신고 수입금액 중에 처분청에서 매출누락으로 보았던 금액이 기 포함되었다고 보이므로 재조사하여 결정함

OOO세무서장이 2012.8.9. 청구인에게 한 2009년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 매출누락으로 수입금액에 산입한 OOO원이 청구인의 2009년 제2기 부가가 치세 신고시 면세수입금액으로 신고한 OOO원에 기 산입되어 중복계상한 수입금액이 있는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 서울특별시 OOO에서 “OOO”이라는 상호로 1개 사업장에서 식육소매업과 한식점업을 영위하는 과․면세 겸업사업자로서, 2009년 귀속 종합소득세 신고시 총수입금액을 OOO원으로 하여 간편장부에 의하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 종합소득세 신고수입금액이 부가가치세 신고수입금액에 비해 OOO원 과소신고되었음을 확인하고 2010.12.1. 청구인에게 2009년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정․고지(이하 “1차 고지”라 한다)하는 한편,
• 다. 청구인에 대한 2010년 10월 부가가치세 조사결과, 2009년 제1기 및 제2기 중 OOO원의 신용카드매출액을 과소신고한 것으로 보아 종합소득세 총수입금액을 OOO으로 증액하고 기준경비율에 의하여 소득금액을 추계결정하여 2012.8.9. 청구 인에게 2009년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정․고지(이하 “2차 고지”라 한다)하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 과․면세 겸업인 “OOO”을 2009.1.9. 개업하여 2009년 제1기 부가가치세 신고를 요식업협회를 통하여 함에 따라 면세사업 수입금액의 신고 없이 한식당 과세매출액만 신고하였고, 2009년 제2기에는 세무사를 통하여 부가가치세 과세매출액을 OOO원으로 신고하고 면세매출액은 제1기에 신고하지 아니한 매출액을 합하여 OOO원으로 신고하였다. 처분청은 종합소득세 1차 고지를 하면서 청구인이 1999년 제2기 부가가치세 신고시 면세매출액으로 신고한 OOO원 중에 과세매출이 포함되어 있는 것으로 보아 과․면세 매출액을 안분계산하였다. 종합소득세 2차 고지시에는 청구인이 2009년에 신용카드매출 과소신고액이 OOO원 있는 것으로 자료를 발생시켰으나, 동 금액은 청구인이 2009년 제2기 부가가치세 신고시 면세매출액으로 신고하였던 OOO원이 과․면세 매출액으로 안분되어 이미 수입금액에 반영되었으므로 이를 수입금액에 산입하면 이중과세가 되어 부당하다.
• 나. 처분청 의견 처분청 조사과에서 실시한 부가가치세 조사에서 청구인의 2009년 귀속 총수입금액은 OOO원으로서 청구인은 당초 신고 수입금액 OOO원에 과소신고된 OOO원을 합한 OOO원의 수입금액만 종합소득세 과세대상으로 한 바 있으므로 2009년 제1기 및 제2기에 매출누락된 과․면세 수입금액 OOO원을 총수입금액에 산입하여 종합소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 매출누락으로 본 신용카드 매출액 OOO원이 청구인의 기 신고 수입금액에 포함되어 수입금액을 중복계상한 것인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 “OOO”이라는 상호로 2009.1.9. 개업하여 1개 사업장에서 식육판매(면세)와 한식당(과세)을 영위하는 과세․면세 겸업사업자로서, 음식점에 입장하는 고객에게 식육을 판매하는 단계와 이를 조리․서비스 제공하는 단계로 나누어 과세 및 면세매출액을 구분하여 관리하고 있다.

(2) 청구인의 2009년도 종합소득세 및 부가가치세 신고내역과 처분청의 경정내역에 대하여 본다. (가) 청구인은 2009년 귀속 종합소득세 신고시 <표1>과 같이 총수입금액을 OOO원으로 하여 간편장부에 의하여 신고하였다. <표1> 청구인의 2009년 귀속 종합소득세 신고내역 (나) 청구인은 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시에는 위 종합소득세 신고내역과는 달리 <표2>와 같이 수입금액을 OOO원으로 신고하였다. <표2> 청구인의 2009년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고내역 그에 따라, 처분청은 청구인이 신고한 2009년 귀속 종합소득세 수입금액 OOO과 청구인의 부가가치세 신고수입금액 OOO원의 차액 OOO원을 종합소득세 수입금액 누락액으로 보아 청구인에게 1차 고지를 하였다. 한편, 청구인이 2009년 제2기 부가가치세 신고시 면세수입금액으로 신고한 OOO원은 신용카드매출액으로서 처분청은 동 금액을 2009년 제1기와 제2기로 구분하고, 과․면세로 안분계산하여 <표3>과 같이 “신용카드 등 발행분” OOO원과 “면세수입금액” OOO원에 일부씩 산입한 것으로 나타난다. <표3> 2009년 제2기 신용카드매출액 OOO원의 안분계산내역 (다) 처분청 조사과에서 2010년 10월 청구인에 대한 조사결과. 청구인의 신용카드매출 수입금액 OOO원이 신고누락된 것으로 하여 아래의 <표4> 사업장별 수입금액 결정상황표를 출력됨에 따라, 처분청 소득세과는 청구인의 수입금액을 OOO원 증액한 후, 허위기장율이 35%에 이른다 하여 소득세법제80조 제3항의 규정에 의거 소득금액을 기준경비율에 의하여 추계결정하여 청구인에게 2차 고지를 하였다. <표4> 사업장별 수입금액 결정상황표 내역

(3) 청구인은 처분청이 매출누락으로 본 OOO원은 이미 청구인이 2009년 제2기 부가가치세 신고시 면세수입금액으로 신고한 OOO원에 포함되어 위 <표3>과 같이 2009년 제1기 및 제2기로 구분되고 과․면세로 안분계산된 바 있으므로 이를 다시 매출누락으로 보아 수입금액에 산입한 것은 중복계상에 해당된다고 주장하고 있다.

(4) 청구인 신고, 처분청의 1차 고지 내역과 처분청의 사업장별 수입금액 결정상황표 출력에 따른 2차 고지 내역과의 관계를 본다. (가) 청구인은 정육판매 면세사업자에서 2009년 1월 과․면세사업자로 전환하여 개업 초기인 2009년 제1기 부가가치세 신고시에는 요식업협회를 통하여 신고함에 따라 과세매출만 신고하였고, 2009년 제2기에는 제1기에 신고하지 아니한 면세매출을 합하여 신고하는 등 부가가치세 및 종합소득세 신고에 오류가 있었다. (나) 처분청은 청구인의 면세매출 신용카드신고금액 OOO원을 다시 2009년 제1기 및 제2기로 구분하고, 과․면세매출로 안분계산하는 등의 처분(1차 고지)을 한 후 청구인의 사업장별 수입금액 결정상황표가 출력되자 동 금액이 당해 1차 고지시의 수입금액과의 관계를 파악하지 아니한 채 청구인의 신용카드매출액 OOO원이 매출누락된 것으로 본 오류가 있었다고 볼 수 있다. (다) 청구인이 당초 면세사업 매출액으로 신고한 OOO원을 처분청 1차 고지시 과세기간 변경 및 과․면세 매출로 안분계산하고, 다시 2차 고지시 OOO원을 과․면세 매출액으로 구분함에 따라 청구인의 매출액 구성이 처분청 처분에 의하여 복잡하게 된 점에서 청구인에게 OOO원과 OOO원간의 직접 대응관계를 명확히 할 것을 요구하는 것은 무리인 측면이 있다. (라) 청구인의 2009년 신용카드 총매출액은 OOO 정도 되는 반면, 처분청이 매출누락으로 본 신용카드매출액 OOO원을 청구인의 기존 매출액에 산입할 경우 청구인의 2009년 총매출액이 OOO원 정도 되어 총매출액 대비 신용카드매출액 비율이 56% 수준이 되나, 동 비율은 동종업종의 신용카드매출비율(약 80%)보다 크게 낮아 청구인이 이미 신용카드매출액으로 신고한 수입금액 중에는 처분청이 매출누락으로 보았던 신용카드매출액 OOO원이 포함되었다고 볼 수 있는 측면이 있다. (마) 따라서, 처분청이 신용카드매출누락으로 보았던 OOO,OOO,OOO원은 청구인이 당초 부가가치세 신고시 면세수입금액으로 신고하여 처분청 1차 고지시 과․면세 매출로 안분계산한 금액에 포함되었을 가능성이 있으므로 이를 재조사하여 중복되는 금액은 청구인의 수입금액에서 차감함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.