종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997년 OOO동 10-139 소재 무허가주택(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던중 재개발로 인해 2004.3.20. 같은 동 276 OOO아파트 3-1*(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 2006.7.20. 양도한뒤, 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)의 규정을 적용하여 양도소득세 과세표준을 신고하였다.
• 나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.4.18. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.27. 이의신청을 거쳐 2012.10.18. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 국세청의 2009년 예규가 나오기 전에는 세무전문가의 양도소득세 실무서나 세무서에서도 조특법 제99조의3 등을 적용함에 있어, 신축주택 취득 전 양도소득금액도 감면규정을 적용하는 것으로 해석하고 있었으며, 국세청 인터넷 상담사례(2006.1.5.)에서도 과세특례대상 소득금액을 전체 양도금액으로 해석하였고, 2005년 이전에 신고납부한 납세자들은 신축주택 취득전 양도소득금액에 대하여 100% 감면적용을 받는 등 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 경우로서 소급과세 금지의 원칙 등에 위배된다.
• 나. 처분청 의견 OOO행정법원의 판결문OOO에 의하면, “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되는 것이고, 조세심판원의 결정문(조심2010서2935, 2011.6.30.)에 의하면, 과세관청의 세법해석사례(서면인터넷방문4팀-2109, 2005.11.8.)에 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확하게 회신하고 있지 않았으며, 소급적용 근거로 제시하는 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)의 경우 재개발․재건축 사업에 따른 신축주택 취득시 감면소득금액을 구하는 방법에 대해 구체적으로 회신하였을 뿐 종전 세법해석사례를 변경하였다고 볼 수 없는 점 등으로 보아 처분청의 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 제시된 심리자료를 보면, 청구인은 1997년 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 2004.3.20. 신축주택(아파트)을 취득하여 2006.7.20. 양도한뒤, 양도가액을 OOO백만원, 취득가액을 OOO백만원, 양도소득 및 감면소득을 OOO백만원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(2) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는조특법제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.

(3) 조특법 제99조의3의 입법취지 및 법률규정 등을 살펴보건대, 조특법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축 등에 의해 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 점(조심 2012서2387, 2012.12.3. 참조), 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득 계산산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것(조심 2011서1349, 2011.6.30. 외 다수)인 점 등에 비추어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다 할 것이다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.