종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면 대상이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.12.1. 취득한 OOO동 10-280 소재 건물(이하 “종전주택”이라 한다)이 재개발됨에 따라 취득한 OOO아파트 107-1504(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.4.28. 양도하고, 2006.6.30. 양도소득금액 OOO원OOO으로 양도소득세를 신고하면서 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 규정에 따라 양도소득세 OOO원을 100%감면세액으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 2011년 삼성세무서에 대한 업무감사를 실시하여 조특법 제99조의3에 의한 신축주택의 감면을 적용함에 있어 자기가 건설한 신축주택(재건축·재개발포함)의 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득(준공 전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않으므로 OOO세무서장에게 이를 현지시정 할 것을 지시하였고, 처분청은 2012.4.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.2. 이의신청을 거쳐 2012.9.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조의3에 의하면 신축주택 취득기간 중에 신축주택을 취득하여 5년이내 양도 시에는 양도소득세를 전액 면제하도록 규정하고 있는바, 청구인이 양도한 신축주택은 취득일로부터 5년 이내에 양도한 것(신축주택사용일: 2012.10.26., 양도일: 2006.4.28.)으로서 전액 감면 대상에 해당하며, 신축주택에 대한 양도소득세 신고시 관련법령 및 종전예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 의하여 양도소득세를 전액 감면으로 정당하게 신고하였다. 그러나, 처분청에서 최근의 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 의하여 감면소득을 재계산하여 고지하였는바, 이는 “새로운 세법해석의 적용시기를 소급하여 과세하지 않는다”는 예규(서면1팀-35, 2005.1.11.)에도 어긋나는 결정이며, 종전주택과 신축주택 양도차익은 <표1>과 같이 종전주택의 양도차익을 없으며, 설사 새로운 해석에 의하여 감면세액을 경정한다 하더라도 종전주택 양도에 따른 양도차익이 없으므로 처분청이 결정한 고지 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 심판례와 국세청 예규 등에 의하면, 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 않고 있으며, 법문의 내용을 엄격히 해석하면 신축주택의 취득으로 인하여 발생되는 소득에 대해서만 감면을 한다는 것이지 종전주택(종전토지 포함)의 보유로 인하여 발생된 소득에 대하여 감면한다는 것은 아니며, 청구인이 신고한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니며, 청구인이 주장하는 소급과세금지원칙은 조세법령의 시행 이전에 종결된 사실에 소급하여 이를 조세부과의 요건으로서 삼지 못한다는 것을 의미하는 것으로 계속된 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대한 새로운 법령 적용까지를 제한하는 것은 아니고, 소득세법 제114조 에는 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 즉시 다시 경정하도록 규정하고 있으므로, 이에 따라 신청인의 양도소득세 감면 적정여부를 재검토하여 부과제척기간 이내에 양도소득세를 고지하는 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조특법 제99조의3에 의하여 양도소득세 전액 감면대상이고, 실지거래가액에 의하여 계산한 종전주택의 양도차익이 없기에 처분청의 부과처분을 취소하라는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 조특법의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례대상이 되는 양도소득금액에 대한 청구인의 주장 및 처분청의 의견은 아래 <표2>와 같다. <표2> 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례대상의 요약 관련 법령 법 제99의3 제1항 … 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. … 법제99의3 제4항 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 영제40조 제1항 양도소득 금액 × 취 득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가

• 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가

• 취득 당시의 기준시가 특례 대상 소득 금액 청구인 주장 ❹ 신축주택 양 도당시 가액

• ① 종전주택 취득당시 가액 ×

③ 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가

• ② 신축주택 취득 당시 기준시가

④ 신축주택 양도 당시 기준시가

• ② 신축주택 취득 당시 기준시가 처분청

❹ 신축주택 양도당시 가액 - ❷ 종전주택 취득당시 가액 ×

③ 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가

• ② 신축주택 취득 당시 기준시가

④ 신축주택 양도 당시 기준시가

• ② 종전주택 취득 당시 기준시가 (2) 청구인은 1999.6.21. OOO구역 제1지구 주택재개발조합과 총 분양금액 OOO원(종전주택 평가금액 OOO원, 납부한 청산금 OOO원)에 분양을 받는 조건으로 아파트공급계약서를 작성하였고, 2002.7.26. 분양받은 신축주택에 대하여 소유권보존등기를 하였으며, 2006.4.28. 장OOO에게 양도하였음이 등기부등본에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 신축주택을 양도한 후 2006.6.30. 실지거래가액에 의한 양도소득세 신고를 하였는 바 그 내용은 다음과 같다. (가) 청구인 제출한 양도소득금액 계산 명세서를 보면 신고 구분에 실지거래가로 기재한 후 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 필요경비 OOO원, 장기보유특별공제 OOO원 등을 차감하여 양도소득금액 OOO원, 감면소득금액 OOO원으로 기재하였음이 확인된다. (나) 청구인은 양도소득세 신고시 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 신축(사용승인일) 후 5년간의 양도소득금액에 대하여 조세특례제한법제99 조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였고, 납부세액 OOO원에 대하여 세액감면 신청서를 제출하였다. (4) 양도소득세 결정결의서, 기준시가 조회서류에 따르면 청구인의 종전주택 및 신축주택 거래일의 기준시가는 <표3>과 같다. 처분청은 청구인이 신고한 감면소득금액 OOO원을 OOO원으로 경정하였음이 확인된다.

(6) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상이라고 주장하고 있으나, 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액 으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함 되는 것으로 보기 어려운 점, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.) 에 따르면, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하고 한 점 등으로 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 또한, 청구인은 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액(신축주택 양도가액 - 종전주택 취득가액)으로 일관되게 해석하고 있음에도 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 생산․소급적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 소급과세금지 원칙 및 신의성실원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 보기 어렵다. (다) 청구인은 구주택과 신축주택의 양도차익을 <표1>의 종전주택취득가액이 OOO백만원이고 관리처분평가액이 OOO백만원으로 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도차익은 없고, 신축주택을 관리처분계획 인가전 양도차익과 관리처분계획 인가후 양도차익을 실거래가액으로 계산하여도 양도차익이 없다고 주장하지만, 소득세법 시행령 제166조 는 소득세법 제100조 에 따라 양도차익을 산정하는 경우, 전체양도차익을 관리처분 인가일을 기준으로 관리처분 인가일전 종전 주택분 양도차익과 관리처분 인가일후 종전 주택분 양도차익과 청산금 납부분 양도차익으로 나누어 산정하도록 하는 규정으로서 동 조항에 따라 전체 양도차익을 산정하는 것이나, 소득세법 시행령 제166조 를 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상 양도소득을 산정함에 있어 준용하도록 하는 근거규정이 없는 점(조심2010서3102, 2011.8.9.), 조특법 제99조의3 제1항에 의하여 감면대상이 되는 것은 신축주택 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세이고, 신축주택 취득일은 사용검사 승인일이라고 보아야 할 것인데, 청구인의 주장과 같이 양도소득을 계산하면, 사업계획승인일 이후의 양도소득금액을 감면대상에 포함시켜 신축주택 취득일보다 훨씬 앞선 시점 이후부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득금액도 감면하는 결과가 초래되는 점, 소득세법 90조 에서 양도소득에 대하여 소득세법 또는 다른 법률에 의한 감면소득금액이 있을 때에는 감면소득금액을 직접 차감하는 것이 아니라, 감면 소득금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있고, 조특법 제99조의3 및 조특법 시행령 제99조의3에서 양도소득세 감면금액을 계산함에 있어 조특법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하도록 명시하고 있으므로, 신축주택 감면세액을 계산함에 있어 제40조 제1항의 규정에 의하여 계산하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.