종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

[참조결정] 조심2012서3205

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2001.6.21. 취득한 OOO 단독주택(단독주택 중 10분의 1 지분, 이하 “종전주택”이라 한다)이 재개발됨에 따라 2002.7.9. OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하였다가 2006.12.27. 양도한 후, 2007.2.28. 양도소득세 신고시조세특례제한법제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 규정에 의한 양도소득세 100% 감면을 적용하여 양도소득세를 신고하였다. 나.처분청은 서울지방국세청장의 신축주택 감면에 대한 특정감사 지시에 따라 청구인의 신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 종전주택의 취득일(2001.6.21.)로부터 신축주택 취득일(2002.7.4., 사용승인) 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 2012.5.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.7. 이의신청을 거쳐 2012.9.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3 규정에서 신축주택의 수요진작을 위하여 취득일로부터 5년내에 양도하는 경우에는 양도소득금액 전액을, 5년을 초과하여 양도하는 경우 5년이 초과한 이후의 양도소득금액에 대하여만 감면적용을 배제하는 것으로 명확히 규정하고 있고, 국세청의 종전예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서도 동일하게 해석하고 있음에도 변경된 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 소급적용하여 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면적용대상에서 배제하는 것은 소급과세금지 및 신의성실 원칙에 위배될 뿐만 아니라, 취득시기가 서로 다른 토지와 건물에 대하여 같은 법 시행령 제40조에 의한 산식을 적용하는 경우 토지와 건물의 기준시가를 구분 산정하여야 하므로 이 건 관련 건물부분은 5년내 양도로서 100% 감면에 해당하고 토지부분은 위 산식에 따라 감면소득금액을 별도 산정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 주장하는 새로운 예규는 종전부동산의 감면소득에 대해 명확히 규정되지 않은 부분에 대한 구체적인 해석일 뿐 당초 법령에 반하는 해석이 아니며,조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 양도소득세 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년이내 양도함으로써 발생하는 양도소득금액에 대해서만 적용되는 바, 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일 전일까지 발생한 양도소득금액은 감면배제대상이고, 같은 법 시행령 제40조의 계산식은 토지와 건물을 구분하여 감면소득금액을 별도 산정하도록 명시되어 있지 아니하므로 청구주장은 관련규정을 유추 해석한 잘못이 있다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3 규정 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면적용대상인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 처분청은조세특례제한법제99조의3 규정에 따라 신축주택 취득일로부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액만을 감면대상으로 보아 이 건 처분하였고, 청구인은 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 의해 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전체를 감면대상으로 인정해 오다가 변경된 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 의해 신축주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액만을 감면 적용한 것은 소급과세금지 및 신의성실원칙에 위배된다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 과세자료를 보면, 청구인은 2001.6.21. 종전주택을 취득하여 재개발로 인해 철거하고 2002.7.4. 사용승인을 득한 신축주택을 2006.12.27. 양도하였고, 2007.2.28. 양도소득세 신고시 조세특례제한법 제99조의3 규정에 의한 신축주택취득자에 대한 양도소득세 100% 감면 적용하여 신고하였고, 처분청은 종전주택 취득일(2001.6.21.)부터 신축주택 취득일(사용승인일 2002.7.4.) 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세 감면대상 부인하여 이 건 처분을 하였다. (2)조세특례제한법제99조의3 제1항 규정에 의하면, 신축주택을취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고,당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 하고, 같은 조 제4항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서는 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

(3) 위 관련법령 등에 비추어 보면, 청구인은 이 건 처분이 소급과세 금지 및 신의성실 원칙에 위배된다고 주장하나,조세특례제한법제99조의3 제1항은 양도소득금액 감면대상을 해당신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있으므로 명문상 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례대상으로 보기 어렵고,과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득일 이전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해표명도 없었던 점으로 보아 소급과세 금지 및 신의성실 원칙에 어긋난다고 볼 수 없다(조심 2012서3205, 2012.9.21. 외다수, 같은 뜻임).

(4) 한편, 청구인은 취득시기가 서로 다른 토지와 건물에 대하여 조세특례제한법시행령 제40조 산식 적용시 토지와 건물의 기준시가를 구분 계산하여 건물부분은 5년내 양도이므로 100% 감면에 해당하므로 산식계산이 불필요하며 토지부분만 산식에 의해 계산하는 방법으로 감면소득금액을 산출하는 것이 합리적이라고 주장하나, 같은 법 시행령 제40조의 계산식은 양도소득금액에 분모의 산식과 분자의 산식을 계산하여 일정비율을 곱하여 감면소득금액을 산출하도록 하고 있을 뿐, 건물과 토지를 구분하여 감면소득금액을 산정하도록 명시하고 있지 아니하므로 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.