전담부서가 있는 업체에서 재위탁한 비용은 연구 ・ 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당함

OOO세무서장이 2012.5.3. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO원 및 2009사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 OOO건설주식회사가 전산시스템 등 개발을 위하여 지출한 연구개발용역비 중 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)제9조 제2항과 관련한 [별표6] 1.의 나목에서 규정하는 연구기관 또는 전담부서를 보유한 수탁기관이 직접 수행한 연구개발용역비와 이들 기관으로부터 연구개발용역을 재위탁받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 조세특례제한법 제10조 제1항 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 OOO동 192-18번지에서 일반토목공사/건설업을 영위하는 계속사업자로서, 2008〜2009사업연도에 OOO주식회사에 전산시스템을 위탁개발하고 그 대가를 지급하였으나, 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 기업부설연구소가 있는 법인에 지출한 위탁연구비용에 대하여 조세특례제한법 제10조 (연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)에 의한 신청을 누락하여, 2012.3.29. 2008사업연도 법인세 OOO원, 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정청구하였다.
• 나. 처분청은 위 법인세 경정청구와 관련하여, 연구 및 인력개발비의 인정범위는 자체연구개발과 위탁연구개발 모두 전담부서의 연구개발비만을 인정함이 원칙으로 청구법인이 근거자료로 제출한 연구개발비용에는 OOO주식회사의 전담부서 연구개발비 외에 재위탁비용이 포함되어 2012.4.5. 이에 대한 보정요청을 하였고 회신기한까지 세부내역을 제출하지 않아 2012.5.3. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.7.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 연구기관 또는 전담부서는 영리활동이 가능한 독립된 기관에 해당하지 아니하여 연구기관 또는 전담부서가 독자적으로 위탁을 받아 연구개발을 수행하는 것이 불가능한 바, 위탁 연구에 대한 세액공제 대상을 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 한정한 것은 연구를 수행하는 기관의 기술력․전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있을 뿐, 실제로 연구기관 또는 전담부서에서 수행한 것만을 인정하겠다는 규정은 아니며, 처분청은 ‘연구개발 전담부서를 보유한 기업’에게 기술개발용역을 위탁함에 따라 지급한 비용이 연구 및 인력개발에 대한 세액공제를 적용받을 수 있다는 유권해석을 일관되게 하여 왔고, 조세심판원 심판례(조심 2011서2480, 2012.6.29., 조심 2012서1613, 2012.6.28., 조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 등)에서도 재위탁하고 지급하는 연구 및 인력개발비는 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 결정하고 있다. 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 과 관련한 [별표6]에서는 재위탁을 제한한다고 규정하고 있지 아니하며, 전산시스템의 개발은 전적으로 위탁업체인 OOO주식회사의 책임 하에 수행되었는 바, 전산시스템의 개발 시 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대해 회사가 관여하기 어려운 점 등을 고려하였을 때, 재위탁비용이 세액공제 대상에서 제외되어야 한다는 처분청의 주장은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 과 관련한 [별표6] 제1호 나목에 의하면, 위탁 및 공동연구개발의 경우 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁하는 연구개발비를 세액공제 대상으로 한다고 규정되어 있으며, 이는 자체 연구개발비의 경우, 전담부서에서 발생한 비용만 연구 및 인력개발비 세액공제를 할 수 있는 바, 마찬가지로 위탁개발의 경우에도 수탁기업의 전담부서에서 수행한 것만 세액공제 대상이며, 수탁받은 기업의 비전담부서에서 용역을 수행하였다면 자체연구개발과 같이 그 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아니고, 기획재정부에서도(조세 46070-310, 1996.10.14) 수탁받은 기업의 전담부서에서 발생한 비용만 세액공제가 가능하다고 일관되게 해석하고 있다. 또 금융보험업을 영위하는 법인이 연구개발 전담부서를 보유한 기업에게 전산시스템을 위탁함에 따른 비용은 연구 및 인력개발 비용에 해당한다는 기획재정부 예규(조세지출예산과-36, 2005.1.13)가 있으나 이는 전담부서에 위탁한 비용에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 허용하되, 전담부서는 기업의 일부로서 존재하는 것이므로 그 용역의 계약은 전담부서가 아닌 그 기업과 하는 경우에도 세액공제 대상에 해당된다는 의미이며, 아울러, 청구법인이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 누락을 이유로 2012.3.29. 제출한 법인세 경정청구서에는 심판청구서에 첨부된 내용과 같이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제의 근거자료로 전산시스템개발 등에 투자한 단순 금액 집계표(자체연구개발비와 위탁연구개발비 및 재위탁비용을 모두 포함한 전산시스템 개발관련 총액 기재)만 첨부하였고 집계표를 작성하게 된 세부적인 자료가 없어 연구 및 인력개발비 세액공제에 대한 적정여부 검토 자체가 불가능하였으며, 이에 처분청은 청구법인에게 2012.4.5. 연구 및 인력개발비용에 대한 입증자료를 보정요청하였고 회신기한(2012.4.12)까지 세부내역을 제출하지 않아 2012.4.30. 법인세 경정청구 거부통지를 하게 된 것이다.

• 가. 쟁 점 연구개발 전담부서가 있는 법인의 연구 및 인력개발비 인정범위를 모두 인정할 것인지 아니면 전담부서에서 수행한 연구개발비만을 인정할지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구·인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

• 가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액
• 다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다.

④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. ｛(당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 월수/12)｝ [별표 6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조 제2항 관련) 구분 비용

• 가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제10조제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목ⓛ에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯국·공립연구기관 ㉰정부출연연구기관 ㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 ㉴산업디자인진흥법에 의한 한국디자인진흥원 ㉵국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법에 의한 연구개발서비스업을 영위하는 기업 ㉶산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의한 산학협력단 ㉷한국표준산업분류표상 기술시험·검사 및 분석업을 영위하는 기업

② 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한한다)에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2012.4.30. 연구 및 인력개발비의 인정범위는 자체연구개발 및 위탁연구개발 모두 전담부서의 연구개발비만을 인정함이 원칙이며, 경정청구와 관련하여 제출한 연구개발비OOO는 OOO주식회사의 전담부서 연구개발비 외에 재위탁비용을 모두 포함한 전산시스템 개발관련 총액으로 2012.4.12.까지 보완요청하였으나 회신이 없어 이에 추가로 세액공제 받을 금액 산정이 불가하여 경정거부 통지를 한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 위탁한 OOO주식회사는 사단법인 한국산업기술진흥협회장의 기업부설연구소 인정서(2011.7.5.)에 OOO주식회사 기술혁신센터는 1995.5.25. 기술개발촉진법 제16조 및 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 위와 같이 기업부설연구소로 인정하고 있고, OOO주식회사 글로벌 R&BD센터는 2003.5.27. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조, 같은 법 시행령 제16조 제1항 및 제27조 제1항에 따라 위와 같이 기업부설연구소로 인정한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 세제지원 대상인 기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서는 자체적으로 영리 연구활동을 하는 독립기관이 아니라 기업의 일부로 존재하는 것이므로 그 용역의 계약을 전담부서가 아닌 그 기업과 하는 경우에도 연구 및 인력개발비 세액공제를 하여야 한다고 주장하면서, 재위탁업체의 전담부서 설치현황 자료 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 제시한 자료에 의하면, 전산위탁개발비 총액에서 2008년 및 2009년 기업부설연구소를 보유한 재위탁업체에 대한 재위탁 비용 등 경정청구 세액은 아래 표와 같이 나타난다. (OO: O) (나) 청구법인이 제시한 자료에 의하면, 청구법인이 위탁한 금액 및 수탁업체가 다른 업체에 재위탁한 금액, 전담부서 미보유 재위탁금액, 세액공제대상 위탁금액 내역은 아래 표와 같이 나타난다. (OO: OO) (다) 청구법인이 제시한 자료에 의하면, 수탁업체인 OOO주식회사가 2008년 및 2009년 재위탁한 업체 중에서 한국산업기술진흥협회의 인터넷 홈페이지에 검색된 부설연구소 현황은 아래 표와 같이 나타난다. OOOOOOOOOOOOO

(4) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하면, 처분청은 수탁업체의 전담부서가 수행하는 연구개발비만을 세액공제 대상으로 판단하여 경정청구를 거부하였으나, 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 조세특례제한법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 과 관련한 [별표6]에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 재위탁의 경우에도 위탁에 포함된다고 보아 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 보는 것이 타당하다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻임). 다만, 1986.12.31. 대통령령 제12035호로 개정된 조세감면규제법 시행령 [별표6]에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정 시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그 간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조), 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점 등을 감안할 때, 청구법인의 위탁업체인 OOO주식회사가 다른 업체에게 재위탁한 연구개발용역비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용에 대하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 봄이 타당하다고 보인다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 참조). 따라서, 처분청은 청구법인이 전산시스템 등 개발을 위하여 지출한 연구개발용역비 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 수탁기관이 직접 수행한 연구개발용역비와 이들 기관으로부터 연구개발용역을 재위탁받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.