주택면적이 주택 외 면적보다 커서 전체를 주택으로 인정하는 기간만 주택보유기간으로 보는 것이 타당함

OOO세무서장이 2012.7.5. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인의 주택보유기간을 7년 4개월로 보아 장기보유특별공제율 100분의 56을 적용하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 2009.9.21. 주식회사 OOO건설에게 서울특별시 OOO 대지 589㎡(이하 “쟁점부속토지”라 한다) 및 그 지상 철근콘크리트벽돌조 및 경량철골조 평스라브 3층 제2종 근린생활시설 및 단독주택(1층 189.94㎡, 2층 186.15㎡, 3층 130.98㎡, 총 507.07㎡로 이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점건물과 쟁점부속토지를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다), 같은 동 134-6 전 969㎡(이하 “양도토지”라 한다)를 양도(쟁점부동산은 OOO원, 양도토지는 OOO원)하고, 쟁점부동산은 주택으로 인정되는 기간이 7년 4개월로서 1세대 1주택에 적용하는 장기보유특별공제율 56%를 적용하고, 양도토지는 양도 당시 농지로서 사업용토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 2009.11.30. 처분청에 양도소득세 OOO원을 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점건물 2층이 주택이 아닌 근린생활시설로서 쟁점부동산을 주택으로 인정되는 기간은 3년 5개월이고 그 보유기간의 1세대 1주택에 적용하는 장기보유특별공제율 24%와 1세대 1주택 외의 자산으로서 보유기간 10년 이상에 적용하는 장기보유특별공제율 30% 중 큰 공제율인 30%를 쟁점부동산에 적용하고, 양도토지 중 830.79㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 양도 당시 농지에 해당하지 아니하여 비사업용토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 배제하여 2012.7.5. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 양도일 현재 겸용주택, 1세대 1주택, 고가주택에 해당하는 쟁점부동산의 장기보유특별공제율은 주택 외 사용기간도 주택 사용기간으로 보아 기존건물(증축부분 제외) 및 쟁점부속토지에 대해서는 전체 보유기간 12년 9월, 증축건물에 대해서는 보유기간 9년 5월에 해당하는 소득세법 제95조 제2항 표2의 공제율인 80%와 72%를 각각 적용하여야 한다. 양도일 현재 1세대 1주택으로서 당초 상가면적이 주택면적보다 큰 겸용주택에서 일부 용도변경으로 인해 주택면적이 상가면적보다 큰 겸용주택이 된 경우 건물전체가 주택으로 의제된다는 점, 청구인이 쟁점부동산을 10년 이상 보유한 사실과 1세대 1주택 비과세 판정시 주택부분이 다른 용도의 면적(사업용으로 사용하다가 주택으로 변경한 면적)보다 더 큼에 따라 주택이외의 건물부분도 주택으로 의제되어 쟁점부동산이 1세대 1주택 겸용주택임에 다툼이 없는 점, 소득세법 제95조 제2항 단서에 따르면 해당 겸용주택이 소득세법 시행령 제159조의2 에 따른 1세대 1주택인 경우(주택 이외의 면적이 주택으로 보는 경우 포함)에는 비과세요건을 갖춘 고가주택 뿐만아니라 거주요건 등 1세대 1주택 비과세요건을 갖추지 않은 경우에도 양도소득 계산 시 적용할 장기보유특별공제율은 표2에서 정한 율을 적용하는 것으로 규정하고 있는 반면 겸용주택 중 주택으로 의제하는 주택 이외의 건물부분(부수토지 포함)에 대하여 일반건축물의 보유기간에 따른 표1에서 정한 공제율과 주택의 보유기간에 따른 표2에서 정한 공제율 중 큰 공제율을 적용하도록 달리 규정하고 있지 않은 점, 과세관청도 해당 겸용주택이 1세대 1주택인 경우 비과세요건을 갖춘 고가주택 뿐만 아니라 거주요건 등 1세대 1주택 비과세요건을 갖추지 않은 경우에도 양도소득 계산시 적용할 장기보유특별공제율은 표2에서 정한 율을 적용하는 것으로 행정해석(부동산거래-1309 2010.11.2., 재산-544 2009.2.17., 재산-1573 2009.7.29.)하고 있는 점, 증축한 주택면적은 증축일로부터 양도일까지, 그리고 증축으로 부수토지의 증가가 없다면 종전주택면적과 전체 부수토지는 당초 취득일로부터 양도일까지의 공제율을 적용하는 것으로 해석(서사-386, 2008.2.18.)하고 있는 점 등으로 볼 때 쟁점부동산의 주택 외 사용기간도 주택 사용기간으로 보아 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다.

(2) 청구인의 사위 박OOO은 2005년경 실직상태에서 청구인의 작은 아들이 운영하던 쟁점건물 1층의 음식점을 운영하고 싶어 하였고, 이에 청구인은 OOO에서 장기실직자 창업점포지원업무를 담당했던 큰 아들의 소개를 통하여 사위로 하여금 장기실직자 창업점포지원 사업을 신청하여 가게보증금을 해결하게 하였다. 이에 청구인의 사위 내외는 당시 자신들의 주택이 층간 소음문제로 골치를 앓던 상황에서 생활비 부담도 줄일 겸 청구인 소유의 쟁점건물로 이사를 하였고 2005.9.15.부터 쟁점건물 3층에 거주하게 되었다. 청구인은 사위 내외의 합류로 2005.9.15.부터 양도시까지 쟁점건물 2층에서 거주하였다. 따라서 쟁점건물 2층은 2005.9.10.부터 2009.8.23.까지(이하 “쟁점기간” 이라 한다) 공부상 근린생활시설이지만 사실상 주택으로 사용한 것으로 보아 주택으로 인정하여야 한다.

(3) 처분청은 쟁점건물 2층을 주택으로 보는 기간을 1996.12.11.부터 2000.4.22.까지, 그리고 2009.8.24.부터 2009.9.21.까지 총 3년 5개월로 보았으나, 청구인은 쟁점기간 동안 쟁점건물 2층을 주택으로 사용하였으므로 쟁점기간을 더하여 7년 4개월을 주택으로 보아야 한다. 실지 주택 사용기간에 해당하는 공제율을 적용한다고 하더라도 1층 및 2층의 기존건물에 대해서는 보유기간 12년 9개월, 증축건물에 대해서는 9년 5월, 부수토지에 대해서는 12년 9개월에 해당하는 표1의 공제율(최고 30%)과 기존건물에 대해서는 주택이 상가보다 큰 기간인 7년 4개월(56%), 증축건물에 대해서는 4년(32%), 부수토지에 대해서는 7년 4개월(56%)에 해당하는 표2의 공제율 중 큰 공제율을 적용하고, 3층 기존주택에 대해서는 12년 9개월, 증축부분에 대해서는 9년 5개월, 부수토지에 대해서는 12년 9개월에 해당하는 표2의 공제율을 적용하여야 한다.

(4) 청구인은 쟁점토지를 과수원으로 이용하다 양도하였으므로 사업용토지의 양도에 해당하여 장기보유특별공제율 30%를 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점부동산은 양도일 현재 1세대 1주택으로서 당초 상가면적이 주택면적보다 큰 겸용주택에서 일부 용도변경으로 인해 주택면적이 상가면적보다 큰 겸용주택이 된 경우에 해당하므로 쟁점부동산 전체를 하나의 주택으로 보아 고가주택 해당여부를 판단하였다. 장기보유특별공제율도 소득세법 제95조 제2항 의 건물 보유기간(10년 이상)에 따른 표1(30%)과 주택의 보유기간(3년 5개월)에 따른 표2(24%)의 공제율 중 큰 공제율을 적용하여 계산하였고, 토지의 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액도 토지의 보유기간에 따른 표1과 주택의 보유기간에 따른 표2의 공제율 중 큰 공제율을 적용하여 계산한 것이므로 각 층별로 장기보유특별공제율을 달리 계산하여야 한다는 청구인의 주장은 근거가 없다.

(2) 또한 청구인은 쟁점기간 동안 쟁점건물 2층을 사실상 주택으로 사용하였다는 주장이나, 공부상 근린생활시설로 등재되어 있고, 근로복지공단에 임대하였으며 근로복지공단에서는 점포운영을 목적으로 다시 박OOO에게 재임대한 것으로 나타나므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

(3) 쟁점토지의 항공촬영사진에 의하면 일부는 식당용주차장으로 사용되었음이 확인되고 나머지 부분도 나무가 있어 주위의 임야와 뚜렷하게 구별되지 않아 지목인 전의 용도에 맞게 농지로 사용된 것으로 판단되지 않으며, 관할 지방자치단체에서 발급한 토지의 과세유형내역서를 보면 1999년에서 2002년 까지는 토지형태가 농지로 확인되나 2003년에서 2009년까지는 기준면적초과토지 내지 종합합산되는 기타토지로 확인되어 토지의 용도를 농지로 볼만한 근거가 없으므로 지방세 종합합산토지 과세내역에 따라 비사업용토지로 과세함이 타당하다.

• 가. 쟁 점

① 청구인이 쟁점기간 동안 쟁점건물 2층을 주택으로 사용하였는지 여부

② 쟁점부동산에 대한 장기보유특별공제율 적용이 타당한지 여부

③ 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제율 적용이 타당한지 여부

• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표 1 표 2 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년이상 4년 미만 100분의 10 3년이상 4년 미만 100분의 24 4년이상 5년 미만 100분의 12 4년이상 5년 미만 100분의 32 5년이상 6년 미만 100분의 15 5년이상 6년 미만 100분의 40 6년이상 7년 미만 100분의 18 6년이상 7년 미만 100분의 48 7년이상 8년 미만 100분의 21 7년이상 8년 미만 100분의 56 8년이상 9년 미만 100분의 24 8년이상 9년 미만 100분의 64 9년이상 10년 미만 100분의 27 9년이상 10년 미만 100분의 72 10년이상 100분의 30 10년이상 100분의 80

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다 1~7. (생략)

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항에 따른 양도차익 ×

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 ×

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 제168조의7 【토지지목의 판정】 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다 제168조의8【농지의 범위 등】 ① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 농지법 제2조 제5호 의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 쟁점건물 건축물대장 등 심리자료에 의하면, 청구인은 1975.4.4. 쟁점건물 부속토지를 취득하였고, 1996.12.11. 그 지상에 1층 근린생활시설 178.32㎡, 2층 주택 174.00㎡, 3층 주택 22.50㎡, 연면적 합계 374.82㎡의 건물을 신축하였으며, 2000.4.27. 1층 11.62㎡, 2층 12.15㎡, 3층 108.48㎡를 증축하고 2층 주택 186.15㎡(증축 후 면적)를 제2종 근린생활시설로 용도변경하였다가 2009.8.25. 다시 2층을 주택으로 용도변경하였다. (나) 청구인이 제출한 쟁점건물 건축물현황도에 의하면, 쟁점건물 2층은 침실 5개와 거실, 주방이 있으며, 3층은 침실 3개와 거실, 주방 및 서재가 있는 것으로 나타난다. (다) 청구인의 사위 박OOO은 2006.1.5. OOO 서울관악지사장에게 장기실업자 자영업 창업지원신청을 하여 2006.2.9. 창업지원금 OOO원을 지원받았고, OOO이 박OOO에게 창업지원금을 지원하면서 청구인, OOO, 박OOO 간에는 전세계약, 임대차계약 및 점포운영계약서가 체결되었는바, 청구인은 OOO에 쟁점건물 1층 189.94㎡ 및 2층 186.15㎡과 그 부속토지(134-2번지), 134-1 및 134-6번지 토지전부를 전세금 OOO원에 전세주고, OOO은 이를 자영업창업지원대상자로 선정된 박OOO에게 점포로 대여하였으며, 전세금(점포지원금)은 OOO이 청구인에게 직접 지급하고, 임대차계약에 의한 임대차보증금(OOO원)과 월세(월 OOO원) 등은 박OOO이 청구인에게 직접 지급하는 내용으로 계약을 체결하였으며, 청구인은 OOO에게 쟁점건물 1층과 2층을 포함한 전세계약목적물 전부에 대하여 박OOO과의 임대차기간(당초 2006.2.10.~2007.2.9., 연장 2007.2.10.~ 2008.2.9.) 동안을 존속기간으로 하여 전세권을 설정해 주었고, 2008.2.18. 전세금 OOO원이 인상되어 전세계약 및 임대차기간이 2008.2.10.~2010.2.9.까지 다시 연장된 사실이 전세계약서, 임대차계약서, 점포운영계약서, 등기부등본 등에 나타난다. (라) 처분청이 국세전산망을 통하여 확인한 쟁점건물 소재지에서의 사업내역은 아래와 같다. (마) 처분청은 인터넷에서 OOO” 또는 OOO”으로 검색한 결과 아래와 같이 2개의 게시물을 확인하였다. (바) 청구인의 주민등록초본에 의하면, 청구인은 한OOO(母), 장OOO(妻), 김OOO(子), 김OOO(子) 등 가족과 함께 쟁점건물 소재지에 1996.12.27. 전입하였고, 이후 김OOO․김OOO은 1～2회 다른 곳으로 전출․입을 하다가 김OOO은 2005.11.3., 김OOO은 2006.4.13. 쟁점건물 소재지로 다시 전입한 후 청구인 가족이 2009.9.15. 경기도 OOO로 전출한 사실이 나타난다. (사) 청구인은 2006.1.14. 박OOO에게 쟁점건물 3층 주택을 전세보증금 OOO원에 임대하였고, 2008.2.12. 전세보증금 OOO원을 인상하여 재계약한 사실이 부동산임대차계약서에 의해 나타나며, 박OOO은 김OOO(妻), 박OOO(子) 등 가족과 함께 2006.2.17. 쟁점건물 소재지로 전입하였다가 2009.8.28. 경기도 OOO로 전출한 사실이 주민등록초본에 의하여 확인되고, 박OOO은 2005년 10월경 경기도 OOO호를 타인에게 임대한 사실이 임대차계약서에 나타난다. (아) 청구인이 처분청에 제출한 쟁점건물 2층 계단, 현관문, 거실 겸 부엌, 방 등 22매의 사진은 촬영일이 2009.8.29.로 사진에 표시되어 있으며, 동영상 파일 촬영일은 2009.8.29.로 나타나는바, 동영상 파일을 보면 청구인의 노모로 보이는 분이 방에서 생활하고 있고, 인테리어 등으로 보아 촬영일 현재 쟁점건물 2층이 주택으로 사용되고 있는 것으로 나타나며, 촬영일 현재 주택으로 사용되고 있다는 사실은 처분청도 인정하고 있는 것으로 나타난다. (자) 청구인이 제출한 홈쇼핑 주문내역 및 배송현황에 의하면, 박OOO의 배우자 김OOO이 2006.2.21.(배송예정일) 쟁점건물 3층을 배송지로 하여 물건을 주문한 내역이 나타나고, 청구인 배우자의 친구 2명(이OOO, 박OOO), 청구인 아들의 친구 2명(조OOO, 김OOO)이 작성한 총 4매의 확인서에 의하면, 청구인 가족이 쟁점건물 3층에 거주하다 2005년경 쟁점건물 2층으로 이사하여 2층에서 거주하였고, 박OOO은 3층에 거주하였으며, 쟁점토지는 과수원이었다는 내용이다. (차) 청구인은 2012.5.21. 인테리어 업체 OOO(113-21-57***)으로 부터 쟁점건물 3층 평면도에 동영상파일의 가구 등과 박OOO 가족이 생활하는데 최소한의 가구 등을 배치할 경우 2가구 8인의 생활공간이 만들어지지 아니한다는 내용의 감정서를 받아 제출하였다. (카) 살피건대, 쟁점기간 동안 쟁점건물 2층은 공부상 근린생활시설로 등재되어 있으나, 박OOO이 2005년 10월경 경기도 부천의 주택을 타인에게 임대한 후 쟁점건물 이외의 장소에서 거주한 사실은 제시된 바 없고, 2006.4.11.부터 2009.2.1.까지 쟁점건물에서 음식점업을 영위는 것으로 보아 박OOO 가족 3명이 쟁점기간 동안 쟁점건물에서 거주한 것으로 보이는 점, OOO과 체결한 전세계약의 계약목적물로 쟁점건물 2층이 포함된 사실이 있으나 전세계약에는 영업장소 이외의 부동산도 계약목적물로 포함된 것으로 보아 담보목적으로 쟁점건물 2층이 포함되었을 가능성이 있는 점, 쟁점부동산 양도 전인 2009.8.29. 촬영된 동영상 및 사진에 의하면 쟁점건물 2층이 주택으로 사용되고 있는 것으로 나타나는 점, 청구인 가족의 지인들이 청구인 가족이 쟁점건물 2층에 거주하였다고 확인서를 제출한 점, 쟁점건물의 구조 및 가족관계 등으로 보아 쟁점기간 동안 청구인 가족 5명은 2층에 사위인 박OOO 가족 3명은 3층에 거주하였다는 주장이 신빙성이 있어 보이는 점 등을 종합해 볼 때, 청구인이 쟁점기간 동안 쟁점건물 2층을 사실상 주택으로 사용하였다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인의 주장은 아래 <표1>과 같이 쟁점부동산 전체 보유기간 동안 주택으로 보유한 것으로 보거나, 아래 <표2>와 같이 각 층별로 구분하여 각 층별 실제 사용용도에 따라 주택으로 보유한 기간을 적용하여야 한다는 주장이다. <표1> 구분 쟁점건물 1, 2층 쟁점건물 3층 쟁점토지 기존부분 증축부분 기존부분 증축부분 138.21㎡ 830.79㎡ 장기보유 특별공제율 처분청 경정