종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1982.10.14. 취득한 서울특별시 OOO 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 헐고 다세대주택 7세대를 신축(2002.9.10. 사용승인, 이하 “신축주택”이라 한다)하여 2006.12.27. 이를 대한주택공사에 임대주택용으로 양도하고 양도소득세 산출세액 OOO원에 대하여조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 2009년 귀속 양도소득 전액을 감면신고 하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조의3 규정을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도 소득이 아니라고 보아 당초 감면소득금액에서 차감하여 2012.5.14. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.17. 이의신청을 거쳐 2012.10.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3 제1항은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있음에도 처분청이 당초 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식을 적용하면서 분모와 분자에 동일하게 규정된 취득당시의 기준시가를 다르게 해석할 법적인 근거없이 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하고, 분자의 취득당시 기준시가는 신축 주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 과세한 처분은 과세요건 법정주의 및 신의성실의 원칙, 소급과세금지원칙에 반하는 부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3은 입법 당시 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있고, 신축주택 취득으로 인한 5년 동안의 양도소득세를 감면하여 주택건설시장의 활성화에 목적이 있으므로 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대하여는 100% 감면혜택을 주고, 신축주택 취득일부터 5년 이후 발행하는 양도소득금액에 대하여는 감면을 배제하는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면소득 계산시 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 규정된 양도소득금액 산식에 대하여, 청구인은 분모 및 분자의 취득당시 기준시가 모두 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를, 분자는 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여야 한다는 의견으로 이에 따라 청구인이 신고한 양도소득세 내역 및 처분청의 경정내역은 아래 <표>와 같다.

(2) 청구인은 처분청이 당초 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식 중 분모와 분자의 ‘취득당시의 기준시가’에 대한 해석을 동일하게 적용하여 오다가 이를 달리 해석하여 과세하는 것은 과세요건 명확주의를 위배하는 것이며, 신축주택 감면과 관련한 2005.11.8. 국세청 예규(서면4팀-2109)에서 취득당시 또는 취득일이란 신축주택의 사용검사교부일 등으로 규정하며 분모 또는 분자를 구분하지 아니한 것은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이후 5년내 양도소득금액에 대하여는 100% 감면한다는 취지로조세특례제한법제99조의3의 취지와 동일함에도, 동일한 사안에 대한 2011.2.10.자 예규(부동산거래관리과-127)에서는 종전 예규와는 정반대의 해석을 하면서 청구인의 신축주택 전체 양도소득금액 중 종전주택의 토지분에 대한 양도소득 중 종전주택의 토지 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 토지 양도소득에 대하여는 감면을 배제하여 과세한 처분은 부당한 것으로 2011.2.10.에 생산된 예규 이전의 거래분은 종전 예규에 따라 감면을 인정하여야 한다고 주장한다.

(3) 이에 대하여 처분청은조세특례제한법제99조의3의 규정은 신축주택 취득자에 대하여 신축주택 취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득금액에 대한 감면규정이므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것이고 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득을 계산함에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이며, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택 또는 종전 나대지의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이므로 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이 차지하는 비율만큼 감면양도소득금액을 계산하여 과세하는 것이며, 조세심판결정례(조심 2010서2935, 2011.6.30.외 다수)도 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다’고 판단하고 있으므로 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

(4) 살피건대, 청구인은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상이라고 주장하고 있으나, 조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택 또는 종전 나대지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 재건축에 따라 취득한 신축주택에 대한 양도소득세 감면은 신축후 5년 이내에 양도하는 양도소득에 대하여 감면하는 것으로 해석하는 것이 타당하므로 종전주택 취득일로부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전액을 감면하지 않았다 하여 과세요건 법정주의 원칙 및 신의성실의 원칙을 위배하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.