쟁점금액 중 주거사용 면적에 대한 매입세액을 사업과 관련 없는 매입세액으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2008.6.20. 개업하여 OOO(773.08㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)에서 부동산임대업을 영위한 사업자로, 쟁점건물의 신축과 관련하여 2008년 제2기에 OOO OOOO주식회사 등으로부터 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액 ”이라 한다)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사관청”이라 한다)은 2012년 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 쟁점건물 일부(146.09㎡)가 주거목적으로 사용된 사실을 확인하고 이에 대한 건축비는 사업과 관련 없는 매입세액으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하도록 처분청에 감사지적하였고, 처분청은 2012.7.26. 청구인에게 2008년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.13. 이의신청을 거쳐 2012.9.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점건물에 대한 취득세 과세표준에 의하면, 쟁점금액(OOO원)에서 부가가치세 환급금액(OOO원)을 제외한 OOO원을 1/4이상 상회하는 OOO원이 과세표준으로 산정된 바, 쟁점금액은 쟁점건물 건축비 과세표준의 약 72.3%에 불과하여 OOO구청에서 해당 건물의 건축비로 인정한 금액(취․등록세 과세표준)의 상가분(80%)에 미치지 못하는 데도 처분청이 쟁점금액을 상가분과 주택분으로 안분하여 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

(2) 가산세는 세법이 정하는 의무를 위반한 자에게 부과하는 것으로 납세의무 위반의 발생을 방지하고 징세의 실적을 거두려는 취지에서 나온 질서벌적 성격의 부담이라 할 것이므로 가산세 부과에 관한 조세 법규의 해석은 조세법률주의의 원칙상 엄격하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다 할 것인 바, 이 건의 경우 취․등록세 과세표준이 쟁점금액을 1/4이상 초과하는 점을 감안할 때, 청구인이 성실하게 부가가치세를 신고한 것으로 보아야 하고 성실하게 신고하였다고 믿을 정당한 사유가 있었던 청구인에게 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과하는 것은 지나치게 가혹한 처사로서 가산세 부과의 취지에 부합되지 아니하므로 취소하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점건물의 취․등록세 과세표준이 OOO원이므로 쟁점금액 전액을 상가 건축비와 관련한 세금계산서라고 주장하나, 쟁점건물은 총 5층으로 1∼4층(602.5㎡)은 제2종 근린생활시설로, 5층(146.09㎡)은 단독주택의 용도로 허가되었고, 공동사업자인 강OOO가 2008.12.26.～2011.10.31. 기간동안 쟁점건물 5층에서 거주한 사실이 확인되므로 쟁점금액 중 주거사용 면적에 대한 매입세액을 사업과 관련 없는 매입세액으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 취․등록세 과세표준이 청구인이 성실하게 환급신고를 한 것으로 믿게 할 이유를 제공하였으므로 가산세 부과대상이 아니라고 주장하나, 취․등록세 과세표준 산정과 부가가치세 환급세액 산정은 상호 연관성이 없어 보이고, 처분청에서 청구인에게 당초 환급이 정당 하다는 공적인 견해표명을 한 사실이 없으므로 가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점건물의 주택분 매입세액을 불공제한 처분의 당부

② 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 [납부세액]

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 제21조 [결정 및 경정]

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (2) 부가가치세법 시행령 제61조 [매입세액의 안분계산]

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액＝공통매입세액×────── 총공급가액

(3) 국세기본법 제47조의3 [과소신고가산세]

① 납세자(부가가치세법제29조 에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "일반과소신고가산세액"이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제47조의4 [초과환급신고가산세]

① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의3의 규정을 적용한다. 제47조의5 [납부·환급불성실가산세]

② 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 국세통합전산망에 의하면, 처분청은 청구인이 쟁점건물의 신축과 관련하여 쟁점금액을 공제 받는 매입세액으로 하여 2008년 제2기 부가가치세 신고를 한 데 대하여, 주거목적으로 사용된 5층(146.09㎡)에 대한 건축비는 사업과 관련 없는 매입세액으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 것으로 나타난다. <표1> 2008년 제2기 매입처별세금계산서합계표 내역 <표2> 부가가치세 신고 및 경정․결정 내역 (OO: OO) (나) 쟁점건물의 건축물대장 및 등기부등본 등에 의하면, 쟁점건물은 지상 5층 건물로 주용도는 제2종 근린생활시설(1∼4층, 602.5㎡) 및 단독주택(5층, 146.09㎡)으로 기재되어 있다. (다) 청구인과 공동사업자인 강OOO(610116-***)의 주소이력을 보면, 2008.12.26. 세대 전체가 쟁점건물 5층 주택으로 전입하여 거주하다가 2011.11.28. OOO로 전출한 것으로 나타난다. (라) 부가가치세 경정결의서에 의하면, 청구인은 2008년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점건물 신축과 관련한 세금계산서합계표(OOO원)를 제출하면서, 주거사용면적(5층, 146.09㎡)에 대한 안분계산을 하지 아니한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가)부가가치세법제17조 제2항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액을 공제한 금액으로 하되, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 취․등록세 과세표준이 OOO원이므로 쟁점금액 전액이 상가 건축비와 관련한 세금계산서에 해당한다는 주장이나, 청구인의 쟁점건물 전체 신축과 관련하여 수취한 세금계산서상의 공급가액은 쟁점금액이 전부이고, 쟁점건물 중 5층(146.09㎡)은 단독주택의 용도로 허가되었고, 실제 주택으로 사용된 사실이 확인되므로 처분청이 쟁점금액 중 주거사용 면적에 대한 매입세액을 사업과 관련 없는 매입세액으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다(대법원 2005.11.25 선고 2004두930 판결 등 참조). (나) 살피건대, 청구인은 쟁점건물에 대한 취․등록세 과세표준이 쟁점금액을 1/4이상 초과하여 청구인이 성실하게 환급신고를 하였다고 믿게 할 이유를 제공하였으므로 가산세의 부과대상이 아니라고 주장하 나, 부가가치세법과지방세법은 법률의 입법취지 및 목적이 다르고, OOO구청에서 산정한 쟁점건물의 취․등록세 과세표준이 쟁점세금계산서 금액의 1/4을 초과한다는 것이 청구인이 성실하게 부가가치세 환급신청을 하였다고 믿게 할 만한 상당한 이유를 제공하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 적용 하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.