비거주자에 대하여는 표2(1세대 1주택, 최대 80%)의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 비거주자로 2008.7.16. 서울특별시 OOO호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도하고 2008.7.24. 장기보유특별공제액을 산정함에 소득세법제95조 제2항 표1의 공제율 30%을 적용하는 것으로 하여 처분청에 양도소득세 신고를 하였다가, 2012.5.16. 장기보유특별공제액의 산정을 같은 법 제95조 제2항 단서의 표2에 의해 공제율 80%를 적용하는 것으로 하여 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2012.7.3. 청구인이 비거주자이므로 소득세법제95조 제2항 단서에서 규정하고 있는표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없다 하여 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청이 청구인의 경정청구를 거부하며 그 근거로 제시한 기획재정부 해석(재산세제과-962, 2008.12.10.)과 국세청 해석(부동산거래관리과-1064, 2011.12.21.)은 모두 청구인이 쟁점주택을 양도한 후에 나온 해석으로 이를 소급적용할 수 없고, 소득세법상 1세대 1주택 제도는 주거시장 안정과 주택장기보유자에 대해 혜택을 주기 위한 것으로, 거주자와 비거주자를 차별하는 취지가 아닌데도 1997년 7월 쟁점주택에 입주하여, 2006년 1월 국외이주시까지 9년 이상 거주자 신분으로 장기거주한 청구인에 대해 단지 양도일 현재 청구인이 비거주자라는 이유만으로 거주자와 차별하여 법을 적용하는 것은 부당하다. 청구인은 해외이주시 주택시장 침체로 2년 이내 쟁점주택을 팔지 못하여 양도소득세 비과세혜택도 받지 못하였는데 법에서 보장하고 있는 장기보유특별공제 혜택까지 받지 못하는 것은 청구인의 법감정상 납득하기 어렵다 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시에는 소득세법상 거주자와 비거주자에 대해 동일한 과세를 한다고만 규정하고 있을 뿐, 장기보유특별공제에 대해서는 아무런 언급이 없었고, 2009.12.31.에 이르러 법 개정으로 비거주자에 대한 장기보유특별공제의 적용이 배제된 점에서 이는 그 이전의 주택양도에 대해서는 장기보유특별공제의 적용을 배제한 조치가 잘못되었거나 법에 허점이 있었음을 스스로 인정하는 것 이라 할 수 있고, 처분청이 1세대의 개념을 지나치게 자의적으로 해 석한 나머지 단지 청구인이 어쩔 수 없는 형편에 의해 비거주자가 된 것을 빌미로 정당한 납세자의 권익을 무시하는 것을 일종의 인권침해 로 보이며, 1세대의 개념이 거주자와 비거주자를 차별하기 위한 목적으로 정의된 것이 아니라고 보는 것이 법의 정신에도 부합하는 것이다.
• 나. 처분청 의견 2011.7.14. 대법원 판례에도 불구하고 국세청의 입장은 기획재정부가 예규를 변경하기 전까지는 기존 예규(기획재정부 재산세제과-962, 2008.12.10.)대로 비거주자인 경우 최고 30%까지만 장기보유특별공제를 인정한다는(국세청 부동산거래관리과-1064, 2011.12.21.) 것이므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당 하

• 가. 쟁 점 비거주자에게 소득세법 제95조 제2항 단서에서 규정하고 있는표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 주민등록상 청구인은 2005.3.8. 국외이주신고하였는바, 청구인이 쟁점주택 양도일 현재 비거주자이었던 사실에 대해서는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 청구인이 제출한 쟁점주택의 등기부등본에 의하면, 청구인은 1997.9.25. 쟁점주택의 소유권을 취득하여 2008.8.30. 타인에게 소유권을 이전하였고, 쟁점주택 매매계약서에 의하면, 청구인은 2008.7.16. 매수인 이OOO과 쟁점주택을 OOO원에 매매하기로 하는 계약을 체결한 사실이 나타난다.

(3) 청구인이 제출한 경정청구서에 의하면, 청구인은 당초 쟁점주택 양도에 대하여 양도가액 OOO원, 취득가액을 환산가액인 OOO원, 기타필요경비 OOO원, 양도차익 OOO원, 장기보유특별공제를 양도차익의 30%인 OOO원으로 하여 양도소득세 신고한 것에 대하여 경정청구시에는 당초 신고내용 중 장기보유특별공제액을 OOO원으로 경정하여 줄 것을 청구하였고, 그 증빙자료로 쟁점주택의 매매계약서 사본 등을 제시하였

• 다. (4) 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 1세대1주택에 대한 세제지원이 국민의 주거생활 안정 등을 보장하는 취지임을 반영하여 소득세법제95조 제2항 단 서 표2의 장기보유특별공제율은 거주자에 한하여 적용한다는 기획재정부 해석(재산제세과-962, 2008.12.10.) 및 국세청 해석(부동산거래관리과-1064, 2011.12.21.)에 따라 청구인의 경정청구를 받아들일 수 없다고 통보하였다.

(5) 소득세법제95조 제1항은 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하여 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 제2항 본문은 장기보유특별공제액을 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 양도차익에 표1의 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액으로 하고, 같은 항 단서는 대통령령으로 정하는 1세대1주택(부수되는 토지 포함)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

(6) 종전의 소득세법 제121조 제2항은 국내에 소재한 토지, 건물 등의 양도소득이 있 는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세하도록 규정하였다가, 비거주자에게는 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서를 적용하지 아니하는 것으로 2009.12.31. 법률 제9897호로 일부 조문이 개정되었고, 동 규정의 개정과 관련하여 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서를 적용하지 아니하는 비거주자는 소득세법제1조의2 제1항 제2호의 비거주자를 말한다는 내용으로 2010.2.18. 신설된 소득세법 시행령 제180조의2의 개정이유에 대하여 기획재정부 발간 “2009 간추린 개정세법”에는 “기획재정부의 예규(재산세제과-962, 2008.12.10.)는 1세대1주택 비과세 등은 국민의 주거생활 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 취지인 점을 감안하여, 비거주자에게는 1세대1주택 비과세와 최대 80%의 장기보유특별공제가 적용되지 아니한다는 것을 법령에 명확화하기 위한 것”으로 되어있는 사실이 나타난다. (7) 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 소득세법의 1세대1주택 비과세 및 장기보유특별공제 특례규정의 입법취지는 거주자의 주거안정을 위한 국가정책적 목적을 세제측면에서 지원하기 위한 것으로 보이고, 소득세법 제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 “대통령령으로 정하는 1세대1주택”에 해당하는 경우 표2의 공제율을 적용하도록 하고 있는바, 여기서 ‘1세대’는 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대”를 의미하므로 청구인이 1주택인 쟁점주택을 소유하다가 양도하였다 하더라도 양도 당시 비거주자인 이상, 쟁점주택은 소득세법 제95조 제2항 단서 규정상 1세대1주택에 해당하지 아니하여 같은 항 본문 표1의 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2012서1340, 2012.6.22. 등 다수 참고). 따라서, 처분청에서 소득세법제95조 제2항 단서에 따른 표2의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.