법원 판결에 따라 대손세액 공제시기를 조정하여 대손세액공제받은 금액을 매입세액에서 불공제함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인 OOO건업 주식회사와 주식회사 OOO이앤씨(이하 각각 “OOO건업”, “OOO이앤씨”라 하고, 이들을 합하여 “청구법인들”이라 한다)는 2004년부터 2005년까지 OOO동 134-2 외 11필지에 근린생활시설(이하 “근린생활시설”이라 한다)을 신축하여 분양한 사업시행자로서, 근린생활시설의 시공사인 주식회사 OOO종합건설(이하 “OOO종합건설”이라 한다)로부터 각각 공급가액 OOO원, OOO원의 세금계산서를 수취하고, 각각 OOO원, OOO원을 매입세액으로 공제하였으나, OOO건업은 2005.2.21.자 세금계산서상 공급대가 OOO원 중 OOO원과 2005.3.29.자 세금계산서상 공급대가 OOO원의 합계 OOO원을 미지급하였고, OOO이앤씨는 2005.2.21.자 세금계산서상 공급대가 OOO원 중 OOO원과 2005.3.29.자 세금계산서상 공급대가 OOO원의 합계 OOO원을 미지급하였으며(공사비의 최종지급일은 2007.6.7.임), OOO종합건설은 이에 대해 대손세액공제를 신고하였다.
• 나. OOO세무서장은 OOO종합건설이 신고한 위 미수금에 대한 2008년 제1기 부가가치세 대손세액공제(사유는 소멸시효완성임) 내용을 2009.9.2. 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 해당 매입세액을 불공제하여 2009.10.13. OOO건업 및 OOO이앤씨에게 각각 2008년 제1기 부가가치세 OOO원, OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인들은 이에 불복하여 2010.1.14. 심판청구를 제기하였고, 심판청구 결과, 우리 원은 처분청이 2009.10.13. 청구법인들에게 한 2008년 제1기 부가가치세 부과처분은 2005.2.21.자 세금계산서에 대한 대손확정일을 2010.6.7.로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각(2005.3.29.자 세금계산서와 관련된 대손세액공제시기는 2008년 제1기로 판단함)하는 내용의 결정(조심 2010서305․306, 2010.9.29.)을 하였으며, 처분청은 위 결정에 따라 2010년 12월 청구법인들에게 2008년 제1기 부가가치세를 OOO건업의 경우 OOO원(이하 “감액경정처분①”이라 한다)으로, OOO이앤씨의 경우 OOO원(이하 “감액경정처분②”라 하고, 감액경정처분① 및 ②를 합하여 이하 “감액경정처분”이라 한다)으로 각각 감액하여 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인들은 이에 불복하여 행정소송을 제기하였고, OOO고등법원(2012.1.6. 선고 OOO 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)은 처분청이 2005.3.29.자 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)와 관련하여 청구법인들에게 한 2008년 제1기 부가가치세 부과처분(감액경정처분)의 원인이 된 OOO종합건설의 대손세액공제시기는 2008년 제1기가 아닌 2008년 제2기라는 이유로 처분청이 2010년 12월 청구법인들에게 한 감액경정처분을 취소하는 판결을 하였다.
• 마. 이에 따라 처분청은 OOO종합건설이 청구법인들에게 2005.3.29. 발급한 세금계산서(쟁점세금계산서)에 대한 대손세액공제시기를 2008년 제2기로 보아 2008년 제1기 부가가치세 부과처분을 취소하고, 2012.6.11. OOO건업 및 OOO이앤씨에게 각각 2008년 제2기 부가가치세 OOO원 및 OOO원을 경정․고지하였다.
• 바. 청구법인들은 이에 불복하여 2012.7.9. 이의신청을 거쳐 2012.10.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 OOO행정법원OOO과 OOO고등법원OOO은 공급자(OOO종합건설)가 대손세액공제시기를 2008년 제2기로 하였어야 하나, 대손확정일 전인 2008년 제1기에 대손세액공제를 받아 위법하다고 판결하였고, 대법원(1989.5.9. 선고 88다카16096 판결)은 과세처분을 취소하는 판결이 확정되면, 그 과세처분은 처분시에 소급하여 소멸하는 것이므로 취소하는 판결이 확정된 뒤에는 그 과세처분을 경정하는 처분을 할 수 없다고 판결하고 있는바, 처분청이 청구법인들에게 이 건 과세처분을 한 것은 타당하지 않다. 대손세액공제는 공급자가부가가치세법제19조에 따른 신고와 함께 대손금액이 발생한 사실을 증명하는 서류를 제출하는 경우에만 적용되므로, 공급자의 과세기간에 대한 수정신고 등이 반드시 있어야 한다. 또한, OOO종합건설이 2009.3.18. 기한후신고한 사실을 신뢰할 수 없는바, 2008년 제1기 및 제2기 대손세액 관련 서류를 직접 확인할 필요가 있다.
• 나. 처분청 의견 이 건 부과처분은 쟁점판결에 따라 대손세액공제시기를 조정하여 2008년 제1기 부가가치세 부과처분(감액경정처분)을 취소하고 2008년 제2기 부가가치세를 과세한 것으로 이는 동일한 사안에 대하여 연결된 처분으로서 당초 잘못된 부과처분의 내용을 바로잡는 것이므로 정당하다.

• 가. 쟁점 공급자의 대손세액공제시기가 2008년 제2기라는 확정판결에 따라 공급받은 자인 청구법인들의 해당 부가가치세 매입세액을 불공제하여 과세한 당초 2008년 제1기 부가가치세 부과처분을 취소하고, 2008년 제2기 부가가치세로 경정․고지한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조의2(대손세액공제) ① 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급을 받는 자의 파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 당해 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금 기타 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액(이하 "대손세액"이라 한다)을 그 대손의 확정이 된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 차감할 수 있다. 다만, 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 가산한다. 대손세액 = 대손금액 × 110분의 10

② 제1항의 규정은 사업자가 제19조의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 대손금액이 발생한 사실을 증명하는 서류를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 재화 또는 용역의 공급을 받은 사업자가 대손세액의 전부 또는 일부를 제17조의 규정에 의하여 매입세액으로 공제받은 경우로서 공급자의 대손이 당해공급을 받은 사업자의 폐업전에 확정되는 때에는 관련 대손세액 상당액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매입세액에서 차감한다. 다만, 당해사업자가 이를 차감하지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 공급을 받은 자의 관할세무서장이 경정하여야 한다.

⑤ 제3항의 규정에 의하여 매입세액을 차감(관할세무서장이 경정한 경우를 포함한다)한 당해사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 변제한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 변제한 대손금액에 관련된 대손세액을 변제한 날이 속하는 과세기간의 매입세액에 가산한다.

⑥ 제1항부터 제3항까지 외에 대손세액공제의 범위 및 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제63조의2(대손세액공제의 범위) ① 법 제17조의2 제1항에서 "파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유"라 함은 소득세법 시행령제55조 제2항 및 법인세법 시행령제62조 제1항의 규정에 따라 대손금으로 인정되는 사유를 말한다.

② 법 제17조의2의 규정에 의한 대손세액공제의 범위는 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 그 공급일부터 5년이 경과된 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 제1항 각호의 사유로 인하여 확정되는 대손세액으로 한다.

③ 법 제17조의2 제1항 본문의 규정에 의하여 공급자가 대손세액을 매출세액에서 차감한 경우 공급자의 관할세무서장은 대손세액공제사실을 공급받는 자의 관할세무서장에게 통지하여야 하며, 법 제17조의2 제3항 본문의 규정에 의하여 공급받은 자가 관련대손세액상당액을 매입세액에서 차감하여 신고하지 아니한 경우 동항 단서의 규정에 의하여 경정하여야 한다.

④ 법 제17조의2 제1항의 규정에 의하여 대손세액공제를 받고자 하거나 법 제17조의2 제5항의 규정에 의하여 대손세액을 매입세액에 가산하고자 하는 사업자는 제65조 제1항 제1호의 규정에 의한 부가가치세확정신고서에 기획재정부령이 정하는 대손세액공제(변제)신고서와 대손사실 또는 변제사실을 증명하는 서류를 첨부하여 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인들이 최초 부과처분에 대해 제기한 행정소송에 대한 OOO행정법원 판결문OOO의 주요내용은 다음 <표1>과 같으며, 처분청은 이에 대해 항소하였으나, OOO고등법원OOO은 제1심 판결과 같은 이유로 처분청의 항소를 기각한 것으로 나타난다. OOOOOOOOOO OOOOOO OOO(OOOOOOOOOOO)O OOOO (2) 이 건 심판청구의 전심절차인 이의신청에 대한 결정서(2012.7.26.) 에서 확인된 주요내용은 다음과 같다. (가) 국세통합전산망에 따르면, 청구법인들은 OOO종합건설과 근린생활시설 신축공사 도급계약을 체결하고, 세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액을 공제하였으나, 다음 <표2>의 쟁점세금계산서상 공사대금을 OOO종합건설에게 미지급함에 따라 OOO종합건설은 공사대금채권 소멸시효 완성을 이유로 2008년 제1기에 대손세액공제받은 것으로 나타난다. OOOOOOOOOO OOOOOOO OO (OO: O) (나) OOO종합건설은 청구법인들에게 발급한 세금계산서에 대한 대손세액공제신고서를 2009.3.18. OOO세무서장에게 2008년 제2기 부가가치세 기한후신고를 하면서 제출하였다.

(3) 살피건대, 청구법인들은 과세처분을 취소하는 판결이 확정되면, 그 과세처분은 처분시에 소급하여 소멸하는 것이므로 취소하는 판결이 확정된 뒤에는 그 과세처분을 경정하는 처분을 할 수 없다는 등의 이유로 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하고 있으나, 쟁점판결OOO은 쟁점세금계산서 관련 대손세액공제시기가 2008년 제1기가 아닌 2008년 제2기이므로, 이에 기초한 당초 처분이 취소되어야 한다는 취지이며, 이러한 판결의 취지에 따라 처분청이 쟁점세금계산서와 관련된 OOO종합건설의 대손세액공제시기를 조정하여 청구법인들에게 한 2008년 제1기 부가가치세 부과처분(감액경정처분)을 취소하고, 2008년 제2기 부가가치세를 과세함으로써 이 건 부과처분이 이루어진 것인바, 이는 동일사안에 대한 연결된 처분으로서 당초 잘못된 부과처분의 내용을 바로 잡은 것에 불과하다 할 것(조심 2008중3849, 2009.3.20. 참조)이고, OOO종합건설이 대손세액공제받은 쟁점세금계산서상 금액에 대해서는 청구법인들의 매입세액을 불공제함이 타당하다 할 것이므로, 청구법인들에게 이 건 2008년 제2기 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.