종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득의 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1983.5.24. 취득하여 보유하던 OOOOO OOO OOO OOO OO아파트 6동 504호(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축(사용승인일: 2001.12.21.)됨에 따라 취득한 OOO아파트 107동 801호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.12.26. 유OOO에게 OOO원에 양도하고, 2007.2.28.조세특례제한법제99조의3의 규정을 적용하여 산출세액 OOO원 전액을 감면하는 것으로 하여 양도소득세를 예정신고 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 전체 양도소득금액 중에 신축주택 취득일로부터 5년내 발생한 양도소득금액만을 감면하고 나머지 보유기간에 대한 양도차익에 대해 납부불성실가산세 OOO원을 포함한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 2012.4.16. 청구인에게 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.3. 이의신청을 거쳐 2012.10.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용될 수 없는 바,조세특례제한법제99조의3의 내용 그대로 청구인은 신축주택 취득일로부터 5년이 경과된 이후에 양도한 것이므로 5년이 경과되기 이전에 발생한 양도소득은 100% 감면되고, 5년 경과 이후의 양도소득에 대해서만 양도세가 과세되어야 할 것이다. 신축주택 취득일로부터 5년 동안의 양도소득만 감면대상이라는 처분청의 의견은 관계법령 어디에서도 찾아 볼 수가 없으며, 이는 정부의 중대한 입법 미비로 보인다. 또한, 조세특례제한법 시행령제40조의 산식에서 분모와 분자에 “취득당시 기준시가”는 구조조정대상 부동산을 취득할 당시의 기준시가로서 전체의 양도소득 중 감면되는 5년간의 양도소득을 산출하기 위해 사용된 것이므로 기준시가의 변동폭을 고려한 감면대상 양도소득 산출이 가능하기 위해서는 두 개의 금액이 동일할 수 밖에 없는 것이다. 그러나, 처분청은 어떠한 법적 근거도 없이 동 산식을 적용함에 있어 분자에 적용되는 기준시가는 신축주택의 취득당시 기준시가를, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 각 적용하여 과세함으로써 당초 이 법령의 입법취지를 훼손하고 더 나아가 조세법률주의를 위배하였다. 일반 분양자는 분양계약을 체결한 날로부터 분양주택의 취득일(분양잔금지급일)의 전일까지 발생한 분양권 양도소득까지도 양도세 감면대상인 반면, 청구인과 같이 재건축주택 취득자는 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득은 감면대상이 아니라고 하여 일반 분양취득자와 재건축주택 취득자에 대하여 각각 엇갈린 해석을 하고 있는 바, 분양권이나 입주권 모두 동일하게 세법상 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보고 있으므로 동일한 해석을 통해 과세형평을 회복해야 갈 것이다. 조세특례제한법제99조의3의 규정이 2001.8.14. 최초로 제정된 이래, 과세 당국이 수많은 재건축주택에 대한 양도소득세 감면신고내용에 대하여 아무런 문제제기가 없다가, 10년이 경과된 지금에 와서야 명문상 법적인 근거로 없이 “재건축 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득은 양도소득세 감면대상이 아니다”라고 하는 것은 부당한 처분이고, 더구나 이에 더하여 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 부당하고 신의성실의 원칙에도 위배된다.
• 나. 처분청 의견 신축주택 취득자에 대한 감면은 그 입법취지가 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴에 따른 건설경기의 활성화이고, 이는 신축주택에 대한 것이므로조세특례제한법제99조의3 제1항에서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으므로 재개발 이전 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 될 수 없고, 신축주택의 양도소득금액에 대하여 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 비율을 기준시가를 기준으로 하여 감면소득금액을 계산하도록 규정한 점을 종합하여 볼 때, 산식에서 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 것을 적용한 처분은 정당하다. 조세특례제한법제99조의3에서의 감면대상은 신축주택 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세이고, 신축주택의 취득일은 사용검사 승인일이라고 보아야 할 것인데, 재건축주택 취득자에 대한 감면 대상을 청구인의 주장대로 종전주택 취득일 이후의 양도소득금액으로 한다면 신축주택 취득일보다 훨씬 앞선 시점 이후부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득금액도 감면하는 결과가 초래되고 일반분양자들은 신축주택으로 전환되기 전 종전주택을 소유한 적이 없어 종전주택의 취득 이후 신축주택의 취득 전까지 발생한 양도소득을 상정하기 곤란한 상황에 처하게 되므로 그들과의 형평을 고려하는 것은 적절하지 않다. 또한, 오류신고분의 미경정을 관행이라고 볼 수 없으며, 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에는 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세를 부과함은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지, 신의성실의 원칙 위배여부 및 납부불성실가산세를 면할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하고, 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 처분이 정당하다면서, 신축주택 감면세액 계산 적정여부 검토서, 부동산매매계약서 사본 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하고, 조세법률주의에도 위배되며, 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 부당하고 신의성실의 원칙에도 위배된다고 주장하면서 양도소득세 신고서 등을 제출하였다. (3)조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있고,국세기본법제47조 제1항에서 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다고 규정되어 있다.

(4) 살피건대,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것(조심 2010부415, 2010.9.17. 외 다수 같은 뜻)이므로 조세법률주의에 위배된다는 청구주장은 수긍할 수 없다. 또한, 청구인은 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙에도 위반된다는 주장이나, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(대법원 2002. 11. 26. 선고, 2001두9103 판결 참조), 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위반되었다고 볼 수 없고, 아울러 납부불성실가산세를 면책할만한 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.