종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면 대상이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.3.10. 서울특별시 OOO(이하 “구주택”이라 한다)을 OOO원에 취득하여 보유하다가 재건축으로 멸실하고, 납부청산금 OOO 추가 부담하여 2005.1.28. 사용승인 받은 같은 동 OOO을 감면받은 것으로 하여 신고하고 농어촌특별세(15,551,170원)를 납부하였다.
• 나. 처분청은 OOO포함)을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.11. 이의신청을 거쳐 2012.9.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 조세특례제한법 제99조의3 의 입법취지는 IMF 사태이후 침체된 주택경기를 부양하기 위한 목적이었으며, 그 당시 주택건설업자로부터 취득한 자는 이미 취득가액을 할인받는 혜택이 있지만 자기가 건설한 신축주택(조합원 포함)의 경우 신축 취득 이후 가격상승을 기대하고 신축취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대해서만 감면을 한다면 거액의 자금을 들여 무리하게 주택을 신축하는 동기부여가 어려웠다고 짐작할 수 있고, 신축주택을 취득하여 바로 처분하는 경우에는 감면효과를 기대할 수 없는 모순이 발생하므로 당초 입법취지는 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하면 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득을 포함하여 전액을 감면해야 한다고 본다. 또한 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우와 5년이 경과된 후에 양도하는 경우는 구분되어야 하고, 5년 이내에 양도하는 경우에는 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에서 규정하는 산식을 적용할 여지가 없으며, 최근 대법원(2010두3725, 2012.6.28.)에서도 5년 이내의 양도분과 5년 이후 양도분을 구분하고 있고, 설령 위 산식을 적용하더라도 분모와 분자에 동일하게 규정된 취득 당시의 기준시가를 특별히 다르게 해석할 법적인 근거없이 확장해석이나 유추해석을 하는 것은 세법의 엄격해석에 반하므로 허용될 수 없으며, 과세관청은 예규(서면4팀-1262, 2005.7.21.), 내부교육자료, 집행기준, 실무해설자료 등을 통하여 신축취득일로부터 5년 이내에 양도하면 발생한 양도소득금액 전부감면이 가능하다는 입장을 표명하여 오다가 법 취지와 맞지 아니한 2009.1.20. 예규(재산-227)에 의하여 과세하는 것은 부당하다.

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 납세 등 각종의무를 위반한 경우에 개별법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재라고(대법원 96누18076, 1998.7.24.) 판시하고 있는바, 청구인은 신축주택 양도 당시 관련 예규 및 관례에 준하여 구주택 양도차익에 대해서도 감면되는 것으로 알고 성실하게 자진신고 및 납부를 하였으며, 과세관청에서도 내부적으로 감면검토조서에서 감면대상이 적합한 것으로 결정하였으므로 청구인은 납세의무를 성실하게 이행한 것으로 생각되며 나중에 과세관청에서 결정내용을 번복하면서 귀책사유를 납세자에게 전가시켜 납부불성실가산세를 추징하는 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 OOO지방국세청장의 종합감사 지적사항으로 조세특례제한법 제99조의3 신축주택 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 아니하고, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득을 계산함에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 “신축주택의 취득 당시 기준시가”이고, 분모에 적용되는 기준시가는 “구주택의 취득 당시 기준시가”를 말하는 것이므로 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우, 구주택 취득일로부터 신축주택 양도일까지 발생하는 양도소득금액 전부를 감면받을 수 있는지 여부

② 청구인이 신고한 감면대상 양도소득금액이 적합하다고 결정하였다가 처분청이 번복한 것이므로 납부불성실가산세 부과가 부당한지 여부

• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. ｛양도소득 금액 ×([취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가] - [취득당시의 기준시가])/([양도당시의 기준시가] - [취득당시의 기준시가])｝ 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하면 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득을 포함하여 전액을 감면해야 한다고 주장하고 있다. (나) 청구인의 양도소득금액 및 감면소득 신고내역과 처분청의 양도소득금액과 감면소득 경정내역은 아래와 같이 나타나며, 신축주택 양도에 따른 양도소득금액에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없는 것으로 나타난다. (다) 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는 조세특례제한법 제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 하고 있고, 또 다른 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 구주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 회신하고 있다. (라) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하면, 청구인은 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득을 포함하여 감면대상소득으로 하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 소정의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정은 “신축 국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 의하면, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 감면대상소득금액을 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 감면대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다(조심 2010서2935, 2011.6.30. 같은 뜻). 따라서, 처분청은 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상금액에서 제외하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 신축주택 양도 시 당시 관련 예규 및 관례에 준하여 구주택 양도차익에 대해서도 감면되는 것으로 알고 성실하게 납세의무를 이행하였으며, 나중에 과세관청에서 결정내용을 번복하여 납세자에게 귀책사유를 전가시켜 납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. (나) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하며, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나(대법원 2004두930, 2005.11.25. 참조) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득 금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있다고 보기 어려운 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점, 납부불성실가산세는 미납부한 세액에 가산하는 지연이자 성격을 갖고 있는 점 등으로 볼 때, 청구인의 납세의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당된다고 보기는 어려우므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구인의 과소납부분에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.