신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인 은 1978.7.27. O O시 OO구 OO동 대지 250㎡ (이하 “종전나대지”라 한다) 를 나대지 상태에서 취득 및 보유하다 가 2002.4.30. 다세대주택(지하 1층, 지상 4층, 이하 “신축주택”이라 한다) 을 신축하여 보유하던 중 2006.9.28. 양도하고, 2006.11.20. 종전나대지의 취득일로부터 신축주택의 신축 후 5년간의 양도소득에 대하여 조세특례제한법제99조의3 (신축 주택의 취득 자에 대한 양도소득세 의 과세특례) 에 의한 양도소득세 과세특례 규정이 적용되는 것으로 보아 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 종전나대지의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도 소득금액은 과세특례 적용대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2012.5.8. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO,OOO,OOO원 을 경정․고지하였다.
• 다. 청구 인은 이에 불복하여 2012.7.27. 이의신청을 거쳐 2012.10.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1)조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 소득을 의미하는 것이 아니라 신축주택을 양도함으로써 발생한 양도소득 전체를 의미하고, 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 전체 양도소득금액 중 5년이 경과한 후에 발생한 양도소득을 차감한 금액이라고 해석함이 타당하며, 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산산식에 있어 분자와 분모에서 ‘취득시 기준시가’라는 동일한 용어를 사용하고 있는 바, 분자는 신주택의 취득시 기준시가, 분모는 구주택의 취득시 기준시가라고 해석하는 것은 근거가 없는 해석으로 당초 신고내용을 그대로 인정하던 것을 부과제척기간이 도래하여 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다.

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권자의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 않는 반면 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것인 바, 세법 해석상의 차이로 인한 이 건 납부불성 실 가산세를 취소하여야 한다. (3)소득세법제108조(예정신고 세액공제) 제1항에 의하면 예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제하도록 규정하고 있으므로 처분청에서 청구 인이 초과 납부한 농어 촌 특별세를 양도소득세 기납부세액으로 충당한 만큼 예정신고 세액공제를 하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항 은 신축 주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날 까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 종전나대지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며, 소득세법제114조 제2항은 예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고내 용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도 소득세 과세표준과 세액을 경정하도록 규정하고 있으므로 소급과세에 해당하지 아니한다. (

2. 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율로 과소납부분에 대하여 납부불성실가산세를 부과함은 정당하다. (3) 청구인은 초과 납부한 농어촌 특별세를 양도소득세 기납부세액으로 충당한 만큼 예정신고 세액공제를 하여야 한다는 주장이나, 양도소득세 경정시 청구인이 납부한 농어촌특별세 초과분을 양도소 득세 기납부세액으로 충당한 것을 예정신고와 함께 자진납부한 세액 으로 볼 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종전나대지의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하지 아니한다고 하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. (이하 생략) (2) 조세특례제한법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18704호로 개정된 것) 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 조세특례제한법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18704호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (4) 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다 (5) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. (6) 국세기본법 제47조의5 【납부ㆍ환급불성실가산세】

① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 인지세법 제8조 제1항 의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다. 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율 (7) 소득세법 제108조 【예정신고납부세액공제】

① 예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다.

② 제1항의 규정에 의한 공제는 이를 예정신고납부세액공제라 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1978.7.27. 종전나대지를 취득하여 보유하던 중 2002.4.30. 신축주택을 취득하여 보유하다가 2006.9.28. 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 감면신청하였고, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 의한 감면소득 중 종전나대지의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 이 건 양도소득세를 과세하였다. (나) 청구인은 1978.7.27. 종전나대지를 취득하였고, 2002.4.30. 신축주택(다세대주택)을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2007.4.29.이고, 신축주택을 2006.9.28. 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다. (다) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는조세특례제한법제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2002.10.31.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.

(2) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 첫째, 청구인은 처분청이 양도소득세 과세처분 과정에서 적용한 감면소득금액 산출방법은 분모와 분자의 취득 시 기준시가를 각각 달리 해석하여 분자의 취득당시 기준시가는 건물 취득 당시의 기준시가로, 분모의 취득 당시 기준시가는 토지 취득 당시 기준시가로 적용한 것은 법조문을 자의적으로 해석하여 납세자의 재산권을 침해한 것이므로 부당하다고 주장하나,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전나대지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2010서2935, 2011.6.30. 같은 뜻). 둘째, 청구인은 법이 정한 절차에 따라 양도소득세 신고를 성실히 이행하였고, 고의로 과소신고 및 납부지연 등을 해태할 의사가 없었음에도 불구하고, 납부불성실가산세를 납세자에게 전가함은 가혹하다는 주장이나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실을 고려하지 아니하고, 법령의 부지나 착오 등은 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하므로(대법원 2007두3107, 2009.4.23., 대법원 2008두12986, 2011.5.13. 판결 등 참조), 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 셋째, 처분청에서 양도소득세 경정시 청구인이 납부한 농어촌특별세 초과분을 양도소 득세 기납부세액으로 충당한 것을 예정신고와 함께 자진납부한 세액 으로 볼 수 없으므로, 초과 납부한 농어 촌 특별세에 대한 예정신고 세액공제를 하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.