종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1998.7.24. 취득한 서울특별시 OOO호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.10.31. OOO원에 양도하고 2006.11.21. 양도소득세 예정신고를 하면서조세특례제한법제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 감면율을 100%로 하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 신축주택 감면대상기간에 해당하지 아니하는 소득금액까지 포함하여 감면신청한 것으로 보아 감면대상 소득금액 및 세액을 재계산하여 2012.5.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.12. 이의신청을 거쳐 2012.9.20. 심판청구를 제기하였

• 가. 청구인 주장 청구인은 처분청이 이 건 고지내용 중 종전주택의 취득일과 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조세특례제한법제99조의3에 따른감면소득에 해당하지 아니하는 것에 대해서는 이의가 없으나, 처분청이 신축주택 취득일로부터 5년 이내인 양도일까지의 양도소득금액에 대해 감면대상 양도소득금액을 계산하는 것에 대해서는 다음과 같은 잘못이 있다. 조세법규의 해석은 확정해석이나 유추해석이 허용되지 아니한다는 판례와 관련하여 조세특례제한법99조의3 제1항에서 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득은 양도소득세의 100%를 감면하도록 규정하고 있고, 제4항에서는 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액에 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다라고 규정하고 있는바, 제1항은 신축주택의 취득후 5년간 보유기간에 대해서만 감면하기 위해 5년 이내와 5년 경과후로 구분하는 규정이고, 제4항은 제1항의 5년이 경과된 후 양도하는 경우에 신축주택 취득일부터 5년의 기간 동안의 양도소득금액을 계산하기 위한 규정으로, 여기서 ‘5년 이내’, ‘5년 경과후’ 및 ‘5년간’을 사전상의 의미를 감안하여 해석하면, ‘5년 이내’는 5년을 포함하여 그 아래로 신축주택 취득일부터 5년 이내 어느 시점에서 양도한 경우에도 해당하고, ‘5년간’은 취득일부터 중단됨 없이 5년이 되는 시점까지 전체를 말하는 것으로, 보유기간이 5년 미만은 여기서 포함되지 아니하며, 5년 이상만 해당하는 것이다. 따라서 조세특례제한법제99조 제1항 및 제4항, 같은 법 시행령 제99조의3 제1항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정의 안분계산을 준용하도록 한 취지는 신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우로서, 신축주택 취득일부터 5년까지는 감면하고, 6년 경과후 양도일까지는 과세하기 위한 것으로, 이를 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도를 한 경우에도 적용하는 것은 세법을 합리적 이유없이 확정 및 유추해석한 것으로 밖에 볼 수 없으므로 엄격해석 원칙에 배치되는 것이다. 설령, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 규정을 적용한다 하더라도 신축주택 취득일부터 5년 이내 양도소득금액의 계산식 중 일반분양자 및 재건축조합원 입주권 승계자는 분자 및 분모 모두 취득일의 기준시가를 신축주택 취득일의 기준시가로, 분모 취득일의 기준시가는 종전주택 취득일의 기준시가로 적용하는 것은 분자모다 분모가 현저히 커서 일반분양자 및 재건축 조합원입주권승계자보다 재건축 원조합원의 감면대상 양도소득금액을 일반적으로 크게 감소(70%～80%)시켜 감면세액이 현저히 줄어들게 되므로, 이는 동일구간의 소득(신축주택 취득일부터 5년 이내)에 대해 과세형평상의 문제가 있다고 보이는 바, 재건축 원조합원 소유 신축주택의 감면대상 양도소득금액계산과 관련하여 별도의 안분계산기준이 없는 한, 신축주택 보유기간 동안의 감면대상 양도소득금액 안분계산식 중 분자 및 분모 취득일의 기준시가를 동일하게 신축주택 취득일의 기준시가를 적용하여야 수평적 공평에 부합하며, 조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제99조의3에 신축주택 취득일만 언급되어 있고, 종전주택 취득일에 대한 규정은 없어 재건축 원조합원의 경우에만 분모를 유달리 종전주택 기준시가로 해석한다는 것은 세법을 합리적 이유없이 유추․확대해석하는 것이다. 따라서 청구인의 5년 이내 양도한 신축주택의 감면대상 양도소득금액은 신축주택이 고가주택이어서 양도차익 산정시 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액을 적용하여 계산하므로 소득세법제166조 제7항의 재건축주택의 기준시가로 양도차익을 산정할 수 없으므로, 원칙인 소득세법제96조 제1항, 제97조 제1항 및 제100조 제1항의 규정을 적용하여 다음과 같이 계산하는 것이 일반분양자 및 승계조합원의 감면되는 양도소득금액 계산방법과 동일하여 과세형평의 원칙에 부합하고, 조세특례제한법제99조3 제1항의 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해 양도소득세의 100%에 상당하는 세액을 감면한다는 취지에도 부합하는 것이다.

(1) 양도가액(신축주택)

(2) 취득가액(신축주택)

• 취득가액: 사업계획승인일의 구주택 및 부수토지 합계액(현물출자가액) + 청산금납부액

• 기타필요경비: 해당금액 없음

(3) 감면대상 양도소득금액((① = ②)

① 100% 감면금액 기준: (양도가액 - 필요경비) - 장기보유특별공제

② 안분계산 감면금액 기준: ① × (신축주택 양도당시의 기준시가 - 신축주 택 취득당시의 기준시가) / (신축주택 양도당시의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가)

• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령제166조 제2항에서 주택재개발사업 또는 주택 재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해조합에 기존주택과 그 부속토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 “관리처분계획인가전의 양도차익”과 “관리처분계획인가후의 양도차익”을 구분계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있는 점에 비추어 조세특례제한법제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 신축주택 준공일부터 양도일까지의 양도소득을 의미한다 할 것(조심 2010부415, 2010.9.17. 참고)이고, “신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례”규정은 신규주택수요를 촉진하여 입법 당시 침체된 주택건설경기를 부양하겠다는 목적에서 입법된 것으로 자기건설 주택의 경우 신축주택 취득후 5년 이내 양도하든지, 5년이 경과하여 양도하든지 간에 신축주택 취득일분터 5년간 발생한 양도소득에 대하여는 양도소득세를 감면한다는 취지라 할 것이므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대하여는 감면대상이 아니라고 해석하는 것이 타당한 것이라 할 것이다. 또한, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식의 분모의 “취득당시의 기준시가”에 “종전주택 취득당시의 기준시가”로 적용하여 감면대상 양도소득금액을 산정하는 것은 감면부분과 비감면부분을 구분하여 실질적으로 비감면부분에 대하여만 양도소득세를 과세하기 위한 것으로서 이를 확대․유추해석한 것으로 보아 엄격해석의 원칙을 위배한 것이라는 청구주장은 타당성이 없다. 따라서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여 감면을 배제하고, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식에 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 정당하

• 가. 쟁점 재건축주택을 신축후 5년 이내 양도한 경우 종전주택 양도소득금액이 조세특례제한법제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택

2. 자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 종전주택 폐쇄 등기부등본 및 폐쇄 건축물 대장에 의하면, 청구인은 종전주택을 1998.6.23. 매매로 1998.7.24. 소유권을 취득한 후, 주택법에 의한 주택재건축계획에 따라 1999.8.5. OOO재건축주택조합으로 소유권을 이전한 사실이 확인된다. (2) 신축주택 등기부등본 및 신축주택의 매매계약서에는 청구인이신축주택을 2002.12.13. 소유권보전으로 취득하였고, 2006.9.1. 매수인 김OOO에게 OOO원에 양도하는 계약을 체결한 사실이 나타난

• 다. (3) 청구인이 신축주택의 조합원 분담금으로 OOO원을 부담한 사실이 신축주택에 대한 공급계약서(조합원용)에 나타난다.

(4) 청구인이 제출한 양도소득세 신고서에 의하면, 청구인은 신축주택의 양도에 대해 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 필요경비 OOO원(청산금 납부액 OOO원 + 종전주택 개산공제액 OOO), 장기보유특별공제 OOO원, 양도소득금액 OOO원으로 산정한 후, 양도소득금액의 100%를 감면받는 것으로 하여 양도소득세 신고한 사실이 나타난다.

(5) 위 청구인의 양도소득세 신고에 대해 처분청은 감면소득금액을 다음과 같이 OOO원으로 산정한 사실이 처분청의 양도소득세 경정결의서 등에 나타난다. (6) 신축주택을 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우 감면되는 양도소득의 범위에 대하여 살피건대, 조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것이고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 같은 법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바, 이상과 같은 법령의 취지를 감안하면, 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말한다고 봄이 합리적이라고 판단된다(조심 2010서3102, 2011.8.9.외 다수 같은 뜻임). 따라서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여 감면을 배제하고, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식에 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.