거래처가 세무조사 받았다는 사실만으로 “경정이 있을 것을 미리 안 경우”로 볼 수 없음

OOO세무서장이 2012.7.5. 청구법인에게 한 2009년 귀속 OOO 원 및 2010년 귀속 OOO원, 합계 OOO원의 소득금액변동통지처분은 이를 취소한다.

• 가. OOO세무서장은 2011년 8월 OOO주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 대한 거래질서 관련조사를 실시한 결과, 농산물 유통법인인 쟁점법인이 OOO시장에서 과일 도 매업을 영위하는 청구법인에게 2009년 공급가액 OOO원 및 2010년 공급가액 OOO원, 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 가공계산서를 발행한 사실을 확인하고 2011년 11월 처분청에 과세자료를 통보하였다.
• 나. 청구법인은 2012.2.17. 대표자로부터 쟁점금액을 회수하고 손금불산입 및 유보로 소득처분하여 2009사업연도 및 2010사업연도 법인세 수정신고를 하였는데, 처분청은 청구법인의 수정신고가 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서의 규정에 의해 경정이 있을 것을 미리 안 경우에 해당한다고 보아 2012.7.5. 청구법인에게 2009년 귀속 OOO원 및 2010년 귀속 OOO원, 합계 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.3. 이의신청을 거쳐 2012.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 당초 가공매입액을 손금산입하여 법인세를 신고한 것을 인지하고 자발적으로 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 손금불산입, 유보로 소득처분하여 법인세 수정신고를 하였으며, 이는 처분청 주장과 같이 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 경우에 해당하지 아니하므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 OOO세무서에서 실시한 거래질서관련조사를 통해서 쟁점법인으로부터 가공계산서를 수취한 것으로 확인되었으며, 이에 대한 자료통보가 2011년 11월에 있고 나서 3개월 후인 2012.2.17. 대표자로부터 가공경비 모두를 회수함과 동시에 처분청에 가공매입액의 손금불산입 및 유보로 처분한 법인세 수정신고를 하였는바, 이는 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서의 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우에 해당한다.

• 가. 쟁점 청구법인의 법인세 수정신고가 법인세법 시행령제106조 제4항 단서의 경정이 있을 것을 미리 안 경우에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) OOO세무서장의 거래질서 관련조사 종결보고서에 의하면, OOO지방경찰청 수사과 광역수사대의 고발의뢰로 OOO세무서장은 2011.8.3.～ 2011.8.27. 기간 동안 쟁점법인에 대한 거래질서 관련조사를 실시하여 쟁점법인이 가공매입계산서 수취에 따른 매입증가로 2009년 제2기에 OOO마트를 포함하여 15개 업체에게 총 OOO원의 가공매출계산서를 교부하였고, 2010년 제1기에 OOO마켓을 포함하여 11개 업체에게 총 OOO원의 가공매출계산서를 발행(이 중 청구법인에게는 2009년 OOO원 및 2010년 OOO원의 가공계산서를 발행)한 사실을 적출하였고, OOO세무서장은거래질서정상화 조사관리지침에 따라 쟁점법인을 부분자료상으로 판정하는 한편, 조세범처벌법 위반 혐의로 쟁점법인 및 쟁점법인의 대표자 우OOO에 대하여 통고처분하였으며, 2011년 11월 관련 과세자료를 처분청에 파생․통보한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 당초 가공매입액에 대하여 손금산입하여 법인세 신고를 한 것은 잘못이나, 세무대리인과의 상담 끝에 자진하여 이 건 수정신고에 이르게 된 것으로, 법인세법 시행령제106조 제4항 규정의 취지는 매출누락·가공경비의 계상 등의 방법으로 부당하게 사외유출된 금액에 대하여는 대표자에 대한 상여 등 소득처분의 기본원칙에 따라 귀속자에게 소득처분하여 법인세는 물론 소득세도 징수하는 것이 원칙이나, 당해 법인이 수정신고기한내에 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 익금산입하여 신고하는 경우에는 그 소득처분을 유보로 하여 과도한 세부담의 불이익이 없도록 하고, 당해 법인에게 자발적인 자기시정의 기회를 부여하는데 있다고 할 것인데, OOO세무서장이 쟁점법인에 대하여 거래질서관련 조사를 실시하여 청구법인과의 거래에 대하여 가공자료로 확정하여 세무조사를 종결하여 2011년 11월에 OOO세무서장에게 통보하였고, 이에 대해 2개월 이후인 2012.2.17.에 수정신고를 하였다고 하여 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 보는 것은 입증이 부족한 상태에서 추측에 의해 청구법인의 자발적인 자기시정의 기회를 원천적으로 차단하는 처분이라는 주장이다.

(3) 이에 대하여 처분청은 OOO지방경찰청 수사과 광역수사대에서 고발의뢰를 받아 OOO세무서장이 쟁점법인에 대한 거래질서관련조사를 실시하였고, 거래질서관련조사를 하게 되면, 청구법인 등 거래처는 세무당국이 조사에 착수하였음을 알게 되고, 또한 세무조사가 종결되면 조사업체에 그 조사결과를 통보하고 각 거래처 관할세무서로 과세자료를 파생하게 되는 것을 알게 되므로 청구주장은 이유 없다는 의견이나, 청구법인이 2012.2.17. 수정신고 이전에 이 건 거래질서관련조사 사실 또는 관련 과세자료 파생․통보사실을 알았다는 점에 대한 입증자료의 제시는 없다. (4) 법인세법 제67조 는 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등으로 처분하고, 같은 법 시행령 제106조 제4항은 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 하되, 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

(5) 위 사실관계와 관계법령을 종합하여 볼 때, 법인세법 시행령제106조 제4항은 수정신고기한 내에 사외유출된 금액을 회수하고 익금에 산입하여 신고하는 경우 사내유보로 소득처분을 하도록 한 것은 일정한 요건 하에 법인에게 자기시정의 기회를 부여하고자 하는 취지(위 조항은 2000.12.29. 신설된 후 2003.12.30. 삭제되었다가 2005.2.19. 재차 신설되었음)이고, 동 규정의 형식에 비추어 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하였다는 점은 기본적으로 과세관청이 입증하여야 하는데, 거래처가 세무조사를 받았다는 사실로 서로 연락을 취하여 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고 하였다는 주장은 추측에 근거한 일방적인 주장이므로 회수된 금액을 사외유출로 볼 수 없는 것(OOO고등법원 2010.5.6.선고 2009누29891 판결 참조)인 바, OOO세무서장이 쟁점법인에 대한 거래질서 관련조사(2011.8.3.～ 2011.8.27.)시 청구법인에게 쟁점법인과의 거래사실 확인서나 처분청의 과세자료해명안내문 등을 발송한 사실이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 청구법인이 2012.2.17. 수정신고를 하기 전에 쟁점법인에 대한 거래질서 관련조사의 실시 사실 또는 2011년 11월 처분청으로의 자료 파생․통보사실 등을 알았다는 처분청의 입증자료 제시도 없으므로, 처분청이 청구법인의 수정신고가 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서의 규정에 의해 경정이 있을 것을 미리 안 경우로서 쟁점금액이 사외유출된 것으로 보아 대표자에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 이 건 소득금액변동통지를 한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.