기납부한 농어촌특별세액을 양도소득세 기납부세액으로 인정하여 납부불성실가산세를 산정하여야 함

OOO세무서장이 2012.4.9. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 과다납부한 농어촌특별세 OOO원을 양도소득세 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1988.9.21. 취득한 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축으로 2005.1.28. OOOOO OOO OOO OOO OOOOOOOOO OOOO OOOOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인일)하여 보유하다 가 2009.1.2.OOO원에 양도하고, 2009.3.25. 조세특례제한법 제99조의3 에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액에 대하여 감면신청을 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별 세 OOO원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하 여 감면세액을 OOO원 으로 보아 2012.4.9. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원 (납부불성실가산 세 OOO원 포함)을 경정‧고지하고, 농어촌특별세 OOO원을 환급(국세환급가산금 OOO원 별도)하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.5. 이의신청을 거쳐 2012.4.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 조세특례제한법 제99조의3 은 신축주택보급을 늘리는 한편 신축주택에 대한 수요를 높여 건설 및 부동산 경기를 활성화하는 데 있는바 재건축사업은 동 법령의 취지에 부합하고, 동 법조에서 “신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로 인하여 발생한 소득”을 감면소득금액으로 규정하고 있으므로 동 조문을 문리해석하면 신축주택의 취득일부터 5년 이내의 양도일까지 발생하는 소득뿐만 아니라 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생하는 소득까지 감면소득금액으로 봄이 타당하다. 또한, 자기가 건설한 건축물의 취득시기는 사용검사필증교부일(사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)로 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행령 제99조의3 에서 감면소득금액 계산시 준용하도록 한 제40조의 산식에서 “취득당시”를 분자의 경우에는 신축주택의 취득일로, 분모의 경우에는 종전주택의 취득일로 해석하는 것은 자의적 해석으로 서 조세법률주의에 위배되므로 위 산식에서의 “취득당시”란 신축주택의 취득일을 적용하는 것이 타당하다.

(2) 납세자들은 기존 예규(서면5팀-793, 2007.3.9.)에 따라 전체 양도 소득금액이 과세특례대상 소득금액이라고 해석해 오고 있었고, 과세관 청에서도 청구인 등 신축주택 양도자의 양도소득세 신고내용에 대하여 아무런 조치가 없다가 새로운 예규(재산-227, 2009.1.20.)를 소급적 용하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득금액을 과세특례대상에서 제외하여 과세한 처분은 명백하게 신의성실의 원칙 및 소급과세금지원칙에 반하는 위법한 처분이므로 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있고, 제1항에서 “5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다”라고 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당한다고 볼 수 없으므로 청구주장은 이유없다.

(2) 과세관청이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하고 있는 신축주택 취득자의 양도소득세에 대한 감면대상이 종전주택과 신축 주택 전체의 양도소득금액이라는 공적인 견해를 표명한 사실이 없고, 동 조문에 양도소득세 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되 는 날까지의 양도소득이고 감면세액의 계산은 조세특례제한법 시행 령 제40조 제1항의 규정을 준용한다고 명시하고 있으므로 신의성실의 원 칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분이라는 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁 점

① 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부

② 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분에 해당하는지 여부

③ [직권심리] 납부불성실가산세액의 적정 여부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) (1) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1989.9.21. 종전주택을 취득하였고, 재건축사업에 따라 종전주택을 멸실한 후 2005.1.28. 신축주택을 취득(사용승인일)하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날 이전인 2009.1.2. 신축주택을 양도한 것으로 나타난다. (2) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인은 신축주택을 양도 한 것에 대하여 2009.3.25. 양도소득금액 OOO원 전액을 감면소득금액, 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세 신고를 하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점ⓛ 및 쟁점②에 대하여 살펴본다. 조세특례제한법 제99조의3에서 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것”에 그 입법취지가 있으므로 종전주택의 취득일부터 신축주택 의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상에 포함되는 것으로 해석하기 어려운 점, 과세관청에서 신축주택의 취득전 양도소득금액을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 않는 점 등으로 볼 때, 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙에 위배되는 처분이라는 청구인의 주장은 받아들이 기 어렵다고 판단된다OOO

(4) 쟁점③에 대하여 직권으로 살펴본다. (가) 처분청은 감면소득금액을 OOO원, 감면세액을 OOO원, 납부불성실가산세를 OOO원(과소납부세액 OOO원, 미납일수 671일)으로 계산하여 이 건 양도소득세 부과처분을 하고, 2012.3.28. 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원(국세환급가산금 OOO원 별도)은 환급한 것으로 나타난다. (나) 납세자의 고의‧과실이나 법령의 무지 또는 오인은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는바, OOO 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙에 반하는 처분이 아닌 점, 관련 법령의 해석상 전체 양도소 득금액이 아니라 신축주택 취득일부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액만이 감면소득금액에 해당함에도 청구인은 전체 양도소득금액이 감면대상인 것으로 법령을 착오한 것으로 보이는 점 등으로 볼 때, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하였고 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 볼 수 있는 충분한 사정이 있는 경우에 해당하지는 않으므로 처분청에서 납부불성실가산세를 가산하여 양도소득세를 부과한 처분에는 잘못이 없 다고 판단된다. (다) 다만, 청구인은 양도소득세 신고시 양도소득금액 전액을 감면소득금액으로 봄으로 인하여 결과적으로 OOO원의 농어촌특별세를 과다하게 납부한 것으로 나타나는바, 양도소득세와 농어촌특별세가 별개의 세목이라 하더라도 농어촌특별세는 양도소득세의 부가세로서 청구인이 양도소득세를 과소하게 납부함으로 인하여 농어촌특별세가 과다하게 납부된 것이므로 서로 밀접한 관계가 있고, 이와 같은 경우 납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하고 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 세목의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이므로(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO, OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO O OO) 처분청에서 청구인이 과다납부한 농어촌특별세 OOO원을 환급하면서 가산하여 지급한 국세환급가산금 OOO원을 환수하는 것은 별론으로 하더라도 동 농어촌특별세 과다납부액을 양도소득세 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.