서 관련법 규정을 개정하지 아니하고 처분청이 자의적으로 납세자에게 불리하게 예규를 변경하여 과세한 처분은 조세법률주의에 반하므로 취소되어야 하고, 처분청의 세법해석과 세무행정의 관행을 신뢰하고 감면세액을 계산하여 신고납부한 것을 신고일 후에 납세자에게 불리하게 예규를 변경하여 과세한 것은 세법의 해석기준 및 소급과세금지의 원칙과 신의성실의 원칙에 반하므로 취소되어야 한다.(예비적 청구)

• 나. 처분청 의견

(1) 청산금을 납부한 신축주택의 경우 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이고, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것이므로(부동산거래관리과-123, 2011.2.10. 참조), 청구주장은 이유가 없다.

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는바(대법원 2002두10780 2004.6.24. 참조), 이 건의 경우처럼 조세감면규정을 오인하여 과소납부한 경우 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다.

(3) 청구인은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여 2009.1.20. 생산된 새로운 해석에 의하여 과세하는 것은 조세법률주의, 소급과세금지의 원칙, 신의성실의 원칙 등에 위배된다고 주장하나, 청구인이 종전의 해석으로 제시한 국세청 질의회신(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8. 외)은 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득도 과세특례 적용대상에 해당한다는 회신이 아니라, 과세특례가 적용되는 양도소득금액을 계산함에 있어 신축주택의 취득일(사용검사필증교부일, 사실상의 사용일 및 임시사용승인일 중 빠른 날)에 대한 회신으로 보이는 반면, 그후 국세청 질의회신(재산세과-227, 2009.1.20.)은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당하지 않는다는 회신이므로, 이 건 양도소득세 부과처분이 조세법률주의, 소급과세금지 원칙 및 신의성실 원칙에 반하는 위법한 처분이라는 주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점

① 조세특례제한법제99조에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식이 적법한지 여부

② 납부불성실가산세 부과의 당부

③ 조세법률주의 및 소급과세금지의 원칙 등에 위반한 처분인지 여부

• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 신축주택이 소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 사이에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)} 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제99조 제1항 본문에서 "당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. (3) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이조에서 "관리처분계획인가후양도차익"이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 "관리처분계획인가전양도차익"이라 한다)

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익"이라 한다) + {[ 관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분양도차익"이라 한다) (4) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 종전주택 및 신축주택의 거래일자 및 기준시가 내역은 다음과 같다. (OO: O) (2) 조세특례제한법 제99조 (신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면)의 감면소득금액 계산과 관련하여 청구인이 신고하고, 처분청이 경정한 내역은 다음과 같다.

(3) 쟁점①에 대하여 본다. 청구인은조세특례제한법제40조 제1항의 감면소득계산식에 적용할 양도소득금액은 신축주택 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 적용하고, 취득당시의 기준시가는 분자와 분모에 다 같이 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하여야 한다고 주장하나, 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에서는 양도소득금액에 관하여 소득세법제95조 제1항에 따른 양도소득금액(양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액)으로 규정하고 있어, 해당 산식의 양도소득금액을 신축주택 취득 이후에 발생한 양도소득금액에 한정한다고 보기 어려운 점(조심 2012서5122, 2013.3.19. 참조),조세특례제한법제99조의 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운바, 처분청의 산정방법과 같이 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식 중 양도소득금액은 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지의 양도소득금액으로 하고, 이 금액에 신축주택 양도당시의 기준시가에서 종전주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분모로, 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분자로 한 비율을 곱하면, 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지의 양도소득금액 중 감면대상인 양도소득(신축주택 취득시부터 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득)이 산정되고, 종전주택 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에서 제외되므로, 같은 법 제99조의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정한 것으로 보이는 점(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9, 조심 2012서5062, 2013.3.8 외 참조) 등을 고려하면, 청구주장 을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2012서5210, 2013.4.5. 같은 뜻 임). 다만, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해 석하여야 하는 점, 같은 법 제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하 도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 같은 법 제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 1998.9.18. 사용승인을 얻어 그로부터 5년이 경과한 2007.11.19. 양도한 신축주택에 대하여는 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 신축주택의 양도에 따른 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2012서3421, 2012.12.31. 참조).

(4) 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면을 규정한 조세특례제한법제99조 제정이후 10년간 시행하여 오던 과세관청의 세법해석과 세무행정을 신뢰하여 신고․납부하였고, 신고 후 처분청에서 청구인이 신고한 감면소득금액와 세액의 적격여부를 검토하여 적격이라 하였는바, 청구인에게 과소납부한 귀책사유가 없고 납세의 무를 태만히 한 사실이 없으므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나(대법원 2004두930, 2005.11.25. 참고), 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2005두10545, 2007.4.26. 참조), 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위반하였다거나 청구인에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2012서5210, 2013.4.5. 같은 뜻임).

(5) 쟁점③에 대하여 본다. 청구인은 이 건이 위와 같이 조세법률주의에 반하고, 세법의 해석기준 및 소급과세금지의 원칙과 신의성실의 원칙에 반하므로 취소되어야 한다고 주장하나, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다고 판단된다(조심 2012서5210, 2013.4.5. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.