종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1998.7.5. 취득한 서울 OOO(이하 “종전주택”이라 한다) 공동주택이 재건축됨에 따라 2002.2.25. 서울OOO(사용승인일은 2002.2.25.이며, 이하 “신축주택”이라 한다)를 취득한 후 2006.4.28. 양도하고,조세특례제한법제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 신고시 양도소득세액OOO원을 전액 감면 적용하여 2006.6.29. 2006년 귀속 양도소득세 과세표준예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는조세특례제한법제99조의3의 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당되지 아니한다 하여 종전주택 취득일인 1988.7.5.부터 신축주택 취득일의 전일인 2002.2.24. 까지의 양도소득에 대하여 감면 배제하여 2012.5.8. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO원 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.20. 이의신청을 거쳐 2012.9.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 세법은 그 문언에 충실하게 해석되어야 하므로 원칙적으로 문리해석하여야 하며, 문리해석만으로 그 의미를 확정할 수 없는 경우에 한하여 보충적․제한적으로 논리해석을 허용하여야 하는 관점에서조세특례제한법제99조의3 제1항 본문에서 소정의 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의80(2009.12.31.까지 양도분에 대하여는 100분의100)에 상당하는 세액을 감면하고,...로 명시하여 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하는 경우에 발생하는 소득 전부에 대하여 감면한다고 규정하고 있다. 또한, 다음 본문에서..해당 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축추택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다..,고 규정하고 있는바, 즉조세특례제한법제99조의3 제1항과 같은법 시행령 제99조의3 제1항 및 같은법 시행령 제40조 제1항에서 규정하는 “신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산” 산식은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 신축주택의 경우 적용할 여지가 없다. 설령, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식을 적용한다고 하더라도 분모와 분자에 동일하게 규정된 “취득당시의 기준시가”를 특별히 다르게 해석할 법적인 근거없이 확장해석이나 유추해석을 하는 것은 세법의 엄격해석에 반하므로 허용될 수 없는 것이므로 분모와 분자에 동일하게 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여야 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하여 발생하는 모든 소득에 대하여 100% 감면이 가능하며 동일한 취지로 국세청의 종전예규(서면4팀-1262, 2005.7.21.)에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 신축주택의 사용검사교부일 등으로 규정하며 분모 또는 분자를 구분하지 않은 것은 같은 취지로 사료된다. 또한, 조세특례제한법 시행규칙제61조에 의한 별지 제37호 서식의 작성요령 중 2.에서 ⑦란 양도소득금액은 소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액.., 3.에서 ⑧ 내지 ⑩란은 신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과된 후 양도한 경우에만 기재한다. 라고 명시하고 있으며, 4.에서 ⑪란 5년 이내 발생한 양도소득금액은....⑦란 양도소득금액을 기재하고, 5년이 경과된 후에 양도한 경우에는 다음 산식에 의하여...,라고 기술하고 있는바, 즉 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도한 신축주택의 경우에는 “5년간 발생한 양도소득금액‘을 구하는 산식을 적용할 여지가 없다. 따라서조세특례제한법제99조의3의 취지 및 일반분양자와 승계조합원과의 과세형평성 측면에서 신축주택 감면대상 양도소득금액을 양도가액에서 취득가액 및 기타필요경비를 차감한 금액 전액으로 재산정하여 양도소득세 및 가산세를 전액 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3에 의거 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 “신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 볼 수 없으며, 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없는바, 주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것으로서, 청산금을 납부한 신축주택의 경우 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것이므로 일부 감면 배제하고 가산세를 가산하여 경정 고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부 및 납부불성실가산세 부과처분 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하고, 소급과세금지의 원칙에 위배되지 아니하며, 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 처부분이 정당하다면서, 양도소득세 결정결의서 등을 제시하였다. (2)조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다. (3)조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있고,국세기본법제18조 제3항에 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있으며, 같은 법 제47조 제1항에서 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다고 규정되어 있다.

(4) 살피건대,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이므로(조심 2010부415, 2010.9.17. 같은 뜻), 처분청이 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.