수탁받은 업체의 전담부서에서 연구개발용역을 수행하지 아니하였다 하더라도 이를 수탁받은 업체가 수행한 것으로 확인되는 이상, 연구및인력개발비 세액공제 적용대상으로 봄이 타당함
수탁받은 업체의 전담부서에서 연구개발용역을 수행하지 아니하였다 하더라도 이를 수탁받은 업체가 수행한 것으로 확인되는 이상, 연구및인력개발비 세액공제 적용대상으로 봄이 타당함
OOO세무서장이 2012.3.28. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은
1. 연구개발비 OO,OOO,OOO,OOOO(OOOOOOOO O,OOO,OOO,OOOO, OOOO OOOO O,OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOO,OOOO, OOOOOO OO O,OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOO,OOOO) 중 OOO원(OOOOOOOO O,OOO,OOO,OOOO, OOOO OOOO O,OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOO,OOOO, OOOOOO OO O,OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOO,OOOO)과 인력개발비 O,OOO,OOO,OOO원(OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO)을조세특례제한법제10조 제1항과 같은 법 시행령 제9조 제2항 별표6에 의하여 세액공제하여 세액을 경정하고,
2. 나머지 청구는 기각한다.
(2) 과세관청은 청구법인이 1999～2005사업연도에 지출한 쟁점연구 개발비 전액에 대하여 세액공제를 인정하였다가 2012.3.28.에야 이르러 이 건 처분을 하였는 바, 그 간에 일부 수탁업체들이 폐업하거나 5년의 보존기간 도과로 관련서류를 폐기하는 등으로 인하여 쟁점연구개발비 중 일부 금액에 대하여 수탁업체가 전담부서를 보유하고 있는지 여부를 확인할 방법이 없었던 것이므로 이에 대한 귀책사유는 전적 으로 처분청에 있음이 대법원 판례와 선결정례 등으로 알 수 있다. 또한, 청구법인이 1999～2005사업연도에 지출한 연구개발비 OO,OOO,OOO,OOO 원 중 OOO을 제외한 OOO원은 연구전담부서가 있는 수탁 또는 재수탁기관에 지출된 사실이 제출증빙으로 구체적으로 확인되므로 적어도 동 금액은 전액 세액공제대상 지출액으로 인정하여야 한다.
(3) 처분청은 1999～2005사업연도 인력개발비 OOO원에 대하여 별다른 이유없이 부인하여 부당하므로 취소되어야 한다.
(2) 법인세의 납세의무가 있는 법인은 모든 거래에 대하여 거래 증빙과 지급규정, 사규 등의 객관적인 자료에 의하여 이를 당해 법인에게 귀속시키는 것이 정당함을 입증하여야 하므로(법인세법 기본 통칙 4-0…2), 원칙적으로 연구 및 인력개발비 세액공제에 대한 구체적 입증책임은 청구법인에게 있고, 과세소득 확정의 기초가 되는 필요 경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역안에 있는 것 이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있는바, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 돌려야 하는 것[대법원 91누10909(1992.7.28.)]이므로 세액공제 요건에 관한 입증책임의 소재 및 입증필요의 전환이라는 청구법인의 주장은 부당하다.
(3) 인력개발비가 인력개발활동에 사용된 것인지 등이 명확하지 않은 점 등으로 볼 때, 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.
① 연구개발비의 경우 수탁업체의 연구개발 전담부서에서 직접 수행한 것만이 세액공제대상인지 여부
② 연구개발 전담부서를 보유한 수탁업체와 재수탁업체가 수행한 용역 금액만을 세액공제대상으로 인정하여야 하는지 여부
③ 인력개발비가 세액공제 대상인지 여부
(1) 처분청이 제출한 과세내역은 아래 [표1]과 같다. [표1] 연구인력비 세액공제 내역 (OO: O) (가) 청구법인은 1999～2003사업연도 법인세 신고시 1999사업연도 O,OOO,OOO,OOO원, 2001사업연도 OOO원, 2002사업연도 OOO원, 2003사업연도 OOO원 합계 OOO원을 연구 및 인력개발비로 손금 산입하였고, 서울지방국세청장은 2006.1.19.～2006.8.30. 기간동안 2001 ～2005사업연도 법인제세를 통합조사한 결과, 위 연구 및 인력개발비가조세특례제한법제10조에 의한 세액공제대상에 해당하는 것으로 확인하여 2007.6.1. 2005사업연도 법인세 경정을 통하여 O,OOO,OOO,OOO원을 세액공제 대상으로 인정(OOO OOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO O,OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOOO OOOO OO O OO O OOOOOO OOOO OOO)하였다. (나) 청구법인은 이에 불복하여 심판 청구(국심 2007서4945)를 하였고, 우리원은 2009.9.4. 청구를 일부 인용하여 2005사업연도 과세표준 및 세액을 경정한 결과, 결손금이 발생하여 납부할 세액이 없게 되어 2009.9.25. 2006사업연도 법인세 산출세액에서 위 연구 및 인력개발비에 대한 OOO원을 이월공제 받은 후, 2009.3.30. 2005사업연도 연구인력개발비 OOO원에 대한 연구인력개발비 세액공제를 신청하는 경정청구를 하였는바, 처분청은 2009.10.15. 청구법인이 경정청구한 OOO원 중 전담부서를 보유하지 아니한 법인에게 지급한 OOO원을 제외한 나머지 OOO원에 대한 경정청구를 받아들여 쟁점연구인력 개발비에 대한 세액공제액인 쟁점세액과 환급가산금 OOO원을 환급하였다. (다) 서울지방국세청장은 2012.3.27. 처분청에 대한 감사시 전담 부서 이외의 부서에서 수행한 위탁 연구개발용역에 대한 연구개발비는 세액공제 대상이 아니라고 지적을 하였는바, 처분청은 2012.3.28. 쟁점연구인력개발비가 실제 전담부서에서 위탁 연구개발용역을 수행하였는지 여부를 확인할 수 없다는 이유로 이 건 처분을 한 것으로 나타난다.
(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 세액공제대상을 [별표6]의 비용으로 규정하고 있고, 동 [별표6]에서는 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발의 수행함에 따른 비용으로서 자체기술개발 뿐만 아니라 국내외기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 등이 포함되는 것으로 규정하고 있다. (나) 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 위탁기관에 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세이전에는 그 간 전담 부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제대상으로 하면서 전담 부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니하였고, 국세청도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 다수 사례가 있다(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조). (다) 전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구 개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신하였고(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.),기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 제1항 에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당기업은 연구전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보인다. (라) 위의 내용을 종합하면, 사업자가 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용은 비록 수탁받은 업체의 전담부서에서 수행하지 아니 하였다 하더라도, 수탁받은 업체가 이를 수행한 것으로 확인되는 이상, 이는 연구 및 인력 개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 봄이 타당 하다 할 것이다(조심 2011서1923, 2012.6.8., 조세심판관합동회의. 같은 뜻임).
(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 처분청의 이 건 이의신청결정서(2012.7.25.)상 청구법인으로부터 기술개발 연구용역을 위탁받아 연구용역을 수행한 수탁업체의 전담부서 확인내역은 아래 [표2]와 같은바, [표2] 연구개발비 중 수탁업체 전담부서 확인내역 (OO: O) ()O OOOOOO 1999사업연도에 대하여는 조사하지 아니하였고, 2001～2003사업연도연구개발비는 전액 전담부서를 보유한 수탁업체에게 위탁하였으며, 2005사업연도는 OOO원(20업체) 중 OOO원(19개 업체)는 전담부서를 보유한 수탁업체가 연구용역을 수행하였고, OOO원 (1개 업체, OOO 주식회사)만 전담부서를 보유하지 아니한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 이 건 연구용역비에 대하여 수탁기관에 공문으로 연구용역에 대한 용역수행방식(직접수행, 재위탁 수행), 재위탁기관의 용역내역(용역명과 금액)을 확인하고, 수탁기관과 재수탁기관이 청구 법인의 연구용역을 수행당시 전담부서 보유여부에 대하여는 한국 산업기술진흥협회장(사단법인)이기술개발촉진법제16조 및 같은 법 시행령 제15조 제1항에 의해 과학기술처장관의 권한 위탁에 따라 전담부서 확인(기업부설연구소인정서를 발행하고, 인터넷 홈페이지에 등록공개함) 자료는 [별지]와 같고, 이에 대한 총괄표는 아래 [표3]과 같은 바, OOOO OOOOOOOOOOOOO OOOOOO OO (OO: O) O ()O OOOOOO 전 담부서를 보유한 수탁업체가 직접 수행한 용역금액은 OO,OOO,OOO,OOO원 (68개 업체)이고, 전담부서를 보유한 재수탁업체가 수행한 용역금액은 OO,OOO,OOO,OOO원(23개 업체)이며, 수탁업체가 직접 용역을 수행하였 으나 당해 사업연도 전담기관 보유여부가 확인되지 아니한 금액은 OOO원(7개 업체), 전담기관 보유한 재수탁업체가 수행한 용역 중 재위탁금액이 확인되지 아니한 금액은 OOO원(6개 업체), 재수탁업체가 용역을 수행하였으나 재수탁업체가 전담부서를 보유여부가 불분명한 용역금액은 OOO원 (15개 업체), 전담부서 보유하지 아니한 업체가 수행한 용역금액은 OOO원(1개 업체)으로 나타난다. (다) 우리원은 청구법인이 제출한 위 (나)의 자료를 처분청에 송부하였으나, 처분청은 아무런 의견도 제시하지 아니하였다. (라) 과세처분의 적법성에 관한 입증책임은 원칙적으로 과세 관청에 있으므로 필요경비나 손비의 경우 그 부존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있지만, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역안에 있는 것이어서 그가 입증 하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자 에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합된다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 등) 할 것이나, 이 건의 경우 처분청이 2009.3.30. 2005사업연도 법인세 경정청구를 받아들여 세액공제를 인정하였다가 장부보존기간이 경과한 2012.3.28. 서울지방국세청장의 청구법인에 대한 감사지적에 의해 당초 입장을 변경하여 이 건을 과세하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정된조세감면규제법 시행령[별표6]에서 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으며, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그 간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제대상으로 인정하여 왔을 뿐 아니라, 국세청도 세액공제대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조)하였다. (마) 한편, 국세기본법제85조의 3 제2항은 장부 및 증거서류의 보존기간인 5년으로 규정하고 있다. (바) 위의 내용을 종합하면,조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 세액공제대상을 [별표6]의 비용으로 규정하고 있고, 동 [별표6]에서는 국내외기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용까지 포함되는 것으로 규정하고 있고, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세이전에는 그 간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제대상으로 인정하여 왔으며, 국세청 스스로도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석하였음에 따라 처분청이 청구법인의 연구개발비를 전담부서가 없는 금액을 제외하고 모두 세액공제를 인정하였다가 장부 및 증거 서류의 보존기간(5년)이 경과한 이후에 서울지방국세청장의 감사지적 에 의해 이 건 처분을 한 점, 청구법인은 청구법인으로부터 연구용역을 위탁받은 수탁 및 재수탁업체의 전담부서 보유여부에 대한 입증활동을 다한 것으로 보이는 점, 장부보존기간이 경과한 시점에서 납세의무자에게 재수탁업체의 전담부서 보유여부를 일일이 확인하여 세액공제 대상에서 차감할 것까지 의무를 지우는 것은 납세의무자에게 과도한 책임을 전가하는 결과가 되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 제출한 증빙 중 수탁업체가 연구용역을 직접 수행 하였으나 당해 사업연도 전담부서를 보유여부가 확인되지 아니한 금액 OOO원(7개 업체), 전담부서를 보유한 재수탁업체가 수탁업체로부터 위탁받은 용역금액이 확인되지 아니하는 금액 OOO원 (6개 업체), 재수탁업체가 용역을 수행하였으나 재수탁업체가 전담 부서 보유여부가 불분명한 금액 OOO원(15개 업체), 전담부서를 보유하지 아니한 수탁업체가 수행한 용역금액 OOO원(1개 업체) 합계 OOO원(29개 업체)에 대해서는조세특례제한법제10조 제1항 과 같은 법 시행령 제9조 제2항 [별표6]에서 규정하고 있는 위탁연구개발비인지 여부가 구체적으로 확인되지 아니하므로 연구개발비 세액공제 대상으로 인정하기는 어렵다고 할 것이나, 전담부서를 보유한 수탁업체가 직접 연구용역을 수행한 용역금액 OO,OOO,OOO,OOO원 (68개 업체) 과 전담부서를 보유한 재수탁업체가 수행한 용역금액 OO,OOO,OOO,OOO원 (23개 업체) 합계 OOO원(91개 업체)은 청구법인이 제시한 증빙[수탁기관 확인서(프로젝트명․용역수행 회사명 ․용역금액), 한국산업기술진흥협회장 발급 기업부설연구서인정서와 홈페이지 등록자료에 의해 수탁업체와 재수탁업체의 연구전담부서 보유여부가 확인됨]에 의해 구체적으로 확인되므로 동 금액은 연구개발비 관련 세액공제 대상으로 인정함이 타당하다 할 것이다.
(4) 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 처분청이 제출한 과세자료에 의하면, 처분청이 당초 인력 개발비 세액공제대상으로 인정하였다가 부인한 인력개발비는 O,OOO,OOO,OOO 원 (OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO)으로 나타난다. (나)국세기본법제16조 제1항에 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다고 규정 하고 있다. (다) 처분청은 서울지방국세청장이 처분청에 대한 감사시 청구 법인의 연구인력개발비 모두를 지적하였다는 사유만으로 인력개발비를 세액공제대상이 아니라고 부인하였을 뿐, 직접적이고 구체적인 과세근거를 제시하지 못하고 있다. (라) 위의 내용을 종합하면, 처분청은 2007.6.1.과 2009.10.15. 2001 ～2003, 2005사업연도 인력개발비 OOO원에 대하여 세액공제를 인정하였다가 서울지방국세청장의 처분청에 대한 감사지적에 의해 연구인력개발비에 대한 세액공제를 불공제함에 있어 법령에 의한 과세근거 등 구체적인 이유 없이 인력개발비를 부인하였는바, 이는 국세기본법제16조 근거과세 원칙에 위배된다 할 것이므로 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.