처분청에서 청구인과 청구외 법인 사이에 작성된 ‘특허양도계약’의 작성경위, 특허권의 양도경위 및 그에 따른 실제 대금수령 내용 등을 재조사하여 그 결과에 따라 소득종류 및 금액을 결정하는 것이 합리적이라 판단됨
처분청에서 청구인과 청구외 법인 사이에 작성된 ‘특허양도계약’의 작성경위, 특허권의 양도경위 및 그에 따른 실제 대금수령 내용 등을 재조사하여 그 결과에 따라 소득종류 및 금액을 결정하는 것이 합리적이라 판단됨
OOO세무서장이 2012.2.9. 청구인에게 한 종합소득세 2008년 귀속 OOO원 및 2009년 귀속 OOO원의 부과처분은 청구인과 ㈜OOO간 2009.12.21.자 기술양도계약서의 작성경위 및 특허권(특허번호 제456225호) 양도경위 등을 재조사하여 그 결과에 따라 소득종류와 금액을 결정하고 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
(1) 청구인과 처분청이 제출한 사용계약①, ② 및 특허양도계약서(사본) 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 아래와 <표>와 같이 특허권①을 1년간 대여하고 사용료 OO원을, 특허권②를 5년간 대여하고 사용료 OOO원을 받은 사용계약①, ②를 각 2008.4.21., 2009.11.5. 체결하였다가, 2009.12.21.자로 특허권②의 1/2 지분에 대한 양도계약을 체결하면서 기존의 사용계약을 무효로 하고 그 대금은 기수령한 사용료로 갈음하기로 하였다. (나) 특허권①, ②는 모두 인터넷검색서비스 제공방법에 관한 특허이고, 이 중 특허②에 대하여 2006.7.28. 기술보증기금이 감정한 가액은 OOO원이었다. OOOOOOOOO OOOO OOOOO O OO OO (OOO)
(2) 처분청이 특허양도계약을 부인한 근거와 이에 대한 청구인의 항변내용은 다음과 같다. (가) 처분청은 특허양도계약서(2009.12.21.자로 작성되어 사용계약② 작성시점 2009.11.5.에 근접함)는 이 건 과세처분에 대한 과세전적부심사청구(2011.12.13.)시에야 최초로 제출된 것으로서 동 심사청구 심리 및 이의신청 심리 중 원본제출을 거듭 요구하였으나 제출하지 아니하였고, 그 이유에 대하여 원본을 분실하여 제출할 수 없는 것으로 진술하는 등 특허양도계약서를 늦게 제출하였을 뿐만 아니라 그 원본도 존재하지 아니한다는 의견이며, 청구인은 당초 처분청 담당 공무원이 본청 감사지적사항이라는 이유로 사용계 ①, ② 계약서만을 팩스로 전송해 달라고 하여 전송하였고 연락이 없어 마무리 된 줄 알았으나 이후 과세를 하려고 하기에 처분청을 방문한 결과 담당 공무원이 특허양도계약 사본과 그에 따른 특허권 명의변경 등록서류 사본을 제출하라고 하기에 제출하였고, 그 이후에야 갑작스럽게 원본의 제출을 요구하였으나, 당시 청구인은 처분청의 사본제출요구에 따라 OOO역 인근 사거리 지하 복사가게에서 복사하여 제출하는 과정에서 부주의로 이를 분실하여 계약서 2부 중 거래상대방이 보관 중인 1부를 찾아서 추후 제출하겠다는 의사를 처분청에 전달하였다고 주장하면서, 2012.12.5. 조세심판관회의에 출석하여 특허양도계약서 원본이라는 서면을 제시하였다. (나) 2009.12.21.자로 작성된 특허양도계약의 내용을 보면, 특허권②의 1/2 지분 양도대가로 OOO원을 지급하되, 사용계약①로 지급한 금 OOOOO원OOO과 2009년 11월 5일 특허권 실시 계약[사용계약②]으로 지급한 금OOO원(OOO,OOO,OOOO)을 양도대금으로 대체하고, 사용계약①과 ②는 본계약일로 소급하여 무효로 하기로 약정하였는데, 처분청은 ① 사용계약②에 따른 대금은 2010년 6월 지급되었음에도 2009.12.21.자로 작성된 동 계약서에서는 이미 지급된 것으로 기재되어 있으며, ② 사용계약①의 내용을 보면 OOO가 청구인에게 지급한 사용료는 반환을 청구할 수 없도록 하였고(각 계약서 제15조 제3항) 사용계약①의 경우 이미 그 사용기간이 경과하여 사용료 OOO원에 대한 채권이 확정된 상태임에도 이를 포기한 것이므로 비정상적인 계약이라는 의견이고, 청구인은 당초 OOO의 공동대표 임OOO과 사용계약①에 따른 사업을 진행하고자 하였으나 수익성 확보의 불확실성이 나타나고 임OOO이 ㈜OOO의 교육사업에 몰두하여 사업추진이 곤란하였고, 2008.11.20. 임OOO의 대표이사 해임 후 수익창출을 위해 새로운 특허권 계약으로 변경할 것을 구두로 합의하고 그 결과 사용계약②를 체결(사업추진 및 수익실현 가능성을 고려하여 특허를 검토한 결과 1년여가 소요됨)하였고, 사용계약②의 대상인 특허권②의 소유자가 사업주체(OOO)가 아니어서 나타나는 불안정성이 우려되어 특허양도계약을 체결하게 된 것이며, 이러한 과정에서 미수금 등을 포기한 것은 특허개발자로서의 본인의 양심 및 OOO의 최대주주로서의 책임감 때문에 회사에 도움이 되는 행동을 한 것이며, 특히 동 계약에 당초 계약을 변경하다는 문구는 없으나, 위에서 제시한 경위를 감안할 때 “사용계약②로 지급한 OOO원을 본 계약의 양도대금으로 대체한다”라는 문구가 이를 의미하는 것이라는 주장을 하면서, 임OOO이 2008.4.23.～2008.11.20. 기간 중 OOO의 대표이사로 등재된 동 법인의 등기부등본을 제출하였다. (다) 특허권② 특허등록원부를 보면 2011.12.23.에서야 특허권 양도에 따른 등록이 이루어졌는바, 처분청은 위 등록이 특허양도계약(2009.12.21.)으로부터 상당한 기간이 흐른 뒤에야 이루어졌고 이는 처분청이 2009.10.31. 과세예고통지를 하자 2009.12.13. 과세전적부심사 청구를 하는 과정에서 이루어진 것이라는 의견이며, 청구인은 처분청 담당공무원을 면담한 결과 특허양도계약서 사본제출 및 특허권명의변경을 요구하기 한 것인바, 실무에서 기술개발 및 사업추진의 실제를 중시하므로 관행적으로 양도계약을 체결하였으나 그 명의는 이전하지 않는 경우가 가끔 발생하고, 설령 특허권등록절차의 지연되었다 하더라도 특허권②가 양도계약에 의하여 이전된 사실자체는 변함이 없다는 주장이다. (라) 이외 처분청은 OOO는 2008.12.1., 2010.1.4. ‘장부중 특허사용료’ 및 ‘장부중 특허료’로 각 OOO원을 비용처리하였을 뿐, 2009사업연도 재무제표 등을 보면 특허권을 자산으로 계상하거나 지급수수료에 대한 수정분개를 한 사실이 나타나지 아니하며, 청구인이 2008.6.12. OOO의 이사로 등재되었다가 2008년 6월중 이루어진 3차례 유상증자를 통하여 2008년 말 현재 50.2%의 지분(주식수: 1,244천주)을 가진 최대주주라는 사실 등을 제시하고 있고, 이에 대하여 청구인은 OOO는 설립시부터 경영과 소유가 분리된 회사로서 동부그룹 OOO의 대표이사로 재직하였던 전문경영인 서OOO 등이 경영을 담당하였고, 본인은 비록 대주주이기는 특허기술(인터넷검색) 분야에서 중요한 역할을 하였을 뿐 경영에 관여할 생각도 없었고 실제 급여를 받은 바도 없어서 재무제표 작성 등에 대해서는 알지 못한다는 주장을 하면서 OOO의 대표이사(2008.4.23.～2012.6.11.)로 등재되었던 서OOO의 확인서를 제출하였다.
(3) 살피건대, 처분청은 사용계약①, ②에서 약정한 사용료를 특허사용기간의 사업소득으로 보아 이 건 과세처분을 하였고, 청구인은 동 계약이 특허양도계약으로 대체되면서 해제되었다는 주장인바, (가)소득세법(2009.12.31 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제19조 제1항 제11호 및 같은 법 제21조 제1항 제7호는 부동산업(부동산임대소득에 해당하는 사업 등 제외), 임대업 및 사업서비스업에서 발생하는 소득을 사업소득으로, 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권 및 산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령이 정하는 점포임차권을 포함한다)，토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품을 기타소득으로 각각 규정하고 있다. (나) 처분청은 청구인이 특허양도계약서를 사후에 제출하면서 원본을 제출하지 아니한 점, 동 계약의 작성시점 및 내용(특히 대금지급관련 내용)과 사용계약①, ②의 내용이 불일치하는 점, 특허양도계약에 따른 등록이 사후에 이루어진 점, OOO의 회계처리가 청구주장과 부합하지 않고, 청구인이 동 법인의 대주주인 점 등을 주요한 이유로 하여 특허양도계약이 조세목적으로 사후에 만들어진 것으로 보아 이 건 과세처분을 하였는바, 이러한 처분청의 의견에 대하여 청구인은 충분한 반대사실을 제시하고 있으며[세부내용은 위 (2)에서 적시한 바와 같다], 이외 청구인 특허양도계약서의 원본을 조세심판관회의에 제출한 점, 이 건 과세가 OOO지방국세청장의 감사지적에 의한 것으로서 청구인에게 과세경위 등에 대하여 충분한 소명기회가 주어지지 아니한 것으로 보이는 점, 처분청은 사용계약①, ②만을 인정하고 특허양도계약을 부인하고 있으나 실제 특허양도계약 내용과 같이 특허권②의 1/2 지분에 대한 소유권이전이 이루어 진 점, 특허권②에 대한 기술보증기금이 감정한 가액이 OOO원이어서 그 1/2 지분을 OOO원에 양도하기로 한 것은 일면 타당한 측면이 있고, 현재까지 청구인이 현실적으로 수령한 금원이 OOO원에 그치고 특허권② 1/2지분의 양도가 이루어진 상황에서 사용계약①에 따른 나머지 OOO원의 실제 수령가능성이 불확실한 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 제시한 사실만으로는 청구인이 수령한 OOO원 등을 사용계약①, ②에 따른 사업소득이라고 단정하기 어렵다. 특히, 청구인이 주장하는 사용계약①, ②의 체결경위를 보면, 사용계약①에 따라서 OOO원을 수령하였으나 특허권이 실시되지 않는 등 사업의 진척이 부진한 상황에서 새로운 특허권(특허권②)을 이용해서 사업을 추진하고자 사용계약②를 체결하였으며, 그 사용료는 사용계약①에 따른 사용료 미수금 상당액인 OOO원으로 한 것이어서 결과적으로 청구인이 수령키로 한 금액은 당초의 사용계약①상의 금액인 OOO원(동 금액은 또한 특허양도계약 상의 금액임)이고, 동 금액이 OOO에서 청구인에 대하여 실제 지급하고 비용처리한 금액인 것을 고려한다면, 특허양도계약의 인정여부에 관계없이 청구인의 관련 수입금액은 OOO원으로 보이는 측면이 있다. (다) 따라서, 이 건은 처분청에서 청구인과 ㈜OOO 사이에 작성된 특허양도계약의 작성경위, 특허권②(특허번호 제456225호)의 양도경위 및 그에 따른 실제 대금수령 내용 등을 재조사하여 그 결과에 따라 소득종류 및 금액을 결정하는 것이 합리적인 것으로 판단된다.
이 건 심판청구의 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.