종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조특법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.8.27. OOO아파트 13동 403호(이하 “구주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, OOO아파트 재건축사업으로 구주택 멸실 후, 2002.3.4. 같은 동 162 OOO아파트 110동 1502호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 소유권보존등기(사용승인일: 2001.12.21.) 하였으며, 2006.7.24. 쟁점신축주택을 OOO원에 최OOO 외 1인에게 양도한 후 2006.9.26. 쟁점신축주택이조세특례제한법제99조의3에 따른 신축주택 감면에 해당되는 것으로 보고 양도소득세 전액을 감면 신청하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어서 구주택 취득일부터 쟁점신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당되지 않는다고 보아 2012.5.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.5. 이의신청을 거쳐 202.10.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점신축주택을 취득일로부터 5년 이내 양도한 경우이므로 법문 그대로 발생하는 양도소득세의 100% 전체를 감면하면 족한 것이며, 처분청에서 쟁점신축주택 취득일로부터 5년 동안의 양도소득만 감면대상이라는 주장을 뒷받침할 수 있는 근거를 찾아 볼 수 없다. 또한 처분청은 쟁점신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득과 쟁점신축주택에 대한 양도소득을 구분 산출하기 위하여 준용한 산식(조특법 시행령 제40조 제1항)은 조특법 시행령 제99조의3 제2항에서 신축주택 취득일부터 5년 경과 후에 양도하는 경우에만 준용하도록 규정된 산식임에도 불구하고 이를 5년 이내 양도한 쟁점신축주택에도 임의로 준용하였다. 이는 신축주택의 취득일로부터 5년 이내 양도하는 경우에는 5년 이후에 양도하는 경우와 달리 전자에 대하여는 세액을 차감하는 방식으로, 후자에 대하여는 과세대상소득금액에서 차감하는 방식으로 달리 적용하여야 한다는 최근 대법원 판례(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725판결)에 비추어 볼 때도 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도하는 경우에는 산식을 준용할 필요도 없이 전체 양도소득에 대해 100% 세액을 감면하는 것이 입법취지에도 부합하다고 할 것이다. 당초 조특법 시행령제40조 제1항에 의한 산식은 취득 후 5년간의 감면대상 양도소득을 산출하기 위해 제정된 법령(기준시가의 변동폭을 고려한 감면대상 양도소득 산출이 가능하기 위해서는 분자 및 분모의 “취득당시 기준시가” 금액이 동일함)이고, 취득 후 5년 이후 양도시에만 동 산식을 준용하도록 명문화하고 있는 만큼, 청구인은 신축주택 취득 후 5년 이내 양도이므로 동 산식을 준용할 수 없는 것이고, 설령 적용하더라도 분자 및 분모의 “취득 당시 기준시가”를 동일한 금액을 적용하여 양도소득을 구분 산출하여야 함에도 처분청은 이를 임의로 상이한 금액으로 적용하여 당초 이 법령의 입법 취지를 심히 훼손하였고, 조세법률주의를 위배하였다. 일반분양자는 분양계약을 체결한 날로부터 분양주택의 취득일(분양잔금지급일)의 전일까지 발생한 분양권 양도소득까지도 양도세 감면대상인 반면, 청구인과 같은 재건축주택 취득자는 신축주택의 취득일(준공일) 전일까지 발생한 양도소득(입주권 양도소득 포함)은 감면대상이 아니라고 하여 일반 분양취득자와 재건축주택 취득자에 대하여 각각 엇갈린 해석을 하고 있다. 또한 같은 재건축주택 양도자라 하더라도 종전주택을 취득하여 완성된 신축주택을 양도하는 자와 재건축 사업승인일 이후 재건축 입주권 형태로 취득하여 완성된 신축주택을 양도하는 자와의 과세형평이 맞지 않는다. 즉, 사업승인일 이후 입주권 형태로 취득한 양도자는 종전주택이 없었다는 이유로 신축주택 취득일(준공일) 전일의 양도소득까지 전체(입주권 양도소득과 신축주택 양도소득)가 양도세 감면대상에 해당된다고 보고 있으나, 종전주택을 취득하여 재건축 후의 신축주택을 취득한 양도자는 신축주택 양도소득만 감면대상이라고 하여 서로 엇갈린 해석을 함으로써 같은 재건축주택 양도자 간의 과세형평을 깨고 있다. 한편 처분청은 10년이 경과된 지금에 와서야 명문상 법적인 근거도 없이 재건축 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득은 감면대상이 아니라고 하면서 부과제척기간이 도과하기 한달 전에 과세예고도 없이 거액의 가산세까지 함께 고지한 것은 과세당국의 책임을 전적으로 납세자에게만 부담시켜 이는 신의성실의 원칙에 어긋난다고 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 조합원 신축주택 취득에 따른 특례 대상 양도소득금액은 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’이므로 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 양도소득세 특례가 적용되지 않고(조심 2012서121, 2012.2.23.), 재건축사업으로 종전에 소유하던 주택을 재건축조합에 양도하고 조합원 주택을 취득하였다가 양도한 경우, 신축주택 감면대상 양도차익은 종전주택 취득일부터 계산하는 것이 아니라 신축주택의 취득일부터 계산하는 것이 타당하다(조심 2010부415, 2010.9.17). 청구인은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 감면산식은 분모와 분자가 취득당시 기준시가 임에도 분모는 종전주택 취득당시 기준시가, 분자는 신축주택 취득당시 기준시가로 해석하여 산정하는 것에 대하여 법 적인 근거 없는 임의변경이라고 주장하고 있으나, 조세특례제한법제99조의 3에 따른 양도소득세 감면대상은 전체문언을 고려할 때, “신축주택을 취득하여 5년 이 내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도 한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없다”고 하여 확대·유추해석한 것이 아니다(OOO행정법원 2012.3.9. 선고 2011구단27363 판결). 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당 해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바, 조세특례제한법 시행령제40조에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당 시의 기준시가 중 분자에 적용되는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이다(조심 2011서1349, 2011.6.30). 조세특례제한법제99조의3에 의한 감면대상은 신축주택 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에 대한 양 도소득세이고 신축주택 취득일은 사용검사승인일로서, 청구인의 주장대로 종전주택의 취득시기 이후 부터 양도소득금액을 감면대상으로 한다면 신축주택 취득일보다 훨씬 앞선 시점 이후부터 신축주택 취 득일 전일까지 발생한 양도소득금액도 감면하는 결과가 초래되고, 일반분양자들은 신축주택으로 전환 되기 전의 구주택을 소유한 적이 없어 그들과의 형평을 고려하는 것은 적절하지 아니하다(OOO행정법원 2012.3.9. 선고 2011구 단27363 판결).

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전토지 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 조세특례제한법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하다고 하면서, 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 및 양도소득세결정결의서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 이 건 과세처분이 부당하다고 하면서, 판결례(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결), 이의신청 결정문(2012.7.31.), 양도소득세 신고서 등을 제출하였다.

(3) 조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다. 한편 국세기본법제18조 제3항에 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있다.

(4) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 구주택을 취득하여 보유하다가 재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 점 등으로 볼 때, 일반분양자와의 형평 등을 이유로 한 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다(조심 2012서3441, 2012.10.30., OO행정법원 2012.3.9. 선고 2011구 단27363 참조). 또한 청구인은 처분청이 쟁점신축주택의 양도와 관련하여 납부불성실가산세를 부과처분한 것이 신의성실의 원칙을 위배하였기에 취소되어야 한다고 주장하나, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 이 건을 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 국세부과제척기간내 적법하게 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2012서3435, 2012.9.28. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.