신축주택 취득일로부터 5년 경과 후 양도하는 경우의 감면소득은 소득금액 차감 방식으로 산정하는 것임

OOO세무서장이 2012.4.18. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO 원의 부과처분은 OOOOO OOO OOO OO OO OOOO 118동 1804호의 양도소득세 과세대상소득금액에서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한 금액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 1996.8.16. OOO아파트 39동 402호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 도시 및 주거환경정비법에 따른 재개발로 종전주택을 재건축하여 2001.6.21. OOOOO OOO OOO OO OOO아파트 118동 1804호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2006.11.21. OOO원에 양도한 후 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이후 5년이 되는 날까지의 양도소득금액에 상당하는 산출세액을 감면세액으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일(1996.8.16.)부터 신축주택의 취 득일(2001.6.21.) 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세 는 감면대상이 아닌 것으로 보아, 2012.4.18. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.10. 이의신청을 거쳐 2012.11.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 처분청은 소득세법 시행령 제166조 제5항 (2007.2.28. 개정되기 전의 것) 및 제2항의 재건축 재개발 아파트의 양도차익 계산방법이 시행되기 전부터 조특법 제99조에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면은 그 취득일로부터 5년이내에 양도하는 경우 전액 감면하고 5년이 지나 양도하는 경우에는 5년간 발생한 양도소득금액을 과세소득에서 차감하는 것으로 세법을 해석하여 국세행정이 관행으로 이루어졌는바, 처분청은 청구인의 양도소득세 예정신고 감면에 대하여 적용되는 법조문, 감면요건 충족 여부, 감면율 적용 적정 여부, 감면세액 적정 여부 등을 내부적으로 검토한 결과 양도소득세 100% 감면을 시인하는 것으로 처리하였다가 2009.1.20. 종전 예규를 변경하여 이를 소급적용한 것으로, 청구인은 2006.11.21. 양도하면서 서면 인터넷방문 상담 4팀-2109(2005.11.8.) 해석에 의하여 100% 감면되는 것으로 신뢰하고 있는 납세자의 감면신고에 대하여 관련 법령의 개정 등 별다른 변경없이 이건 양도소득세를 과세함은 부당하다.

(2) 설령, 2011년이후 변경된 해석(예규)에 의하여 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 감면소득 계산식에서 분모의 취득당시 기준시가를 달리 산정하더라도, 신축주택 취득일부터 5년 경과후 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감 방식으로 산정하여야 하고, 양도소득은 OOO원으로 산정하여야 한다.

(3) 청산금을 납부한 신축주택을 그 취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 감면소득으로 계산하는 경우, 전체 양도소득 × 5년이 되는 날 기준시가 - 취득당시 기준시가 = 처분청 산식에서 양도당시 기준시가 - 종전부동산 취득당시 기준시가 분모는 양도물건 전체의 기준시가 차액, 분자는 감면기간의 기준시가 차액에 의하여 계산되어야 하므로, 계산산식에서 분모의 취득당시 기준시가는 종전부동산 취득당시 기준시가에 청산금 납부분에 해당하는 토지 및 건물의 취득당시 기준시가를 합계한 금액으로 계산하여야 하는 것으로, 양도물건 전체의 기준시가 차액은 양도가액(기준시가) - 취득가액(기준시가)이며, 이 경우 취득가액은 종전부동산 취득가액에 납부한 청산금을 합계한 금액에 상당하는 기준시가를 취득당시 기준시가로 보아야 하는 것인바, 청구인이 납부한 청산금 OOO원(종전부동산 평가액 OOO원)은 신축주택의 증가된 부속토지 11.674㎡(신축주택 부속토지 44.864 - 종전주택 부속토지 33.19) 및 신축건물 건축비(멸실된 건축물 면적은 제외)에 충당된 신축주택 취득가액에 포함되는 가액이며 청산금 납부분에 대한 신축주택 취득당시 기준시가 OOO원과 종전부동산 취득당시 기준시가 OOO원을 합계하면 분모의 취득당시 기준시가는 OOO원이며 감면소득은OOO원으로 하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 신축주택을 양도한 경우, 조특법 제99조의3 제1항 규정에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없는 것이고, 처분청에서 조특법 제99조의3을 적용함에 있어서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세를 감면세액에서 배제한 처분이 소급과세 금지 원칙 및 신의성실 원칙에 반하는 위법한 처분인지 여부에 대하여 보면, 청구인이 관행이었다고 주장하는 근거가 되는 과세관청의 세법 해석사례(서면인터넷방문4팀-2109, 2005.11.8.)에 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확하게 회신하고 있지 않았고, 청구인은 새로운 해석사례를 생산하여 처분청에서 소급 적용하였다고 주장하는 세법해석사례(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)의 경우 재개발․재건축 사업에 따른 신축주택 취득시 감면소득금액을 구하는 방법에 대해 구체적으로 회신하였을 뿐 종전 세법해석사례를 변경하였다고 볼 수 없으며, 과세관청에서 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 한 사실이 없다.

(2) 청구인은 조특법 제99조의3에서 신축주택 취득일로부터 5년 경과된 후 양도하는 경우 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정(대법원 2010두3725, 2012.6.28. 참조)하여 산출세액을 재계산하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】규정에 의하면 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 같은 법 제92조 제2항에 따른 양도소득과세표준에 같은 법 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 같은 법 제103조 제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로, 이에 의거하여 양도소득금액에서 기본공제를 차감한 후 세율을 적용하여 산출세액을 구한 후 조특법에서 규정한 감면률(100%)을 적용하여 감면세액을 차감한 처분청의 처분은 적법하고, 처분청이 산정한 양도소득금액 OOO원은 관련 법령에 따라 산출된 소득금액으로 청구인의 주장은 이유없다.

(3) 청구인은 청산금 납부분을 분모의 기준시가에 포함하여야 한다고 주장하나 감면소득금액 계산에 관하여는 조특법 시행령 제99조의3제1항에서 조특법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 명시되어 있고 처분청에서 이와 같은 방법으로 감면소득금액을 계산하였으므로 처분청의 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점

(1) 신축주택 취득에 따른 양도소득세 감면규정 적용시 재건축주택의 감면대상 양도소득에 종전주택 보유기간에 상당하는 양도차익을 포함하여야 하고, 이 건 과세처분이 신의성실원칙 및 소급과세 금지 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

(2) 신축주택 취득일부터 5년 경과후 양도하는 경우 감면세액의 산출은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

(3) 청산금을 납부한 경우 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제99조의3 제2항 에서 준용하는 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에서 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가에 청산금 납부분에 해당하는 토지 및 건물의 취득당시 기준시가를 합한 금액으로 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) (1) 청구인은 재개발로 종전주택을 멸실하고 취득한 신축주택을 2006.11.21. 양도한 후, 양도소득세 신고시 양도가액은 OOO원, 취득가액은 OOO원, 장기보유특별공제 OOO원을 적용하여, 양도소득금액 OOO원에서 양도소득 기본공제 OOO원을 차감하여, 과세표준 OOO원 및 산출세액 OOO원을 산출하여 산출세액 전액을 감면세액으로 신고하였고, 처분청은 조특법 제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아니라고 보아 쟁점세액을 감면세액에서 차감하여 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였는바, 청구인의 신고내역 및 처분청의 경정내역은 〈표1〉과 같고, 주요 사실관계는 아래와 같다. OOOOOOOO O OOOO (OO: OO) O OOOO OOO OO OOO OOOOO OOOOOO OOOOOOO OOO (가) 청구인은 양도시 기준시가와 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가가 동일하게 하여 감면소득금액을 OOO원으로 산정하여 신고하였다. (나) 처분청은 양도소득세 경정시 감면소득금액을 아래와 같이OOO원으로 산정하였다.

(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 조특법 제99조의3에서 신축주택의 감면대상 소득금액 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세 감면)의 계산규정을 준용하도록 규정하고 있는 바, 신축주택에 대한 양도소득세 감면은 신축후 5년 이내에 양도하는 양도소득에 대하여 감면하는 것으로 해석하는 것이 타당하고, 구주택 취득일로부터 양도소득금액 전액에 대하여 감면하지 않았다 하여 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙을 위배하였다는 청구주장은 받아들일 수 없는 것 (대법원 2007두9884, 2007.10.26., 조심 2010서3102, 2011.8.9., 같은 뜻임)으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은 처분청의 감면대상소득을 기준으로 결정세액을 산출하면, 양도소득금액 OOO원에서 감면소득금액 OOO원과 기본공제 OOO원을 차감한 과세표준 OOO원에 세율 36/100을 적용하여 산출세액 및 결정세액을 OOO원으로 산정하여야 한다는 주장이다. (나) 처분청은 산출세액 OOO원에서 아래와 같이 산출한 감면세액 OOO원을 차감하여, 결정세액을 OOO원으로 산정하여야 한다는 의견이다. (다) 살피건대, 조특법 제99조의3 제1항에서 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다고 규정하고 있어 신축주택 취득일부터 5년 경과후 양도한 이 건의 경우 감면은 소득금액 차감 방식으로 산정하여야 한다(대법원 2010두3725, 2012.6.28. 참고)는 청구인의 주장은 관련 법령에 부합하는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 청구인은 감면되는 분자의 양도소득은 분모의 값 양도물건 전체의 기준시가 차액에 대한 감면기간의 감면비율인바, 납부한 청산금에 대한 신축주택의 취득당시 기준시가는 당연히 분모의 값을 정하는 취득당시의 기준시가에 포함되는 것이 합리적이므로 5년간 발생한 감면대상 양도소득은 OOO원이라는 주장이다. O OOOO OOOO(OO,OOO,OOOO) O OOO O OOOO OOOO(OOO,OOO,OOOO) (나) 처분청은 감면소득금액 계산에 관하여는 조특법 시행령 제99조의3 제1항에서 조특법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 명시되어 있고 처분청은 이와 같은 방법으로 감면소득금액을 계산하였으므로 과세처분은 잘못이 없다는 의견이다. (다) 살피건대, 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액 계산에 관하여는 조특법 시행령 제99조의3 제1항에서 조특법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있고, 처분청이 관련 법령에서 규정한 방법으로 감면소득금액을 OOO원으로 산정한 것으로 나타나는 바, 청산금 납부분 OOO원을 반영한 OOO원을 분모의 기준시가에 합산하여 감면소득금액을 OOO원으로 산정하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.