종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1993.9.10. 취득한 OOO 주택(이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축으로 1998.7.23. OOOOO OOOO OOO OOO OOOOO OOOO OOOO O(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다 가 2006.3.22. OOO에 양도하고, 조세특례제한법 제99조의3 에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 감면소득금액으로 보아 감면세액을 OOO으로 보아 양도소득세를 신고하고, 양도소득세 OOO과 농어촌특별 세 OOO을 납부하였다.
• 나. 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하 여 감면세액을 OOO으로 보고, 농어촌특별세 과다납부세액 OOO을 종합소득세 기납부세액으로 공제하여 2012.5.6. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정‧고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.31. 이의신청을 거쳐 2012.10.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 납세자들은 기존 예규(서면5팀-793, 2007.3.9.)에 따라 전체 양도 소득금액이 과세특례대상 소득금액이라고 해석해 오고 있었고, 과세관 청에서도 청구인 등 신축주택 양도자의 양도소득세 신고내용에 대하여 아무런 조치가 없다가 새로운 예규(재산-227, 2009.1.20.)를 소급적 용하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득금액을 과세특례대상에서 제외하여 과세한 처분은 명백하게 신의성실의 원칙 및 소급과세금지원칙에 반하는 위법한 처분이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 과세관청이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하고 있는 신축주택 취득자의 양도소득세에 대한 감면대상이 종전주택과 신축 주택 전체의 양도소득금액이라는 공적인 견해를 표명한 사실이 없고, 동 조문에 양도소득세 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되 는 날까지의 양도소득이고 감면세액의 계산은 조세특례제한법 시행 령 제40조 제1항의 규정을 준용한다고 명시하고 있으므로 신의성실의 원 칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분이라는 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁 점 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제15조 [신의‧성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제18조 [세법해석의 기준, 소급과세의 금지]

① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. (단서 및 각 호 생략) (3) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등]

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. { 양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시 의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1993.9.10. 종전주택을 취득 하였고, 재건축사업에 따라 종전주택을 멸실한 후 1998.7.23. 신축주택 을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 경과한 후인 2006.3.22. 신축주택을 양도한 것으로 나타난다. (2) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도 한 것에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 감면소득금액으로 보아 감면세액을 OOO으로 보아 양도소득세를 신고하고, 양도소득세 OOO과 농어촌특별 세 OOO을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하 여 감면세액을 OOO으로 보고, 농어촌특별세 과다납부세액 OOO을 종합소득세 기납부세액으로 공제하여 이 건 양도소득세 부과처분을 한 것으로 나타난다.

(4) 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 조세특례제한법 제99조의3에서 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것”에 그 입법취지가 있으므로 종전주택의 취득일부터 신축주택 의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상에 포함되는 것으로 해석하기 어려운 점, 과세관청에서 신축주택의 취득전 양도소득금액을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 않는 점 등으로 볼 때, 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙에 위배되는 처분이라는 청구인의 주장은 받아들이 기 어렵다고 판단된다(OOO 2012.8.1. 등 다수 참고).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.