종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1987.12.2. OOO동 147-17 연립주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던중 재건축으로 인해 OOO아파트 110-802호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2002.12.13. 취득하여 보유하다가 2006.9.7. OOO백만원에 양도하고 양도소득세 예정신고시 조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.5.8. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.10.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3은 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간중 취득한 신축주택의 경우 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 전액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우에는 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 것으로 규정하고 있는바, 청구인은 2002.12.13.자로 취득하여 2006.9.7. 양도함으로써 5년이내에 발생한 소득이므로 100분의 100이 감면소득으로 판단되고, 처분청은 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당되지 않는 것으로 계산하였는바, 이는 법률적 근거없이 확대해석한 것으로서 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에 한하여 적용되는 규정을 청구인의 경우와 같이 5년 이내에 양도한 경우에는 적용되지 아니하는 것이며, 재정경제부 발간 2001년 개정세법해설 책자에 의하면, 청구인의 경우와 같이 2002.12.13.자로 최초 조합원의 자격으로 취득하여 5년이내인 2006.9.7.자로 양도하여 100%감면소득에 해당하는 경우에도 신고후 5년이 지난 2011.2.10.자 예규(부동산관리과-127)에 의해 유독 서울소재 세무서관할 납세자 중 감면세액 3천만원 이상자만 추려내어 과세하는 것은 공평과세원칙에 위배되고, 신의성실의 원칙에도 위배되는 등 처분청의 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고(부동산거래관리과-127, 조심 2011서4975, 2012.4.9., 서울행정법원2011구단27363, 2012.3.9. 등 같은 뜻임), 동 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로서 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하든, 5년이 경과하여 양도하든지 간에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해주겠다는 취지로 보이므로(2011.2.10., 심사양도2011-0307, 2012.3.30. 같은 뜻임) 청구인의 주장을 받아들일 수 없으며, 종전 국세청 예규 등이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 않고, 또한 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 어떠한 공적인 견해 등을 표명한 것도 없으므로(조심 2012서0121, 2012.2.23, 조심2010서2935, 2011.6.30. 같은 뜻임) 신의성실의 원칙을 위배한 것이 없으므로 처분청의 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택

2. 자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 제시된 심리자료에 의하면, 청구인은 2006.9.7. 신축주택을 양도하고 2007.5.31. 아래와 같이 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다. (OO: OO)

(2) 살피건대, 청구인은 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에 한하여 적용되는 규정을 청구인의 경우와 같이 5년 이내에 양도한 경우에는 적용하는 것은 공평과세원칙 및 신의성실의 원칙에 위배되는 부당한 처분이라는 주장이나, 조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축 등에 의해 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 점(조심 2012서2387, 2012.12.3. 참조) 등에 비추어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.