양도소득금액에서 감면소득을 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함

OOO세무서장이 2012.4.27. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 서울특별시 OOO호의 양도소득 중조세특례제한법제99조 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1992.4.22. 취득한 서울특별시 OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)를 주택재건축사업에 제공하고 재건축한 아파트인 서울특별시 OOO호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.10.20. OOO원에 양도하고 2006.12.15. 양도소득세 신고를 하면서 조세특례제한법제99조에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 양도소득세 감면신청한 소득 중 신축주택 신축 전 양도차익까지 포함하여 감면신청한 것으로 보아 감면대상 소득금액 및 세액을 재계산하여 2012.4.27. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.16. 이의신청을 거쳐 2012.10.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 조세특례제한법제99조 제1항에서 양도소득세 감면대상 신축주택을 취득하여 5년이 지난 후 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 규정하고 있고, 대법원 판례(2010두3725 판결, 2012.6.28. 선고)에서도 “신축주택 취득일부터 5년 경과후 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다”고 판결하였는바, 이 건 역시 감면소득 이외의 양도소득금액에 대한 양도소득세 산출세액은 전체 양도소득금액에서 감면소득을 차감한 후 산출세액을 산정하는 방식으로 양도소득세를 재경정하여야 할 것이다. (2) 청구인은 조세특례제한법제99조 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 적법하게 신고․납부하였으나, 과세관청은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 적용함에 있어 입법취지에 따라 해석을 달리 할 수 있다면, 동 규정을 개정하여 적용하여야 함에도 그러하지 아니하고 있고, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 소급적용하여 양도소득세 감면세액을 추징하는 것은 국세기본법제18조(세법해석의 기준 및 소급과세의 금지)의 규정을 위반한 것이므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(3) 청구인은 조세특례제한법제99조의 제정 이후 지난 10년간 시행되어 오면서 과세관청의 세법해석과 세무행정을 신뢰하고 납세의무자로서 납세의무를 성실히 이행하여 납부불성실가산세 적용대상 기간동안 양도소득세를 과소납부하였다고 할 만한 귀책사유가 있다고 볼 수 없으므로 최소한 납부불성실가산세의 부과는 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 대법원 판례 및 조세특례제한법제99조를 들어 양도소득세 계산시 전체양도소득금액에서 감면소득금액을 차감한 후 산출세액을 계산하여야 한다고 주장하나, 국세청 해석(법규재산 2011-343, 2011.8.18.)에 의하면, 양도소득에 감면소득금액이 있는 때의 감면세액 계산은 소득세법제90조에 따라 계산하는 것으로 되어 있으므로 청구인의 주장은 이유없다. (2) 청구인은 조세특례제한법 시행령제40조의 산식에서 분모와 분자의 취득당시 기준시가를 적용할 때 동일하게 적용해 오다가 2009년 새로운 예규를 적용한 것은 소급과세금지원칙에 위반된다고 주장하나, 청구인이 주장하는 새로운 예규는 종전부동산의 감면소득에 대해 명확히 규정되지 않은 부분에 대한 구체적인 해석일뿐, 법령에 반하는 해석이 아니고, 소급적용하였다 할 수 없다.

(3) 납부불성실가산세는 본세에 부가하여 신고기간까지 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에 부과되는 것으로 신축주택 양도시 양도소득세를 과세납부하여 추가로 양도소득세가 고지된 이상 양도소득세에 부가된 납부불성실가산세는 취소할 수 없다.

• 가. 쟁 점

① 조세특례제한법제99조 적용시 감면소득 이외의 양도소득금액에 대한 양도소득세 산출세액을 전체 양도소득금액에서 감면소득을 차감하는 방식으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

② 처분청의 처분이 국세기본법제18조(세법해석의 기준 및 소급과세의 금지)의 규정을 위반한 처분인지 여부

③ 처분청의 처분이 신의성실의 원칙에 위배하여 청구인에게 부과된 납부불성실가산세를 감면하여야 하는지 여부

• 나. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 종전주택 폐쇄 등기부등본 및 폐쇄 건축물 대장에 의하면, 청구인은 종전주택(39.52㎡)을 1992.4.8. 매매를 원인으로 1992.4.22. 소유권을 취득한 후, 주택법에 의한 주택재건축계획에 따라 1999.8.27. OOO재건축조합으로 동 주택의 소유권을 이전한 사실이 확인된다. (2) 신축주택(84.89㎡)은 1998.11.16. 소유권 보존으로 청구인에게 소유권 이전되었고, 2006.10.20. 거래가액 OOO원에 전OOO에게 다시 소유권 이전된 사실이 신축주택 부동산등기부등본에 나타난다. (3) 청구인은 2006.9.29. 신축주택을 매수인 전OOO에게 OOO원에 양도하는 계약을 체결한 사실이 청구인이 제출한 신축주택 부동산매매계약서에 나타난다.

(4) 청구인이 제출한 양도소득세 신고서에 의하면, 청구인은 신축주택의 양도에 대해 양도가액을 OOO원으로 하고, 취득가액을 기준시가에 의해 환산한 OOO원, 기타필요경비 OOO원, 장기보유특별공제 OOO원으로 하여 양도소득금액을 OOO원으로 산정한 후, 산출세액을 OOO원, 감면소득금액을 OOO원, 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세 신고한 사실이 나타난다.

(5) 청구인이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 신축주택에 대한 청산금으로 OOO원을 납부하였다.

(6) 처분청이 제출한 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서에 의하면, 처분청은 위 청구인의 양도소득세 신고내역에 대해 감면대상 양도소득금액을 OOO원, 양도소득세 감면세액을 OOO원으로 산정하였는바 그 계산내역은 다음과 같다. OOOO OOOOOO OOO,OOO,OOOO O

(7) 청구인은 이 건 심판청구에서 신축주택에 대한 양도소득세의 감면세액을 다음과 같이 계산하여야 한다고 주장하였다.

(8) 조세특례제한법제99조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제99조제3항 제2호는 주택건설사업자를 제외한 거주자가 자기가 주택을 건설하거나 주택건설사업자로부터 최초로 매매계약을 체결하여 주택(주택조합을 통하여 취득하는 주택 포함)을 취득하는 경우, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다는 취지로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조 제1항은 “당해 신축주택의 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다고 규정하였으며, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 감면대상 양도소득금액을 산정하도록 규정하고 있다. 양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시 가)

(9) 쟁점①에 대하여 본다. 조세특례제한법제99조 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우, 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득시점부터 쟁점주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이며, 이러한 명문의 규정내용상 위 조세특례제한법제99조의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 상 분자의 취득당시 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모의 취득당시 기준시가는 종전 연립주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보아야 할 것이므로 처분청이 그와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이다(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻임). 다만, 조세특례제한법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조세특례제한법제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조세특례제한법제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조세특례제한법제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻임). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액(OOO원)을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(10) 쟁점②와 쟁점③에 대하여 본다. 청구인은 이 건 부과처분이 국세청 예규를 소급적용하였으므로 국세기본법제18조(세법해석의 기준 및 소급과세의 금지)의 규정을 위반한 처분이라고 주장하나, 국세기본법제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새 로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있는바, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려워 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고는 볼 수 없다 하겠다(조심 2012서121, 2012.2.23. 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.