주주인 부실채권정리기금이 기업구조조정투자회사인 청구법인으로부터 지급받은 쟁점배당금은 법인세법제51조의2 제1항이 적용되므로 소득공제 대상임.
주주인 부실채권정리기금이 기업구조조정투자회사인 청구법인으로부터 지급받은 쟁점배당금은 법인세법제51조의2 제1항이 적용되므로 소득공제 대상임.
OOO세무서장이 2012.6.27. 청구법인에게 한 2006.4.1.~2007.3.31.사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은, 청구법인이 부실채 권정리기금에게 지급한 배당금을 법인세법제51조의2 제1항에 따라 소득공제를 적용하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
(1) 심판청구서, 처분청 답변서 및 각 공문 등의 이 건 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 부실채권정리기금은 금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 OOO의 설립에 관한 법률에 따라 금융기관이 보유하고 있는 부실채권 등의 효율적인 정리를 위하여 OOO가 관리·운용하는 기금으로, 기업구조조정투자회사법에 따른 기업구조조정투자회사인 청구법인을 설립하였는바, 청구법인의 주주현황은 아래 <표>와 같다. / / (나) 청구법인은 OOO의 M&A에 따라 2006년 중 발생한 배당가능이익의 90% 이상을 주주에게 배당하였고, 2006.4.1.~2007.3.31.사업연도 법인세 신고시 법인세법제51조의2 제1항에 따라 지급한 배당금을 소득공제 하였다. (다) 청구법인은 출자전환 등을 통해 OOO을 구조조정 후 매각하였고, 2010.10.1. 채권기관의 회사채 상환을 완료하고 청산절차 진행 중인 상태로, 2012.6.13. 청산소득 확정신고를 위한 잔여재산 확정 및 분배를 마친 상황이다. (라) OOO는 이 건과 관련한 OOO의 질의가 있자, 2012.9.14. 국세기본법 제18조의2 에 따른 국세예규심사위원회를 개최하여, “부실채권정리기금이 기업구조조정투자회사로부터 지급받은 배당이 구 법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것 제2조 제1항 제8호 라목에 따라 수익사업의 소득에서 제외되는 경우 기업구조조정투자회사는 해당 배당에 대해법인세법제51조의2 제1항을 적용하는 것(기획재정부 법인세제과-994, 2012.9.20.)”으로 회신하였다. (마) 이후 OOO은 이 건 과세처분의 배경인 OOO국세청장에 대한 2012.6.22.자 공문과 관련하여, “우리 원의 처분요구가 있기 전 귀 청에 자체적으로 신속한 징수결정 고지 등을 할 필요가 있는 것으로 통보한 ‘기업구조조정투자회사에 대한 소득공제 관한 사항’(질문서 발부번호 4-11호, 2012.2.24.)이 2012.11.8. 개최된 감사위원회에서 불문의결되었음을 알려 드립니다.”라고 OOO국세청장에게 통보(/재정경제감사국/ 제4과-251)하였으며, 처분청은 이 건 심리일까지 당초 과세처분을 유지하고 있다.
(2) 이 건에 적용되는 법인세법 제51조의2 등의 개정 연혁 및 이유는 다음과 같다. (가) 우선, 법인세법 제51조의2 의 ‘유동화전문회사등에 대한 소득공제’ 제도는 종전에 구 조세특례제한법(1999.12.28. 법률 제6045호로 개정되기 전의 것) 제53조가 증권투자회사법에 의한 증권투자회사에 대하여만 규정하고 있던 소득공제 제도를 1999.12.28. 법률 제6047호에 따른 개정으로 법인세법으로 이관하면서, 이를 ‘유동화전문회사’의 경우까지 확대한 것이다. (나) 재정경제부가 발행한 ‘99개정세법 주요내용’은 위 개정의 이유로 “자산유동화전문회사를 통한 외자유치 및 금융기관의 부실채권 정리 지원”과 “SPC(Special Purpose Company)는 기본적으로 자산유동화를 위하여 세워진 Paper Company로서 영업소나 종업원을 둘 수 없는 등 일반법인과 달리 도관(conduit)의 성격이 강한 점을 감안”하였다고 설명하고 있다. (다) 이후 2000.12.29. 법률 제6293호에 따른 법인세법 개정으로 청구법인과 같은 ‘기업구조조정투자회사’가 소득공제 대상으로 포함되었다. (라) 한편, 2005.12.31. 법률 제7838호에 따른 법인세법 개정시 제51조의2 제2항이 신설되어 ‘그 배당에 대한 소득세 또는 법인세가 비과세’되는 경우에는 소득공제를 적용하지 않도록 하였는데, 재정경제부가 발행한 ‘2005간추린 개정세법’에는 소득공제 대상에서 제외되는 “비과세되는 배당”의 예로 “선박투자회사 개인출자자 지급배당(액면 /3억/원 이하)”을 들고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여, 청구법인에게 법인세법 제51조의2 제1항 이 규정한 소득공제가 적용되는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 우선, 법인세법 제51조의2 제1항 의 입법취지는 여러 이유로 설립되는 유동화전문회사 등의 특수목적법인(SPC)은 기본적으로 자산유동화 등을 위하여 세워진 명목회사(페이퍼 컴퍼니)로, 일반법인과 달리 도관의 성격이 강한 점을 감안하여, 당해 법인이 배당가능이익의 90% 이상을 배당하는 경우에는 소득공제를 통하여 법인세를 과세하지 않고, 배당금을 지급받는 주주 단계에서만 과세하여 이중과세를 조정하기 위한 것으로 보이며, 법인세법 제51조의2 제1항 이 적용되는 법인 중 선박투자회사처럼 그 주주의 배당소득에 대하여도 비과세 되는 경우에는 해당 법인에 대한 지급배당 소득공제를 배제하기 위하여 제2항을 신설한 것으로 이해된다. (나) 즉, 법인세법 제51조의2 제2항 은 같은 조 제1항의 적용을 받은 법인의 주주가 됨으로써 법인세법 또는 조세특례제한법에 의하여 비과세가 주어지는 경우에 이를 적용하는 것으로 이해하여야 하는 바, 쟁점배당금을 지급받은 부실채권정리기금은 법인세법 제3조 제2항 에 따라 부실채권 정리에 관한 사업 전부가 수익사업에서 제외되는 것이므로 법인세법 제51조의2 제2항 의 적용대상이 아니라고 보아야 하며, 같은 취지에서 배당을 받은 주주 등이 법인세법 제2조 제3항 에 따라 법인세가 과세되지 않는 국가 또는 지방자치단체의 경우에도 같은 법 제51조의2 제2항이 규정한 ‘법인세가 비과세되는 경우’에 해당하지 않아 같은 법 제51조의2 제1항의 소득공제가 적용되는 것(기획재정부 법인세제과-1098, 1099, 2010.12.16., 같은 뜻임)으로 보는 것이 타당하다. (다) 이에 대하여 처분청은 청구주장을 따를 경우 이중공제가 되어 법인세법 제51조의2 제2항 을 신설한 취지에 반한다는 의견이나, 결과적으로 청구법인과 그 주주인 부실채권정리기금 단계에서 이중공제가 발생하였다 하더라도 이는 법인세법 제3조 제2항 이 비영리법인의 수익사업에서 부실채권정리기금을 통한 부실채권 인수 및 정리와 관련된 사업을 제외하였기 때문이지, 법인세법 제51조의2 에 따른 소득공제가 적용되었기 때문은 아니라고 할 것이다. (라) 게다가 법인세법 제51조의2 제2항 은 “이 법 또는조세특례제한법에 의하여 배당을 받은 주주등에 대하여 그 배당에 대한 소득세 또는 법인세가 비과세”되는 경우 제1항을 적용하지 아니한다고만 규정하고 있을 뿐이므로, 처분청 의견처럼 법인세 등이 과세되는 주주에게 지급한 배당금은 소득공제를 허용하고, 청구법인에게 지급한 쟁점배당금은 소득공제를 배제하는 형태로 구분(안분)하는 것이 당연하다고 보기 어려운 측면이 있다. (라) 따라서, 금융기관이 보유한 부실채권 정리사업에 세제지원을 하기 위한 당초 제도의 취지를 고려할 때, 주주인 부실채권정리기금이 기업구조조정투자회사인 청구법인으로부터 지급받은 쟁점배당금이 구 법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제8호 라목에 따라 수익사업의 소득에서 제외되는 경우에도, 법인세법제51조의2 제2항이 적용되지 않고, 같은 조 제1항이 적용되어 청구법인은 해당 배당에 대하여 소득공제를 받을 수 있다고 봄이 타당하다 할 것(기획재정부 법인세제과-994, 2012.9.20., 같은 뜻임)이므로, 결국 이 건 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.